但好景不長，就在百度成立後不久，美國矽穀的互聯網泡沫破滅了。城門失火，殃及池魚。百度的這些客戶不少也都是有美國風險投資的背景，這個時候也麵臨斷糧的局麵，因此不得不精打細算過日子。而搜索引擎雖然是這些門戶網站的必要服務，但都不是核心業務，因此在當時的大環境下，這些客戶對百度的要求隻是價格越低越好，質量好不好倒無所謂。另一方麵，隨著中國用戶對搜索引擎使用得越來越多，百度在諸如服務器等設備投資上的花費也越來越多，這樣一來，百度也是入不敷出，120萬美元撐不了多久。於是百度又要出去找錢。
幸運的是，在當時哀鴻遍野的互聯網市場中，百度還是僥幸獲得了新的風險投資資金。2000年9月，百度從德豐傑（Draper Fisher Jurvetson， DFJ）和IDG等著名風投公司處獲得了1000萬美金的投資。第二輪融資的成功讓百度成功渡過了互聯網的寒冬。
當時百度的業務完全依賴新浪、搜狐等大型門戶網站，賺不到錢是一方麵，此外互聯網泡沫的破滅也讓李彥宏認識到這個商業模式有問題，因為如果過多依賴這些大客戶，企業的經營風險也會越來越大，一旦大客戶跑掉，自己也就隻能關門大吉。所以，有了搜索引擎技術的百度要重新考慮企業的發展方向。
在一番權衡之後，百度終於決定了自己要做的事情，那就是自立門戶，做獨立的搜索引擎網站，直接麵對終端互聯網用戶。與此同時，李彥宏提出“競價排名”，根據用戶的競價來決定其網站在百度搜索結果中的排名。
然而李彥宏的想法在當時遭到了很多股東的反對。一是當時用戶對搜索引擎都不是很清楚，對這個“競價排名”更是一頭霧水，如果把這個當作主要的盈利方式，那麼肯定有很大的市場風險；其次，當時百度的收入主要來自於新浪等幾個大客戶，如果百度自立門戶，那麼這些大客戶也肯定會中止和百度的合作，百度立馬就斷了收入來源。這個做法也太激進了。
但是李彥宏始終堅持自己的想法。在百度董事會裏經過爭吵之後，李彥宏最終說服了其他股東。2001年9月22日，百度正式推出了麵向終端用戶的搜索引擎網站www。baidu。com，百度競價排名係統也正式上線，百度中文搜索引擎正式誕生。
百度自立門戶之後的首要任務就是要擴大網站的流量。這個時候出現了一個“新浪欠費事件”，讓百度聲名大噪。當時新浪的搜索服務是由百度提供的，當然，新浪是要付錢給百度的。2002年春節前後，新浪欠了百度一個季度的服務費，在多次討債未果之後，百度決定對新浪暫停搜索服務。
於是當新浪的用戶在新浪網的搜索框中輸入關鍵詞進行搜索的時候，發現搜索結果變成了這樣一行字“因新浪欠費，百度暫停對新浪的搜索服務，如需更好的搜索結果，請登錄www。baidu。com”。新浪的用戶第一次得知原來新浪的搜索服務是由這家叫百度的公司提供的，於是都登錄到百度網站上去看個究竟。新浪在當時已經是中國最大的門戶網站，因此，百度這一招讓很多用戶都知道了百度這家名不見經傳的搜索引擎服務網站。
之後，百度啟動了“閃電計劃”。“閃電計劃”是百度把自己放在與穀歌一個水平線上開始競爭的標誌。穀歌在2000年推出了中文搜索服務，在中國擁有了大量用戶，但是李彥宏也看到了，當時百度的頁麵反應速度、相關性、索引量、內容更新頻率，全麵落後於穀歌，因此要想與穀歌競爭，百度首先要提高搜索引擎的質量。李彥宏親自出任這個“閃電計劃”小組組長，領導百度的技術攻關。
經過“閃電計劃”之後，李彥宏對百度更有信心了。2003年6月，《中國電腦教育報》發起百度穀歌萬人公測活動，目的就是要在百度和穀歌之間決一雌雄。活動隨機選取了一萬名用戶，讓他們評測到底哪個搜索引擎好用。為了公平起見，《中國電腦教育報》對技術做了一些處理，拿掉穀歌和百度的Logo，把搜索結果的界麵調成一個顏色，這樣參加公測的用戶在使用時不知道是百度還是穀歌。
經過一周的評測，最後結果出來了。在參加公測的誌願者用戶中，約有55%的人選擇百度比穀歌好用，10%的人選擇了兩者差不多，認為穀歌比百度好的人，隻有35%。
這個結果表明百度已經在市場上領先於穀歌，因此也讓百度出盡了風頭。但是也有人提出質疑，因為這場活動的背後是由百度發起的，更像是百度借助《中國電腦教育報》開展的一個市場活動，這個結果的公正性因此也要大打折扣。但是無論如何，在2000～2005這五年期間，百度通過一係列市場手段在中國用戶中間迅速獲得了市場知名度。而穀歌在美國隻有屈指可數的幾位技術人員在做中文搜索，在中國市場戰略上則按兵不動。這讓百度在時間上占盡了先機。