（一）逐漸建立並加強對新農合製度的法律建設
目前，我國一直沒有一部法律法規對農村醫療保障製度的運行、監督等問題做出規定，缺乏對參合農民應享有的權利進行法律保障。因此，為了避免各自為政、條塊分割的現象，必須盡快出台一部關於新農合的法律，對交費數額、交費時間、收費人員、收費前告知、簽約後收費、報銷起付錢數額、封頂線數額、報銷項目、不予報銷的項目、報銷比例、報銷所需憑據的種類、轉院製度等做出規定。而對於國家統一規定中影響公平的內容應由各省級立法機關製定出地方性法規。
（二）加強對新農合經辦機構的人員配備
各地方政府應結合本地實際，對新農合經辦機構的人員編製重新考量，原則上1萬人以下的鄉鎮應配備2人，此外每增加1萬人就對新農合經辦機構增編1人。比如一個5萬人的大鄉鎮，新農合經辦機構應配備4名工作人員，才能滿足本鄉鎮新農合工作的需要。因為新農合經辦機構除收繳費用、數據錄入、審核報銷等工作外，還要經常性抽調人員進村入戶及到定點醫療機構核查督導，預防借證就診及其他新農合基金被騙取、套取的風險。加之，隨著新農合工作的不斷推進，有些地方還開展了新農合大病補充保險等工作，無疑加大了新農合經辦機構的工作量。因此，必須從製度上保證新農合經辦機構的人員配備。
（三）製定定點醫療機構的準入準出製度
考慮到新農合基金對醫療機構的支持作用，各地在首次實施新農合製度時，原則上公立醫院均納為新農合定點醫療機構，條件較好的私立醫院通過申請，也可賦予其新農合定點醫療機構資格，但在以後的實施中，新農合管理部門應製定定點醫療機構的準入準出製度。加強對定點醫療機構的日常監管，且每年年底定期對其進行考核，考核內容包括新農合政策執行情況、補償公示情況、軟硬件設施配套情況、服務質量和群眾滿意度等。考核合格，下一年依然是新農合定點醫療機構；考核不合格，下一年取消新農合定點醫療機構資格。通過這樣的準入準出製度，使定點醫療機構轉變一勞永逸的觀念，認真執行新農合政策，努力提高服務質量和服務態度，讓參合農民切實收益。
總之，隨著我國三農政策的實施與落實，我國政府對農民群眾的重視程度越來越來大，作為農業大國，這是我國的基本方針。因此，隻有從新農合製度的改革實踐中認真總結經驗，不斷的完善與充實這一製度，使越來越多的農民從中受益，使新農合製度得到良性的循環。
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