掛牌公司更為嚴格的信息披露製度，新聞媒體對公司的關注度也會極大增加，使公司的很多信息都暴露在競爭對手的麵前，也對企業商業秘密及關鍵技術保護工作產生一定的挑戰。如《全國中小企業股份轉讓係統掛牌公司半年度報告內容與格式指引（試行）》中要求“尤其應說明行業的發展情況、市場競爭、產品或服務重大變化與調整、重要研發項目的進展、核心團隊與關鍵技術的變化、供應商和客戶的變化、銷售渠道變動、成本結構、收入模式變動、季節性、周期性特征等對於經營的影響情況”等，這些信息的披露對保持企業經營和技術等方麵的獨特性產生了影響。
（四）社會責任風險
掛牌企業已經成為了公眾企業，社會及媒體等對掛牌公司社會責任的履行情況給予了更多的關注，若企業在社區的福利、環境保護、公益事業和公益捐贈等社會責任方麵未盡到義務或者處理不當，都可能造成企業股價異常波動。如浙江晶科能源“汙染門”事件之後，其在紐交所的股價一日內下跌28%。2008年萬科在汶川地震當日及時捐贈220萬，但事後王石的博客撰文表示“萬科捐款200萬是合適的”等言論，卻引發了網友強烈不滿，萬科的股價在六日內大跌12%。
（五）資金利用風險
在取得融資資金後，掛牌企業能否有效利用資金，投向新的技術研發、產品生產或者項目建設以獲得高回報？如果資金利用不善，可能會對企業的盈利、現金流以及之後的融資、股份轉讓等產生不利影響，產生資金利用風險。一些上市公司IPO募集資金到位後，並沒有明確的資金利用方向，而將大量資金投入理財產品，引起了不良的社會反映，對其股價產生了不利影響，正麵臨資金利用風險。
（六）流動性風險
新三板平台股份的流動性尚不如創業板、中小板等場內交易市場，掛牌後的融資及股份流通並非十分容易。有些企業掛牌後尚無一筆股份轉讓交易，目前共有掛牌企業六百餘家，而近期每日平均成交金額僅不足兩百萬。交易係統因市場情況和風險防控的要求，對個人投資者的準入標準提高到“名下前一交易日日終證券類資產市值500萬元人民幣以上”。新三板的股份流動性尚存在短板，企業掛牌後也可能麵臨融資和股權轉讓不理想的風險。
（七）價值低估風險
由於新三板門檻較低，也無硬性企業盈利及規模等要求，導致掛牌企業良莠不齊。優質企業和一些經營狀況並不理想的企業“同台競技”，有可能會拉低優質企業在吸引融資時得到的估值水平，產生價值低估的風險。
總之，掛牌新三板的門檻雖然較上市大大降低，為企業帶來了諸多便利，也帶來了新的發展空間，但是企業要為此付出的代價並不小，新三板掛牌相關的的各種風險需要企業積極識別和管理。這些代價和風險可能會在短期內對企業的經營產生困擾，也可能成為企業成長的動力。
企業須依據自身發展目標與財務狀況，謹慎衡量掛牌之路的收益與風險，作出充分有效的準備工作和應對措施，為企業成功掛牌新三板及掛牌後的高效融資和持久發展奠定良好基礎。
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