光緒二十八年(1902年)九月二十九日,潘效蘇接任新疆巡撫後,一方麵選派人員協同地方官員著手勘劃各地界址、戶口、錢糧;另一方麵又選派人員專門辦理此事。對勘界過程中的問題,潘效蘇也及時予以解決。具體做法是:一、在莎車、葉城之間增設澤普縣。地理位置也適中,便於相互聯絡。這對當地農業的發展和商業稅征都有好處。
光緒二十九年,潘效蘇又建議將南疆的“疏勒、莎車、溫宿三直隸州改升知府,三州吏目改升府經曆;庫車直隸廳同知改為直隸州知州,瑪喇巴什直隸廳通判改為知州,兩廳照磨改為州吏目。以上改設正佐十缺,衙署、壇廟、倉廒、監獄毋庸興修。廉匪俸公等項一概照舊,已毋庸增減。莎車府屬新設蒲犁通判,新設澤普縣改為皮山縣;疏勒府屬”。這種新的區劃設置,不僅從地理位置上將所屬府州縣的管轄範圍行政劃一,也趨於合理。更有利於中央對地方的管理。
潘效蘇推動在吐魯番地方裁藩設縣。由於當時新疆吏治腐敗,財政收入日不敷出,導致像吐魯番郡王那樣的地方貴族勢力依靠朝廷給予的優惠條件獨霸一方,不聽政府的號令,妄自尊大。鑒於這種情況,光緒二十八年,潘效蘇決定在吐魯番郡王的封地減藩設縣。鄯善設縣後,以魯克沁鎮為郡王的封地,封號不變,其在冊的莊園、田園,都以縣治令納稅。通過裁藩設縣,無形中削減了地方郡王的權力,杜絕了地方割據勢力的出現,保證了稅賦的征收,維護了中央政府在新疆的統治。
潘效蘇采取措施,解決了遷移來的哈薩克族的困難。同治三年,《勘分西北界約記》簽訂後,露國將科布多所屬的齋桑湖全部占去,阿爾泰烏梁海七旗遊牧牧地也幾乎被瓜分殆盡,大批族人不堪露西亞人欺壓向東遷徙,散居、遊牧在阿爾泰山南坡一帶。
科屬阿爾泰山周圍七百餘裏,自借給塔爾巴哈台安插蒙眾之後,烏梁海大片的膏腴之地全部失去,遊牧無資,此處官兵一再呈請,要求收回所借出的草場。科布多之所以要急切的收回所借出之地因寄牧各蒙部之哈薩克,若不將阿爾泰山借地收回,別無安插之處,而塔城之不欲還地也因阿爾泰山之哈薩克,若收回塔境實無餘地可以安插。”由此,雙方來往交錯多年。而且哈薩克散處各地,男女人口數以萬計,漫無限製,法令難以施用。
潘效蘇主張“將原借地段交還科布多參讚大臣管轄,其潛住之哈民人隨地歸,住科布多境者歸科城管轄,住塔爾巴哈台境者歸塔城管轄”。潘效蘇吸取前任饒應祺“操之過急,急生他變”的教訓,提出“收哈一事,不宜操切,務當體察情形,善為開導,隨時妥善辦理”。
他妥善解決了阿勒泰的借地問題、哈薩克族放牧問題,對於阿勒泰的建設給與支持。錫恒為了阿勒泰地方建設問題,請他幫忙,他也慨然答應。
巡撫開了口,新疆的官員就好說話了。嘯天和張襄陽找到迪化知府幫忙,要求招募建設人才和流民來阿勒泰,充實邊防。天氣越來越寒冷,迪化府各地流民饑寒交迫,奄奄待斃。經過迪化知府同意,張襄陽、劉冬雲從迪化等地招募了一批流民,老老少少有3500多人。
這批人在十月底陸續到達。魏大治是在是個幹才,提早做了準備,搭建了簡易的防汙,為每戶準備了數百斤粗糧和日常用具。有了吃的、住的,流民安心多了。安頓好以後墾局給他們劃分了耕地,提供了農具。屯墾事業開始發展了,這是未來事業的基礎。嘯天很重視這件事,責令劉冬雲製定各項製度,約束官吏和農牧民。