3.變相改變“指導”關係
由於《村組法》僅規定了鄉鎮與村是“指導與被指導的關係”這樣就會出現要麼村委會完全聽命於鄉鎮政府，要麼抵製鄉鎮政府的過多要求而使上下關係不順暢。村與鄉鎮關係不暢會影響村民的生產生活利益，村委會也不容易反映和解決村民的訴求。
（二）村支部與村委會關係不融洽
自實施村民自治以來最普遍也最嚴重的問題是村“兩委”關係不和睦，甚至矛盾對立。《村組法》第二條規定了村委會是村民選舉產生的進行自我管理、自我教育、自我服務的基層群眾性自治組織；第三條又指出中國共產黨在農村的基層組織，按照中國共產黨章程進行工作，發揮領導核心作用；依照憲法和法律，支持和保障村民開展自治活動，直接行使民主權利。《中國共產黨農村基層工作條例》和《中共中央關於進一步加強農業和農村工作的決定》等也都隻是強調村支部在農村社會管理中的領導地位。
雖然，黨和政府既希望依托村委會來保障村民的自治權，發揮他們的積極性和創造性，又希望加強基層黨支部對農村工作的領導，以達到農村管理雙強。然而事實上，對農村黨支部的領導範圍和方式未作明確規定的情況下往往是顧此失彼。普遍存在的是村支部書記處於“一把手”的地位，是最高村務領導者和事實上的法人代表。村支部包攬一切村務大權，村委會成了附屬；或者是村委會與村支部爭權，村主任和村支書爭誰是“一把手”；或者是“兩委”各自為政，互不服氣。村支“兩委”關係不睦，整個村的公共事務和公共事業都要受損，尤其是在村支部強、村委會弱的村，村民選出來的村委會主任因沒有實際有效的管理權和決策權，難以代表村民的意見，維護村民的民主權利。
三、村民自治存在問題的原因探析
（一）《村組法》規定下的鎮村關係異化
《村組法》明確了村民自治下的鎮村關係是“指導與被指導”的關係，村委會對鄉鎮政府的工作隻是“協助”，改變了原來的“領導和被領導”關係。但是，沒有明確怎樣指導、指導什麼，哪些是鄉鎮有權指導的，哪些屬於村委會職權範圍內的等等，規定不明確導致了兩者關係不明晰。鄉鎮幹部為了部門利益和小集團利益往往會過多幹涉村治事務，從幹預選舉到日常的任務安排、政令下達、財務代管。
有關法律規定的過於粗略和原則，致使鎮村關係不明晰，村民自治的製度供給不足。鄉鎮政權本身相對於村民來說就掌握著許多權力資源和社會資源，再利用製度空隙很容易侵害村民的自治權，使立法者製定製度時的設計初衷難以落實。
（二）村支“兩委”體製不順，缺少明確的運行規範
《村組法》和《工作條例》等規範性文件麵上看已經把村“兩委”關係明確劃定，實際上仍是不明晰的。村委會怎樣自我管理，哪些是所屬的管理範圍，村支部如何發揮領導核心作用，領導的範圍和方式等都沒有給出明確的界定。再加上一些村幹部為村民服務的意識不強，缺少民主法製觀念，本身素質不高就更加重“兩委”關係衝突，最終使村民自治製度實施不力，村民自治權得不到保證。
（三）村級組織機構架構不合理
當前村級組織機構權限分配不明，某些方麵的製度規定有悖邏輯和法理。
一是，村支部與村委會幹部交叉任職或重疊任職，“兩委”權力不平等，職權難以充分行使，從而使村委會陷入尷尬境地甚至有名無實。
二是，村民會議或村民代表會議的職權設置的保障不足，村支部會和村委會都可能架空村民會議或村民代表會議的法定地位。現實中，村官罷免難和民主決策難的主要原因都在於“村民會議由村民委員會召集、由村民委員會召集村民代表開會；當有十分之一以上的村民提議，應當召集會議”的規定違背了民主決策、民主管理、民主監督的邏輯以及村支部實際領導地位的阻礙。這種“會議雙重召集製度”和罷免權在實際操作中極難落實。主要原因：一方麵，目前農村中農民一般居住分散，經濟活動也分散，召開村民會議的難度極大、成本極高，要求聯名罷免村委會成員更是難以實現。另一方麵，村民提出召集村民會議，有關法規並未明確規定向誰提出，村委會也就成了實際上的唯一召集者。所以，村民會議雖有決策權和會議決定權和罷免權，但因缺乏現實可操作性而難以依法獨立啟動。實際存在的最多就是“對村委會有利就召集，不利就不召集”的現象。
（四）村務公開製度的實施和監督、考核不夠
雖然法律規定必須公開村務，村民由於知識和能力的局限不清楚如何監督公開，《村組法》也沒有規定具體的監督程序，作為上級政府的鄉鎮出於各種各樣的考慮對村務公開也是“睜一隻眼閉一隻眼”，沒有拿出強有力的監督考核手段。各村一般都成立有民主理財小組，但是理財小組的成員很少是村民選舉產生，依附於村“兩委”，與村幹部關係密切甚至就有村主要幹部參與，再加上農村是熟人社會，大家之間講情麵，難以真正核帳清支。