三、商團聯防總部改組，受省長的節製，其章程須由省長核準；
四、商店即日開業，軍隊同時解禁，調省各軍一律開回原防；
五、商團領械時報效軍費五十萬元。
以上條件，同商團負責人與調解人共同簽字，孫中山予以批準。
次日，全市商店複業。陳廉伯，企圖推翻國民政府，最終卻以一紙所謂擁護大元帥的空文，重又回到廣州，而把那些用來顛覆當局的槍支拿走隻用了五十萬元。這種妥協，為後來商團反叛，埋下了契機。陳廉伯雖然通電表示擁護政府，但通電中毫無悔改之心，聲言自’已是為了廣州城商家的利益。由此，當局扣壓的軍械也沒有還給商團。商人利用這個問題，開始攻擊政府沒有信用，並又醞釀第二次全麵罷市。而此時，孫中山的心思完全在北方，對廣州城發生的事，真有些如芒在背，他一心想擴大革命戰果，利用張作霖和吳佩孚之間的矛盾，加快北伐的步子。
最終，孫中山為能緩和廣州的局勢，撤銷了對陳廉伯的通緝令，但是考慮到槍械的問題，恐被野心家所利用，明令商團必須拿錢才能從當局手中拿回。可是商團以為孫中山軟弱，堅持一次性拿回槍械。就這樣，又開始了示威，並決定在雙十節那日起，全麵罷市，直到政府投降。
此時由於東江聯軍調往北江，準備北伐，陳炯明便從惠州一路無阻地進入了石龍。城內的商團分子，以為孫中山調兵出城，是要放棄廣州，以為機會已到。
10月10日那天，所有西關各街的閘門一律鎖關，僅留單人通過的縫隙。而當天的工農群眾和學生五千餘人舉行國慶遊行通過太平路時，商團軍千餘人，公然向遊行群眾開槍射擊，潛伏在街旁的商團也向赤手空拳的人們夾擊，一時間，血染太平路，死傷幾十人。血案發生後，胡漢民派人到商團總部協商，讓他們遵守協約，不要亂來。說來說去，胡漢民竟然答應商團的要求，以商團二十萬塊錢的價格，又發還給商團三千餘支武器。這一來，助長了商團反氣焰，他們把槍拿到手後，又反說本來武器就是商團的，並以返還的武器不足一半為由，拒絕恢複開市。更有甚者，商團在一些頑固分子的帶領下，上街巡視，勸說已經開業的商家繼續罷市，並提出許多條件，有些條件純屬無理取鬧，比如“廢除苛捐雜稅、造幣廠改為商辦、以商團代替警察”，並要求孫中山下台，到處張貼布告。廣州城也是謠言四起，說什麼陳炯明就要打回來了，要和孫中山算總賬。一時外省、縣商團、鄉團、土紳等也都紛紛亮相，巴不得在陳炯明打廣州城時分得一杯羹，他們自帶武器，加入了廣州商團，準備投入戰鬥。
孫中山接到這些情報，一時也有些拿不準，因為此時他正要圖大業，認為廣州處於邊陲，對北伐可能起不了決定性的影響，一度要放棄廣州，而移師肇慶。此時的孫中山，為了北伐大計，已經離粵在韶關建立北伐大本營，並為此舉行非常會議。
會上，智慧過人的汪精衛首先發言，他說：“總理這樣放棄廣州，實為下策，廣州雖然非戰略要地，但所處的地位是全國任何省市都不能比擬的。如果丟了廣州，無疑等於失去全國。”
趕來旁聽的許崇智，也不同意放棄廣州，並決心保衛廣州的勝利成果。與會者多數都不讚成放棄廣州，孫中山最後采納了多數人的建議，下令將許崇智粵軍及吳鐵城的警衛隊從東江調回廣州，北伐的具體部署稍暫緩，並命永豐艦開到省河加強廣州市的警戒。
廣州領事團一看國民政府要動真格的，又開始叫囂，揚言要派水兵登陸進行武裝調停。胡漢民對領事團的事感到棘手，孫中山卻電告他說：“中國的事，要中國人自己來辦，這回就讓這些洋人見識見識，我孫中山誓與廣州城同在。如洋人先發製人，對革命軍開槍，那你就毫不留情地消滅他們，一點也不要手軟。”
從14日起，胡漢民下令解散一切商團集會。
孫中山離粵後，把留守廣州代行“帥務”的職責交給了胡漢民。
從開始，胡漢民步步退讓，最終得了個這樣的結局。胡漢民得到孫中山在韶關發給他的電報後，心裏有了底。許崇智和吳鐵城的聯軍，星夜兼程，回師廣州平叛。
10月15日清晨，政府軍分五路向商團發起了總攻擊。黃埔軍校的師生，也加入了聯軍。蔣介石將他們分成戰鬥小組，各自為戰，由於廣州城的老百姓非常擁護孫中山，對那些軍閥們深惡痛絕，加之對這些不法奸商的痛恨，自覺地持槍械參加戰鬥。黃埔軍校的學員們，此時正好當上了見習指揮官。這些初浴戰火的學員們，利用手中的武器，第一次享受到作為軍人的榮譽，他們浴血奮戰，很快在聯軍的協助下，摧毀了商團的街壘防線。聯軍越戰越勇，商團們本都是些唯利是圖的小人，個個貪生怕死。
廣州的領事團，一看事情不妙，哪裏還管這些商團，紛紛躲在租界內，觀看時局。
西關很快被聯軍占領，緊接著，駐防佛山的政府軍又包圍了佛山商團的駐地，很幹淨解決了商團的反叛。
這次平叛商團，不僅使廣東革命大本營轉危為安，重要的是從此穩固了革命根據地，同時也使革命軍人認識到了武裝的重要性，尤其是黃埔軍校的學員們，他們在未來的北伐中承擔了國民革命、打倒軍閥的使命，而這次平叛商團，對這些年輕的軍人來說，正是一次非常重要的“練兵”。
廣東的局勢穩定了，可軍閥們存在一天，戰爭的陰影就永遠不會消失。對北伐矢誌不懈的孫中山，看到江浙戰爭爆發，直奉對峙的局麵，認為這是一個好機會，應該抓住這一有利條件，督師北伐，為國民政府在兩廣打開一個新局麵。
直奉再戰，江浙不和，時局陡然生變。
變故並非偶然，從浙督盧永祥通電不承認曹錕賄選總統時起，各路反直的議員，麇集於杭州、上海、浙、蘇一帶。這裏就成了反直的大聯盟，而且孫中山暗中聯係盧永祥、張作霖、段祺瑞，形成一個三角同盟，以對付強大的直係。曹錕和吳佩孚，也日日夜夜想方設法拔掉盧永祥這個“環節”，直係除在北方以重兵防範張作霖入關以外，在南方則派孫傳芳進入福建，再由孫傳芳勾結陳炯明來逼迫孫中山就範，然後再從閩、贛、皖形成網勢，將盧永祥一口吃掉。曹錕政府為謀廣東，任命孫傳芳為閩粵邊防督辦。
廣東革命大本營無法深入，而福建督軍周蔭人也難容孫傳芳。這樣一來，孫傳芳也隻能亟求向浙江擴張勢力。浙督盧永祥就坐不住陣了。