一直虎視廣州的陳炯明，在汕頭召集部將林虎、洪兆麟密謀，想乘聯軍不備，大舉反攻。
陳炯明也和直係達成協議，曹錕任命林虎為廣東軍務督理，洪兆麟為潮梅護軍使，一方麵他們又命孫傳芳為閩粵邊防督辦移駐閩南，並給予進攻廣東的指揮權，同時又調陝軍胡景翼南下支援。直係是想借此加速陳炯明的叛軍攻勢。
軍閥的特點就是有奶便是娘，無信義可言，最後把陳炯明拋開，以林虎統禦廣東。直係的這紙命令，實際上加速了本來就離心離德的叛軍的分裂，洪兆麟、葉舉等人，也不敢造次，生怕失去原有的地盤和兵力，加之東江一帶水災連綿，軍事行動實為困難。
突然的變局，陳炯明想靠直係力量重返廣州成為夢想。
外國的反動勢力，一直對孫中山不滿，因為孫中山政府對滇、桂軍閥所應允的賣國條約，一概不承認，並加強實施自己的經濟計劃，他們便在香港幫陳炯明成立了大本營，同時，利用廣東的買辦階級，輸送軍火給他們成立所謂的商團。
對陳炯明來說，如果商團在廣州城內起事，他可利用現有兵力，裏應外合，把孫中山的革命政府顛覆掉。
廣州商團是買辦、豪紳的地主武裝，原有團員三千餘人，團長就是英國彙豐銀行廣州分行的買辦陳廉伯，由於他們不斷擴大，現已有萬餘人。因為廣州政府宣布抽收鋪底捐，以便統一馬路業權，商團便在海外反動勢力和陳廉伯的策動下，公然罷市，裝備自身，以求對抗政府。緊急的情況下，省長楊庶堪無奈收回成命。這一來，陳廉伯過高估計商團的力量，他通過金錢打通關節，領得購槍執照，並向挪威商行購長短槍九千餘支，子彈一百一十萬發。
8月8日，新任省長廖仲愷正在公府內，黃埔關有人求見。
來人是檢關的負責人，他對廖仲愷說：“省長，自稱全省商團聯防總部的人，在接交貨物單時，我發現他們所購槍支和執照數目不符，而且這批槍支數目龐大，在下深恐有詐，特前來報告。”
隨同前來的還有一個商團的負責人。廖仲愷看過貨單，吃驚不小，這將近上萬支槍械要是流到社會上，非同小可，遂馬上把情況屬實報給孫中山。孫中山知道後，沒容多想，便命令說：“這批槍支不能給他們，立即封存，查明出處，再作處理。”
得到命令後，廖仲愷親自處理此事，扣留了挪威輪船，並派永豐艦將該輪押往黃埔港停泊，同時禁止商團聯防部活動。陳廉伯聽到這個消息，連夜逃到香港，並在那裏密電陳炯明，告之廣州的情況。
陳炯明立刻作出反應，通電聲稱：“攻粵是商團及人民的請求，商團願助款一百五十萬元，已先給五十萬，如不攻粵，則無疑自棄於粵。”
陳炯明這套此地無銀三百兩的話，正好對勾結商團陰謀反叛，供認不諱。商團雖然跑了陳廉伯，可他在香港頻頻派人來粵，不停地給在粵商團打氣。這邊也以為陳炯明就要打過來，認定叛亂時機已到。
蔣介石拿著省長廖仲愷的命令，帶領黃埔師生，扣留了商團這批槍支。商團沒有買國民政府的賬，他們有計劃進行了罷市。尤其那些巨富商人的罷市，給廣州人民帶來了很多不便。孫中山考慮到多數人的利益，加之二千多商團成員在政府門前遊行，在得到商會代表的“有些槍械不是商團的，而是商人自己掏錢為了自衛購置”的承諾後，發還四千餘支長短槍和部分子彈。
孫中山對商團代表說：“陳廉伯私運軍火企圖推翻政府。不過，考慮其中一些人不明真相，部分槍械是自己集資所置，當令省長發還給你們。”
商團代表說：“我們擁護現政府，這樣做無非也是為了能幫助政府維持正常秩序。現在兵荒馬亂的，自己花錢購置槍械也是萬不得已的。”
可是在這些商團領槍時候，又見到政府的規定：商團領槍，每支作價一百六十元，其中已付款者，仍需補交六十元。
商團分子見到這個布告，大為不滿，開始煽動情緒。
一些小報也跟著起哄，有錢的商團成員，甚至買通小報記者，攻擊革命政府，而且又有部分商人恢複罷市。一時間，廣州城蒼雲密布，似乎蘊釀著什麼災禍。對商團這些無禮行為，廖仲愷看得更深一層，認為這種囂張氣焰如不製止，後果不妙。
廖仲愷一麵電令在廣州唯一可以信賴的部隊——黃埔軍校蔣介石所部，命他時刻做好戰鬥準備，一方麵出告示，警告這些商團成員：“陳廉伯勾結吳佩孚，定於8月14日起事，自為督軍，投降北廷。陳廉伯又私運軍火，事發避港，煽惑罷市，奉帥令予以通緝。”
布告發出後，商團非但沒有收斂，反而自發戒嚴令，將商團總部遷往佛山，並通電全省範圍內總罷市，部分商團成員與駐軍劉震寰部發生槍戰。緊要關頭，孫中山知道把槍還給商團是錯誤的，急調兵進省鎮壓商團暴動。黃埔軍校的師生，在校長蔣介石部署下，各自為戰，隨時準備投入戰鬥。
形勢多變，革命政府內部，也有主張息事寧人的。現任商民部部長伍朝樞認為這些商人所以如此，多是稅捐過高所造成，如政府退一步，情況會有變化，他對孫中山說：“最好的辦法就是不要流血，這些商人從根本上不會對國民政府產生怨恨的。”
孫中山當場就批駁說：“梯雲，你怎麼沒看到這是階級矛盾，如果政府退一步，他們就會前進一步，最終把陳炯明和吳佩孚請來，從而斷送革命。”
伍朝樞並不把孫中山的話當真，他說：“哪裏會有那般嚴重，如果你相信我，我去和商會代表們談。商人嘛，不就是眼前的利益，讓他們一步，不等於妥協，而是讓他們明白現政府的寬容。”
孫中山說：“你可真是書生氣，現在不是你律師耍嘴皮子時候，他們所要的是政權，那是你死我活的，而且你還要看到這些商團的背後都是些什麼人，你把大腿讓他們吃了，他們還想啖你的心肝。這就是現實。”
律師出身的伍朝樞，哪裏能聽得進去，遂派人到商團總部去調停，結果是毫無效果，掃興而歸，也覺得這件事非同小可。孫中山見狀，下了決心，為了維護現有革命政權，命各艦隊做好準備，必要時向商團總部所在地的西關開炮。商團有些著慌，這時滇軍將領範石生出麵調停，孫中山給了商團一個機會。
範石生帶著廣州當局的條件，與商團達成五項協議：
一、陳廉伯通電擁護大元帥，大元帥下令取消通緝；
二、商團槍支由滇軍擔保發還；