在過去的20年中，國發院幾乎參與了中國的每一次改革進程，從早期的農村土地改革，到國企改革，到電信改革，再到如今的醫改、城鎮化方案、老鼠倉的揭露等，都與之息息相關。
第二代青年學者李玲參與的醫療改革首次提出了“頂層設計”的概念。李玲等人還曾被請進中南海，為中央政治局集體學習一些重大課題做講解。
1998年以來，周其仁開始組織關於電信業市場開放的研究。
“他當年參與了電信改革的討論，他的方案就真正成了電信改革的方案。”姚洋說。
2008年，中國經濟研究中心改名國發院。一是林毅夫認為經濟學發展到今天不僅是經濟學的問題，還納入了政治學和社會學問題；二是2005年以後，海歸機構越來越多，中國經濟研究中心的說法被多家機構采納。
“我們做什麼事都是領風氣之先，別人跟著我們學，我們就想，那幹脆做個別人複製不了的。我們就做一個綜合機構。”姚洋說，“也隻有北大能容忍我們，在別的地方想這麼做，阻力會很大。”
“能夠比較好地提出建議，被國家采納，我想我們的研究是比較符合正確決策的思維方式的，容易看到問題、解決這個問題要達到的目標是什麼，又不脫離國情。”林毅夫告訴媒體。他本人曾是朱鎔基、溫家寶兩任政府總理的幕後智囊團成員。去年秋天，習近平還專門找他談了40分鍾，希望林毅夫做好智庫。
2000年3月
留日學者施建淮加入。
十八屆三中全會後，林毅夫獲聘國務院參事。此後，“國發院”每個季度都會給參事室遞送一份有關中國宏觀經濟的報告，這已經成為機構的日常工作之一。直送中南海領導秘書、中央研究室、國務院參事室是目前非官方智庫機構遞交政策建議的主要渠道。
“我們希望內部有一些深入的討論，直接為政策服務。我不用考慮領導不高興這個報告，我這個級別升不上去了（這些問題）。如果那樣，肯定影響你的觀點，”23歲時在“九號院”見證當時改革的黃益平，如今主抓“國發院”的智庫品牌建設，他告訴媒體，“九號院的時候其實改革剛剛開始，大家也不知道要做什麼樣的事情，然後一幫年輕人被推到了很特殊的位置，發揮了非常大的曆史性作用。現在（的情況）是對很多問題有一些認識，（但）有一些問題認識不足，可能是更多地通過學術單位（來研究）。”
2003年9月
留美學者李玲、沈豔、馬浩、曾毅加入。李玲的醫改方案被采納，還曾被請進中南海，為中央政治局集體學習一些重大課題做講解。
“我們會提出意見，但我們的態度是，沒有任何期待”。姚洋特別強調了國發院的獨立性，“我們的意見隻供領導人做決策時參考，和國家智庫不同，國發院的定位還是做一些中長期的研究，哪怕做短期我們也是以獨立人的身份做。”
越來越多的留美、留英學者加入到“國發院”，他們認為這裏是研究中國問題最好的地方。“中國是個金礦，你不能回到中國來，坐在這個金礦上麵，然後去挖煤礦，你要挖出金礦來。金礦就是中國的現實，做研究就是要服務中國的現實。”林毅夫常常告誡他的同事們。
“君子和而不同”
朗潤園裏的每個人都自覺或不自覺在這裏營造著一個烏托邦。
“君子和而不同。在過去20年我們能夠在一起創造中心，恰恰反映了這句話。”在國發院20周年院慶慶典上，易綱在北大百年講堂打趣道：“我們這幾個人，現在看起來有多麼年輕，你就會想到在20年以前，我們這幾位是多麼的年輕。”
他的身旁，是當年一起創業的另外4個夥伴：林毅夫、張維迎、張帆和餘明德。海聞因教學安排沒能趕到慶典現場。
國發院創院“六君子”如今已是中國經濟學家中閃耀的一代。林毅夫擔任過世界銀行高級副行長兼首席經濟學家；周其仁在中國農村家庭聯產承包、電信、醫療、城鎮化等多個領域的改革中頻頻發聲；易綱現任央行副行長、國家外彙管理局局長；海聞先後成為北京大學校長助理、副校長。
這些人各有發展路徑，但仍然沒有脫離北大“國發院”，朗潤園的庭院裏依舊保留著他們的辦公室，從鏤空的古典窗子望進去，一切井然有序。
1999年3月
留美學者梁能、金甫春、平新喬加入。
如果沒有例外，每周一中午，朗潤園的一間會議室裏會舉行一場工作會餐，桌上的食物一般就是一個盒飯，但這絕不會影響到聚餐的精彩程度。
“如果周老師（周其仁）在，他會講他去調研時發現的一些問題和趣聞，大家一起討論，非常有意思。上次我們討論到城市發展中綠化的問題，細化到了樹苗購買。”張帆告訴《博客天下》。
2002年9月
留美學者沈明高、汪浩、張黎加入。
2001年9月
留美學者趙忠、柏蘭芝加入。
在姚洋看來，學者可以分為兩類，一類是刺蝟型，隻專注做一件事情；另一類是狐狸型，興趣非常廣泛，涉獵領域很廣。“我們這裏最受尊重的兩位教授就分屬這兩個類型，林毅夫極為專注，他要做的事一定能做成，周其仁的興趣廣泛，行動力強，在很多領域都有深入研究。”
與80年代那群走出“九號院”的年輕人相似，國發院的學者也秉承著兼容並包的氣質，它由一批充滿改革熱情的年輕人創立，而這個機構也成就了這裏的每一個人。
國發院教授汪丁丁認為，朗潤園裏的每個人都自覺或不自覺在這裏營造著以精神共同體為理想形態的社會網絡—一個烏托邦。
他在回憶文章中寫道：“我們這一代人，在60歲的時候，人生的體驗足夠豐富，以致我比我年輕時有了更深切的感受，於是我在2013年9月出版的《新政治經濟學講義》序言的結尾寫了這樣一段文字：“自由，是整體之事，我們一起成長。我們的‘成長’，定義是：有能力欣賞更自由的人生。”
張帆至今記得從“九號院”走出，後對國發院委以信任的一位元老的說法：“我對中心的信任是基於我對這幫朋友的了解。”
“國發院是一個時代和一個群體的成就，而我隻是其中的一名代表。”林毅夫告訴《博客天下》。