朱翊鈞很不滿意這結果，他對張居正說：“哪裏有這樣簡單的事？王吉進入大內是偶然事件？背後沒有指使人？這不可能啊。”
李太後默不作聲，張居正也就不說話，並拿眼去看馮保。馮保得了指示，說道：“皇上，這件事真就這麼簡單。三堂會審結果也得到了官員們的認可。”
朱翊鈞在椅子上來回蹭著。李太後輕輕咳嗽一聲，他老實了。李太後輕啟朱唇：“張先生，你怎麼看？”
張居正略一思索，回道：“三堂會審是權威，沒有問題。王吉案可以結案。”
朱翊鈞很不忿，但不敢發作。李太後微微點了點頭，說：“那就照三堂會審的結果判吧。”
王吉被判斬首，即可行刑。正史說，王吉是冤枉的，流的血非常無辜。這種論調實在讓人奇怪，他私闖大內，就是死罪，被斬首何來冤枉？
當然這是個疑案，王吉是怎麼進的大內，為什麼要進大內，恐怕隻有掉了腦袋的王吉本人知道。朱希孝用十天時間調查來龍去脈，也沒查出任何結果。他能迅速做出判決，大概也是受了張居正“不要牽連任何人”的暗示吧。
王吉案就這樣不明不白地結束了。官員們私下議論紛紛，論調無數。都察院葛守禮對張居正說：“這案子總不讓人踏實。”
張居正冷冷回道：“你自己心中踏實就好，管別人做什麼？”
張居正心很踏實，因為他不會關注這種小事。幾乎所有的事在他看來都是小事，隻有一件事是大事，那就是富國強兵。富國強兵有很多前提，提高行政效率是眉睫，順利推行他的執政思想也在眼前。他把兩方麵同時解決，這就是考成法。
考成法：把權力集中到內閣
富國強兵的理想一直縈繞在張居正腦海，王吉案一塵埃落定，張居正馬上執行富國的第一步：整頓吏治。一提中國王朝的吏治，“腐敗透頂”是人人脫口而出的形容詞。其實，“腐敗”是中國政治的常態。之所以腐敗，是天長日久、因循守舊的結果。
對於如何整頓吏治，張居正已有了想法。不過1573年，張居正還未專製到極致，所以他找來楊博與呂調陽商量，一開口就奔主題：“現在的各個衙門都是一副場景，幾個腦滿腸肥的人指揮著一群麵黃肌瘦的人，玩命辦公。文件堆滿辦公桌，新紙從東門進來，出去時就滿滿的文字。實際上，他們整天都辦不成一件事。”
雖是直奔主題，可楊博和呂調陽還是聽不懂。
張居正循序漸進地說：“前幾天翻看我帝國法典，發現太祖時期就有規定，凡是六科每日收到的各衙門奏章，奉了聖旨者，分門別類，送司禮監。還有，各衙門奏章都要附寫文本，五日後，送到相應的科注銷。還有，地方衙門，每年將完銷過的兩京六科文件，填寫底本，送各科收存，以備查考……”
楊博聽得頭昏腦漲，打住張居正：“您到底想說什麼？”
張居正笑了：“我是想說，為何明文規定的事，在現實中卻銷聲匿跡？”
這也叫問題？呂調陽不禁覺得可笑：“很正常，法紀條文浩如煙海，時間一長，形同空文，這也是規律吧。”
張居正板起臉來：“這絕不正常！有法不依，不如無法，有令不行，不如無令！我想治理這股歪風邪氣，你二位有何建議？”
楊博考慮了一下，慢吞吞地開口道：“我突然想到高公。”