再說二次東征，正當程潛率部往五華進兵之時，叛軍殘部退到華陽、塘湖一帶，重新集結，企圖反攻。
這時，右路縱隊何應欽率第三師向華陽進擊，行至塘湖附近，便與守敵接火，由於後援不足，敵人兵力又強於革命軍，何應欽下令第三師退守洋湖角，等待時機。協同作戰的陳濟棠和馮軼裴部，從李濟深中路軍那裏奉命趕來，前往華陽增援。
叛軍躲開革命軍的鋒芒，轉向河婆進攻，結果遭到那裏的守備一師頑強的阻擊，創傷慘痛，隻好向安流、雙頭退卻。陳濟棠，字伯南，廣東防城人，今年三十四歲，一直在廣東活動。陳濟棠在廣東陸軍速成學校步兵科畢業後，就在廣東軍隊內任下級軍官，從營長升至旅長，現為國民政府第四軍第十一師師長。當陳濟棠率部抵華陽後，馬上隨著第一師向梅林、安流前進，他又將第十一師分成若幹縱隊，拉開大網，將叛軍包圍起來。疲憊不堪的叛軍沒有一點能力反抗，在東征軍巧妙的攻勢下，士氣低落，投降繳械者達五千餘人，有兩幹多名叛軍漏網之後，瘋狂向湯坑逃竄。
東征軍三個縱隊，在蔣介石的指揮下，長驅直入，連繼克五華、興寧、梅縣、大埔後，又占領了潮汕、饒平。陳炯明這回可真是輸光了老本，如同喪家之犬，向閩邊境流竄。與此同時，廣東革命政府又進行了南征，肅清了南部一些地方軍閥。南征總指揮為朱培德，陳銘樞率第一路；王鈞率第二路；戴嶽率第三路；俞作柏率第四路；陳章甫率右側支隊，會戰南陽。
東征一月有餘，國民革命軍將廣東境內之敵全部肅清。
叛軍總指揮劉誌陸乘軍艦逃往香港，洪兆麟乘船赴滬間，為一個叫韋祺的人刺死。
陳炯明多年經營的地盤、軍隊，全部瓦解，可他身陷困境，仍不甘心退出曆史舞台，隻身逃往香港後，開始了他的政治投機，妄圖重返政壇。他在商團叛首陳廉伯的資助下，在香港還出版了《中國統一芻議》一書。章炳麟為該書作了序。這本所謂中國統一的書，分理論、辦法、忠告三章，還有統一方案、南北妥協運動、外交讚助運動等等小節。洋洋萬言中，無非又是陳炯明用來反對孫中山那套“聯省自治”的翻版，而且他還在書中對剛剛新生的共產黨進行了論說：
且赤寇禍國，由於聯俄縱共而來。今日引狼之禍已成，噬及自身，乃知痛癢而絕之，絕之誠是也。但知清黨而不知清共，一任共匪在黨外活動，自懸蘇維埃之旗幟，焚殺各縣之良民。黨軍熟視無睹，且遮斷其新聞，希圖免受國內之指摘，而其兵力，則用於同黨相斫之場。如廣東現狀，是其尤著者也。其匪乘此機會，專在田間，煽動莠良，編練赤衛軍，以抵國民黨之隙，火已燎原，而猶不思早息兵禍，專事撲滅共匪，以自贖於國民，相率而為地盤之爭，坐視赤寇養成，赤地千裏，將來國民政府之命運，不結束於內部之爭奪，必結束於赤寇之蔓延。
實際上，陳炯明也不過是借反共而反對孫中山的三大政策罷了，在失魂落魄之際，也是希望東山再起，利用另一種方式來滿足他的野心。
時過境遷，往日中國西南聯治盟主的威風，早已成了過眼雲煙，他煞費苦心寫的那本小書，也沒什麼反應，人們所看到的，隻不過是一個軍閥無奈的哀鳴。東北淪陷後，陳炯明又發表了告國人書，一方麵取媚於日本人，一方麵大罵共產黨，他說：
“目前心腹大患尤非較輕於日寇。共產黨遍布南部各省，隨時皆可乘機爆發，現聞江西警耗，紅軍有竄入廣東之企圖，如果傾巢而來，我三千萬粵人，先供其製造其恐怖犧牲，決無幸免。中國造成赤色，狂飆東吹，日本帝國主義及其資本社會，勢必隨之俱倒，故此次日人侵我，使我頓失鎮壓赤化之能力，我固不幸，日亦自殺。鷸蚌相爭，同歸於盡。”
貧病交加的陳炯明，在這種情況下，仍不甘心滅亡，暗中聯係北洋軍閥頭子段祺瑞，組織所謂“共和大同盟”。兩位失勢的軍閥沒有軍隊沒有地盤，顯然也是自己給自己開心。經過一段日子，陳炯明在失意和憂鬱中，患了腸炎，病死在香港，結束了他複雜曲折的一生。
國民政府取得東征勝利後，平定了廣東境內的所有叛軍，一時間，廣東呈現出一派和平的氣氛。
廣東平叛的同時，中原的局部戰事一直也沒有停下來過。
1925年後，段祺瑞獨斷專行召開了善後會議，可開了二十多次的善後會議，除了製定了幾個不疼不癢的條例外，幾乎沒做什麼。說起來，段執政也像曆屆總統一樣，不過是個傀儡，北京政府處在張作霖和馮玉祥之間，他左也不是右也不是，盡管他玩弄政局，搞出類似製憲的策略，但軍閥之間，早已經戰雲密布，大有山雨欲來之勢。
首先是張作霖為了給盧永祥出一口所謂的“氣”，明裏暗裏要向江南及長江下遊發展自己的勢力。盧永祥當然心領神會，巴不得盡快從齊燮元手裏把江蘇給奪回來。段祺瑞一方麵想給自己以前的皖係部下盧永祥找塊地盤，一方麵又有些不放心盧永祥對張作霖的態度。恐挑起禍端。段祺瑞擔心盧永祥一旦給張作霖開了方便之門，江南遭炮火塗炭，但細想，把江蘇給皖係的盧永祥總比給齊燮元更保險一些。這種情說況下，段祺瑞在張作霖的壓力下，免去齊燮元的官職，任命盧永祥為蘇、皖宣撫使。
出乎段祺瑞所料，齊燮元欣然從命，將蘇督職權移交給韓國鈞兼理。
齊燮元此舉令人生疑，多有不解。