鹿鍾麟聽到這個情報，大怒，國民軍為了平衡各方勢力，不得已才對段祺瑞網開一麵，哪裏料得他要在暗中下手。鹿鍾麟召開緊急軍事會議，最後決定對段祺瑞采取先發製人的手段。
淩晨二時，鹿鍾麟下令關閉城門，切斷電話線，命第二師師長門致中派兵趕往吉兆胡同段祺瑞宅及鐵獅子胡同國務院、中南海等地，想盡一切辦法把段祺瑞給抓起來。不料，當士兵趕到時，段祺瑞聞風逃掉了。原來段祺瑞決定將鹿鍾麟抓起來時，也為自己準備了後路，他也不相信自己的衛隊能忠於自己，再說鹿鍾麟手裏還有幾萬人的部隊，一旦失手，後果也很難預料。為了自身安全，段祺瑞在東交民巷德華銀行後麵偷偷租定房屋，安福係的李思浩、曾毓雋等一直住在裏麵籌劃，當鹿鍾麟一動兵力，段祺瑞門徒知道事泄，馬上通知日本人用汽車將段祺瑞接到租界。段祺瑞與鹿鍾麟的士兵前後僅差二十分鍾。
北京政變後的第二天，鹿鍾麟以警備司令部的名義張貼布告，曆數段祺瑞的罪狀。布告曰：“段祺瑞自執政以來，禍國殃民，無所不至，最著者如金法郎案，近者有‘三一八’慘案，尤為國人所痛恨。其左右親近皆安福餘孽，逢奸長惡，違法營私，挑撥戰爭，塗炭生靈。本軍為國家計，為人民計，迫不得已，采用嚴重辦法，力行製止。一麵保護前總統曹公恢複自由，並電請吳子玉帥即日移節入都主持一切。京師地方秩序，仍由軍警負責。”本來原稿中還有“派兵監視，聽候公決”等語，因為段祺瑞溜掉，又將這些詞句刪去。
鹿鍾麟得手後，先將段祺瑞子女及朋黨的幹政鬻官等勾當一一列舉，後又把吳佩孚吹了起來。僅一天，國民軍便控製局麵，城門開放，一切交通電訊機關也恢複原狀。鹿鍾麟示意王士珍出麵組織“北京臨時治安會”代行政權機關。
為討好吳佩孚，鹿鍾麟放出曹錕後，又代發電文，文中以曹錕的口氣說：“鹿君識見過人，深明大義，願隸麾下，以當前驅，即遣該師師長韓複榘赴漢報告。時至今日，論公論私均無再戰之理，鹿君如此傾向，尤應曲成全。望即電達奉係，停止軍事，以後大計，盡可協商。”鹿鍾麟很明顯是聯吳抗奉，他不等吳佩孚作答，又表示北京部分地區可劃分給吳佩孚駐防。同時，靳雲鵬有張作霖的支持，又自恃為張的兒女親家，自己的弟弟靳雲鶚又是吳佩孚手下頭號大將，也蠢蠢欲動，有意出麵組織內閣，攝行總統權力。北京各派遺老，也不甘寂寞，一時間北京又是烏煙瘴氣。
段祺瑞哪裏能咽下這口窩囊氣，躲在租界內，頻頻發出通電，聲稱北京發生政變，執政不能行使權力，現北京政府所發命令、通電全部無效。北方簡直亂成一鍋粥，都想伸頭吃一口，可是誰又不敢輕舉妄動。
外交總長胡惟德突然跳了出來，他代表幾個閣員舉行非常會議，並宣布在政局未定之前，由他來維持現狀。可是各方對胡惟德的提議根本不加以理睬。
由於鹿鍾麟對吳佩孚采取妥協態度，京漢線鐵路開始通車，吳佩孚的部隊源源不斷地開到長辛店、盧溝橋，吳的代表田維勤也到北京與鹿鍾麟見麵，讓鹿出麵要求奉軍停戰，隻要奉軍息火，國民軍馬上撤出北京。
奉軍沒有接受，張學良、李景林、褚玉璞三人聯名通電對鹿鍾麟指責說：“鹿鍾麟前日擁段，今日驅段；前日捉曹，今日放曹，一年之間，一人賢否，前後大異，一日之間，兩公地位，彼此互易，好惡無常，恩仇不定。”吳佩孚見到奉軍公開反鹿，而且自恃部隊已控製京都，便分別發出四封電報，一是向張作霖表示國民軍必須全部繳械；二是勸張之江、鹿鍾麟交出部隊後，才能另行重任；三是回答田維勤，國民軍一天不繳械，則他一天不能北上；四是告訴王士珍，指責鹿鍾麟乞和緩兵，離間待變。
