刑滿後，孫中山將他接往日本。
《蘇報》事件，影響海外，卻也有一個謎，那就是其中主要人物吳稚暉。所涉人物跑得跑，抓得抓，惟有他仍消遙自在當寓公。有人傳言說他變節清廷，反正自此，章炳麟與他水火不相容。
吳稚暉，江蘇武進人，名敬恒，字稚暉。五歲喪母，後入江陰南菁書院讀書，參加鄉試，中舉人，又連續幾次進京參加會試，未能考中進士。他原本是康有為、梁啟超的朋友，後來隨著時局，思想有些轉變。《蘇報》出事後，章、鄒等人入獄，他去了倫敦，在此其間，孫中山與他會過麵，第二年他在倫敦加入了同盟會。章炳麟出獄後，在同盟會繼張繼後主持機關報《民報》，正是在此時他通過蔡元培與陶成章建立了關係。
由於陶成章對孫中山為江浙起義籌款之舉不積極，加之章炳麟對孫中山的不滿，吳稚暉再從說些個人看法，光複會從同盟會分離出去，隻是時間的早晚了。
1910年，陶成章將光複會總部由上海遷到東京，章炳麟和他成為正副盟主。
事實上，光複會和同盟會沒有根本性的利害衝突，光複會分出去後，仍和同盟會同屬革命陣營，性質也沒有變，一俟辛亥革命到來，馬上共舉大旗。盡管如此，孫中山總是不願意看到“分離”的結局，他對光複會有些看法，但為了反清大誌，恢複中華，也認為那是不值得重視的。光複會最先脫胎於陳天華和黃興在拒俄義勇隊基礎上建立的軍國民教育會，規則寫說：“養成尚武精神，實行民族主義。”這是該會的宗旨，並以鼓吹、暗殺、起義三種方式實現革命排滿。該會雖然沒有大的舉措，後來又並入了同盟會，但他的衣缽讓光複會給繼承下來。孫中山就是對自己的敵人，也主張光明磊落。所以，他對光複會有些看法，也不足怪。
1905年到1910年，在日本的同盟會員，大多有共識，但也有不少懷揣各自主張的。
陳其美，該算是有江湖色彩的革命者，他字英士，浙江吳興人。他先是在上海一家商號當會計，聰慧機敏，結交廣泛，在底層幫會結交了不少朋友。1906年，陳其美在弟弟陳其采的鼓動下，去日本看世麵，以求發展，到日本後進入東斌學校學軍事，並經人介紹加入了同盟會，結識了孫中山、黃興、宋教仁、汪精衛等著名領導者，也交了些頗具名望的江浙老鄉，如秋瑾、徐錫麟、竺紹康、張靜江等。這樣一來，沒有多久，站在身後的這些兄長，使剛進東京的陳其美倒像個老戰士了。他雖然加入同盟會，人卻有些散漫，因為同盟會裏，都是學貫中西，才華過人的智者，和他在上海認識那些講義氣的朋友有著天壤之別，這對他的思想，也多少有些轉變。
有一日，陳其美在留學生的聚會上，遇到了蔣介石（蔣當時的名字叫蔣誌清），兩人是老鄉，話自然也就多了些，而且蔣介石英姿勃勃，淡吐嚴謹，對革命形勢滔滔不絕，聊起底層也很內行，而且為人也比較和藹，很容易相處。
陳其美立刻將其引為知己，對其說：“我也是看著，來日本最先的目的不過是結交些賢明的朋友，可一到這裏，思想有所轉變。眼界開闊了。”
蔣介石說：“真是有同感，君臣無道，我雖然是官派留學，可在東京得到的，倒不是軍事上的技能，而是思想上的。”
陳其美說：“學還是要學的，我看透了，這個世界，總是一種力量，那就是人的力量，國家的力量，改變這些，是要有權力的。可權力從哪裏來呀。”
蔣介石聽到這裏，有些不解，心想這人不是個商人吧，難道還想用錢捐個官兒再做事不成。陳其美看出蔣介石的困惑，接著說：“你真是的，我說的是兵權啊!”
蔣介石頓開茅塞說：“一語道破天機，自古以來都是如此。不過，這種權力就產生在道義之上。”
嚴格上說，蔣介石受舊學影響很深，應該還是個儒生。陳其美和蔣介石以兄弟相稱後，介紹他加入了同盟會，還領他去聽了孫中山的一次演講。演講之前，陳其美把蔣介石介紹給孫中山。正是這次在日本與孫中山的會麵，使蔣介石從思想上產生了一次很重要的飛躍，他再也不是那個在上海闖碼頭的迷惘的年輕人了。對他來說，革命的火種已經播入他的心田，他對形勢也看得很清楚，剩下的就是如何抓住機會了。
兩年後，陳其美回國開始革命活動，他以冒險為天職，殺雄雞，喝血酒，和幫會頭目歃血為盟，僅僅三年，從緘默無聞一躍為上海灘出名的革命黨人，以“縱情酒色”掩護革命，用金錢和女人在上海很快打開局麵。他以口齒捷，主意正，手段狠，行動快著稱於上海，在得到革命者支持的同時，幫會也成為他從事秘密活動的有力工具。頭腦靈活的陳其美，很快就發現，上海真正的革命黨人和知識分子，並不高看他，而他們認為真正革命黨領袖應是陶成章，但不久，陶成章死於暗殺，革命似乎帶著一種血腥氣息。但不管怎麼說，陳其美在上海以他的獨特手段，成為當時的領袖人物。
在對待光複會問題上，孫中山的意見為“協力同心，兩會非隻良友，有如昆弟。”他認為暗殺有缺光明，結果也不會太好。
陶成章在“暗殺”的問題上，一直和孫中山有分歧。
盡管如此，光複會出現了徐錫麟刺殺恩銘，熊成基襲擊安慶，率新軍馬炮營一千多人起義等重大的極端事件，無疑提前敲響了清廷的喪鍾。
陶成章極力推崇暗殺，最終也死於暗殺，實在是種諷刺。
一係列的事件的發生，讓大清帝國如同微卵，可謂四處風煙起，天地行幹戈；而一係列的暗殺事件，讓紫禁城裏王公貴族，更是惶惶不可終日。
革命黨人每個動作，都留下火種，最終暗殺目標指向了小宣統的老爹攝政王載灃。