（4）內控製度不健全。一些行政事業單位對製度製定與實施缺乏必要的科學性和計劃性，從而使得內部項目核定缺乏依據，預算編製粗糙簡陋，很難對本單位的資金使用情況進行控製，嚴重削弱了預算管理的約束能力。
（二）內部審計程序不合理
不少行政事業單位的內部審計環節也存在不足。在人員配備和機構設置等方麵未結合自身特點進行合理的設置，導致內部審計係統無法按程序化進行。這使得部分事業單位內部審查部門缺乏權威的監督能力，使得內部會計製度執行力不強，會計監督也成為擺設。其次，再加上審計人員專業素養不夠強、沒有隨時改善人員配備和無針對性的審計製度造成審計缺失和錯位等現象的存在，使得內部審計的質量很難得到保證。
（三）獎懲製度不明確
很多行政事業單位忽視對內部控製獎懲製度的設置或內控執行過程中的獎懲製度不明確。再加上行政事業單位內部控製製度的不夠完善、內部控製執行的評價標準有些模糊，從而使得單位獎懲製度的設置也缺乏一定的科學性，沒有明確的賞罰界限，不能將內部控製執行力與人員績效相結合，獎懲不到位，便不能有效的提高員工的內部控製執行的積極性，同時也降低了員工對內部控製有效執行的自覺性，進而導致員工對單位內部費用濫用、責任不明等問題重視性不夠。
二、加強行政事業單位內部控製執行力的相關對策
從分析我國行政事業單位內部控製執行力現狀來看，我國行政事業單位內部控製仍存在嚴重的問題，要促進行政事業單位內部工作有序發展、增強內部控製執行力，必須加強各員工及領導的內控意識、完善內部控製製度、建立健全內控審計程序等。
（一）提高行政事業單位內控意識
行政事業單位領導要保證單位內部會計內容信息的真實有效，要從我做起，增強單位的風險管控意識，對內部控製製度執行起帶頭作用，對一些不符合製度規定的行為堅決製止，為事業單位的全體工作人員樹立好內部控製製度執行的典範。其次，一把手領導要主動將財務審批等工作轉交給各部分管理部門領導去處理，讓自己更有時間去把握單位的整體布局和發展，全局掌握單位內部控製執行的情況。再次，各行政事業單位結合自身單位的情況設置合理的內部控製以及審計職能部門和崗位，使得單位日常的財務工作和內部控製協調發展。
（二）建立健全單位財務管理製度
行政事業單位要設置好內部控製的關鍵崗位，並將崗位進行合理分工，明確各崗位的責任和權利，避免出現一人多職、崗權混亂等現象。首先設置崗位並放權給財務管理人員，可以讓他們參與單位的重大決策並有一定管控的權利，發揮他們各自的優勢幫助單位更健康的發展；其次，保證崗位之間的合理性，將不兼容崗位分離；再次，定時做好有效監督和定期檢查，防止職責不明等問題，避免崗位設置不合理導致的財務風險；最後提高財務人員等整體素質，包括財務、預算、管理、法律等專業水平。
（三）加強對國有資產的專人負責管理
在行政事業單位國有資產的管理是非常重要的一部分，需要對固定資產的購買、登記、借出、使用和檢查等各個環節的明細賬目和借出歸還手續進行專人保管和檢查，將職責明確化，從而為獎懲設立依據。其次，對於調離單位的管理人員包括領導幹部，要及時清點固定資產情況，避免人走物無的現象發生，對於金額巨大的固定資產要及時上報領導尋找解決方案，降低國有資產流失率。再次，建立對巨大項目決策做決定的領導班子研究、技術谘詢和專業論證相結合的決策機製，由領導和財務管理人員共同研究和決定。