吳佩孚和張作霖的強硬態度，使國民軍最後求和的計劃歸於失敗。
奉軍占領通州，吳佩孚部攻克西苑，國民軍隻有離開北京，退往南口。
4月15日，唐之道忽然把他的部隊開進北京，自稱“京師總司令”，出麵維持治安。第二天，段祺瑞見國民軍已經撤離，便從租界地回到吉兆胡同段府，宣告複職，他首先下令罷免鹿鍾麟，為討奉、吳歡心，撤消齊燮元、吳景濂等通緝令，並請張作霖、吳佩孚、孫傳芳、閻錫山公推一人組織內閣。段祺瑞這一措舉，私下已由安福死黨同張作霖達成共識。吳佩孚不明真相，按照他的意思段祺瑞早就該四處躲藏了，怎麼還敢公開通電複職?吳佩孚急忙致電張作霖，問這是怎麼回事?張作霖明知此事是為了應付直係變故所為，可此時，他還需要與吳佩孚合作下去，也隻能丟開老段，解釋自郭鬆齡事變後，奉係與段祺瑞決無任何電文往來，此舉純是安福係從中搗鬼。
吳佩孚得到解釋，特命唐之道派兵監視段祺瑞，並命逮捕全部安福係分子。唐之道原還打算從段棋瑞政府裏得些好處，可此時，見吳佩孚勢力已經伸過來，不敢對吳加以反抗，可就這樣出賣段棋瑞，又於心不忍，遂私下來到段祺瑞住所，將電文給段祺瑞看過，並說：“段公，我不能見死不救，這種局勢，兄弟也幫不上忙，我看你還是想想後事吧。”
段祺瑞看到吳佩孚的電報，心中甚是難受，謝過唐之道，無奈地說：“看來我也隻能走了，原本以為吳佩孚能以國家利益為重，看來他也是個野心家。可是國不可一日無君啊!”
段祺瑞說完這話，再觀周圍安福係分子，看到誰，誰就低頭，幾個月前，這些人都想巴結段祺瑞得個官當，現在大軍壓境，誰也弄不清吳子玉到底是個什麼意思，心裏都打著鼓。
這時，段祺瑞的內弟吳光新從天津趕來，對段祺瑞說：“雨亭請你原諒，照現在的發展，他也無能為力，唯一能保證的，就是能讓你安全離開北京。”
段祺瑞真是欲哭無淚，早知有今天，何必當初呐。他匆匆下了幾道命令，然後說：“就讓胡惟德代理內閣總理，攝行執政權力吧。”寫過委任狀，段祺瑞率死黨曾毓雋、梁鴻誌、吳光新、姚震、姚國禎、許世英、曲同豐及兒子段宏綱，連火車都沒敢坐，乘汽車在奉軍的秘密保護下，逃到天津。
段祺瑞離京後，給胡惟德留下個爛攤子，要命的是，這位內閣總理的話沒有一個人聽。胡惟德，字馨吾，浙江吳興人，今年正是花甲之年。胡惟德早年在上海廣方言館畢業，後出洋任英國公使館翻譯學生，後升隨員。清末任駐俄公使，多年來，一直從事外交事業。本是學究的胡惟德，就這樣讓段祺瑞給推到首相位置上，名義上是總理攝政，實際上是無事可做。鑒於局勢，他隻好呆在國務院內，處理與外交有關的事宜，靜觀事態。
胡惟德自段祺瑞命他為內閣總理到吳佩孚最後把顏惠慶給推上總理內閣寶座，前後將近一個月。這就是說此時的中華民國有一個月時間處於無政府狀態。諾大國土，此情此景，成為笑談。
段祺瑞離開北京後，又是一朝臣子，直係要員齊燮元、王懷慶及奉係大將張宗昌、李景林、張學良、褚玉璞陸續進京。
奉係讓了一步，北京周邊由直係王懷慶任衛戍總司令。
實際上，張作霖對吳佩孚也非常不滿，現在他們共同的敵人國民軍雖退出北京，但實力還在，雙方還要合作，故而才沒箭拔弩張。可吳佩孚得寸進尺，提議讓原曹錕手下的總理顏惠慶出來攝行總統職務。張作霖並不同意，又不好同吳佩孚鬧翻，對吳提議不表態，來個無聲抵抗。吳佩孚的力量多為雜牌軍，在北方的實力不如奉係，而張作霖不僅擁有奉係重兵，形式上，直魯聯軍也歸屬奉係。正是雙方意見分岐，北京政權成為僵局，很明顯，如果沒有奉張的支持，吳佩孚的任何主張也難以實現。