（一）區域內行政協調不足
廣東各區域之間聚合力不強，各區域及城市由於政績的非共享性與排他性，區域為實現一定的經濟發展目標，達到較高的政績，在給予本區域較大的優惠政策的同時會盡力阻止其他地方產業進入本地區，為了各區域發展爭奪資源等各自為政現象明顯。在廣東四大經濟區域板塊中，即珠三角、東翼、西翼和粵北地區，毋庸置疑，珠三角區域在創新資源環境、相關產業政策配套、創新科技人才的吸引、資金的投融資渠道等方麵可謂占盡優勢。2014年廣東財務資源投入中的R&D 經費內部支出，珠三角區域占整個廣東的80%。科技活動經費籌集中的企業資金方麵，珠三角也遙遙領先於其他經濟板塊。相對其他區域，珠三角區域充分發揮其集聚優勢，但對其他區域的擴散效應及輻射效應不顯。造成這一現象的主要原因之一是各區域之間缺乏較為統一且有號召力的行政組織架構，沒有建立統一協調並組織分配區域高新技術產業間的競合模式。英國著名學者Davies曾提出經典的“負協同”理論，即若區域政府之間行政、製度上的障礙導致協議的缺乏，將會產生所謂的“負協同效應”，係統要素之間呈現“1+1
（二）區域內產業同質現象較嚴重
早於2009年，廣東提出“雙轉移”戰略（即產業轉移和勞動力轉移）和出台《珠江三角洲改革發展規劃綱要》（2008-2020），重點解決區域產業發展分工，及由此所衍生的各種軟硬件資源的分配，明確指出珠三角重點發展現代服務業，東、西翼及粵北依托自身環境及產業現狀，以工業強市、服務業旺市的發展方向，主動承接及迎合珠三角高新技術產業的轉移。但廣東區域內各板塊行政體係在區域高新技術產業領域的整體統籌規劃方麵協調力較差，各板塊定位與分工不明確，導致區域內與區域間在產業發展戰略上呈現較為明顯的趨同現象。如東莞市高新技術產業開發區與東莞鬆山湖高新技術產業開發區，廣州的科學城和中新知識城等園區內企業的同質化較為嚴重，盲目跟風投資現象較為明顯。
（三）產業協同創新效果質量不高
2014年廣東規模以上工業企業研發投入占主營業務收入比重為1.17%，高新技術產品產值為5.18萬億元，工業企業發明專利授權量為1.7萬件，工業企業PCT（專利國際合作協定）國際專利申請量為1.3萬件，但較之於長三角區域及京津冀區域，廣東各項指標均不占優勢。受限於改革開放後廣東高新技術產業發展定位，其產業的特點是外向型經濟較為明顯，全省規模以上工業企業近60%為外源型企業，高新技術產業的發展通過外商投融資帶動發展比重較大，在廣東的外商投資企業中90%以上研發活動都在境外的公司或專門的研發機構進行，這已是製約廣東高新技術產業協同創新效果質量提升的主要瓶頸。
（四）產業協同創新主體動力不足
廣東高新技術產業協同創新主體均有著不同的利益追求，集中體現在行業協會、企業、科研院校等組織缺乏協同精神及創新理念。高新技術各類企業的行業協會力量非常薄弱，部分企業的行業協會仍處於空白現象，已有的行業協會也未真正發揮應有的效用。而安於現狀，短期發展思維、采用追隨戰略方針導向的企業比比皆是，長期停留在以價格、數量、市場換技術的低水平發展階段，自主研發和創新的願望和能力不足。科研院校則偏向於追求研究的學術價值，與行業企業脫節現象較為嚴重，科研技術轉化水平較差，轉化效果不明顯。校企合作特別是深度合作體製僵硬，其合作大多是項目合作的方式，停留在被動性、短期化、臨時性的層麵，其麵向社會經濟發揮主戰場的研究動力和能力匱乏。以深圳為例，深圳市科技局對深圳市79 家企業進行調查的結果顯示，有51.9%的企業與國際中小企業進行合作，有 41.8%的企業與跨國公司進行合作，但與其他對象的合作程度非常之低。
四、構建廣東高新技術產業協同創新機製
（一）高新技術產業協同創新運作機製
廣東高新技術產業協同創新係統主要由政府、市場（企業及客戶）、科研院校、金融機構、行業協會中介機構等主體構成。其中，政府是協同創新的牽頭者，負責製訂產業發展規劃，設計政策體製，搭建服務平台，調配各項資源等，特別是建立一個科學高效的協同性行政架構（可由省委省政府主要領導擔任組長，各地級市分管經貿市長擔任組員），對涉及區域性發展、公共事務、地方分工、地方或創新主體間利益協調等方麵的問題進行合理的調控。市場（企業和客戶）是協同創新的實施者、發源地及實驗載體，企業負責研發、生產、應用和推廣高新技術；客戶負責向企業提出理念、技術、 產品、服務等需求，並將實際使用效果反饋給企業。科研院校是協同創新的有力支撐者，負責進行知識創新、知識傳播、技術服務、行業應用解決方案等活動，並為企業提供各類人才。行業協會中介機構是協同創新的橋梁，介於政府、市場之間，介於產品生產者、經營者及消費者之間，是高新技術產業的發展提供服務、谘詢、溝通、監督、公正、自律、協調的中介組織。