阿勒泰與近在咫尺的新疆省並沒有隸屬關係。可是阿勒泰的經濟發展、軍事建設靠貧瘠的科布多是沒有希望的，隻有依靠新疆省。所以，嘯天建議錫恒無論如何要搞好與新疆的關係。
左大帥平定新疆後，新疆的重要性也被當朝大佬充分認識到了，新疆建省被提到了議事日程。光緒十年（1884年）11月17日，清朝政府正式批準新疆建省。天山南北各城辦事大臣（塔城參讚大臣，伊犁之領隊大臣除外）和大伯克一律裁撤，代之以兵備道。改設道、廳、州、縣。
巡撫之職權為統轄各道，節製標營、滿營，督理軍務。任命甘肅新疆巡撫一員，統管新疆的軍政和民政，受陝甘總督領導。
伊犁將軍僅管伊犁河塔城的軍政和辦理對露外交。11月18日，新疆建省公諸全國，省會定在迪化。任命第一任甘肅新疆巡撫劉錦棠，隨後調甘肅布政使魏光燾為新疆布政使。
經過一段時間調整，新疆共設鎮迪、伊塔、阿克蘇、喀什噶爾四道、下屬6府、11廳、3州、23縣與分縣。道以下設廳（設同知或通判）、州（設知府）、縣（設知縣）、分縣（設縣丞）。
鎮迪道，駐迪化府，設分巡鎮迪糧務兵備道一員。轄府一、廳四(吐魯番、鎮西、庫爾喀喇烏蘇、哈密)。
迪化府，增設迪化縣為附郭縣，與昌吉、綏來、阜康、奇台四縣，隸屬迪化府；
阿克蘇道，駐溫宿府，設分巡阿克蘇兵備道一員。轄兩府(溫宿、焉耆)一廳（烏什）一州（庫車）。
溫宿府轄縣二(溫宿、拜城)，焉耆府轄縣三(輪台、新平、婼羌)，庫車直隸州轄縣一(沙雅)。
喀什噶爾道，駐疏勒府，設分巡喀什噶爾兵備道一員。轄有疏勒、莎車兩個府和英吉沙爾直隸廳、蒲犁分防廳、和闐直隸州。
疏勒府轄縣二(疏附、伽師)，莎車府轄州一(巴楚)，縣二(葉城、皮山)。和闐直隸州轄縣二(於田、洛浦)
新疆省的武裝力量包括巡撫所轄之武官（節製三鎮）有：
直轄撫標四營（撫標中營、左營、右營，城守協中營），喀喇巴爾噶遜營，瑪納斯協，濟木薩營，庫爾喀喇烏蘇營，精河營，吐魯番營。
撫標巡撫兼轄，設副將2，參將3、遊擊4、都司4、守備13、千總19、把總52、經製外委34及步馬各隊。
喀什噶爾提督，統轄提標五營（提標中營、左右兩營、前營、城守營），兼轄回城協（回城協中營、左右兩旗）、莎車協（莎車協中營、中左右三旗）二協，英吉沙爾營，和闐營，瑪喇巴什營。歸提督管轄參將 3、遊擊5、都司2、守備15、千總10、把總55、經製外委35及步馬各營隊。
阿克蘇鎮總兵、轄鎮標四營（鎮標中左右三營、城守營），兼轄烏什協、哈喇沙爾營、庫車營。總兵管轄副將1，參將1、遊擊4、都司3、守備10、千總13、把總39、經製外委23及步馬炮各營隊。
巴裏坤鎮總兵、轄鎮標四營（鎮標中營、左右兩營、城守營），兼轄哈密協、古城營，塔爾納沁營，木壘營。巴裏坤鎮標總兵管轄副將1、遊擊4、都司2、守備7、千總11、把總29、經製外委18及步馬各營。
旗營經曆了動亂以後，大大壓縮了，有古城滿營城守尉一員。