1、偵查手段適用條件靈活、寬鬆。除逮捕之外，其他強製措施要麼沒有規定適用條件，要麼條件寬泛、模糊，即使搜查、扣押、凍結財產這類涉及人身自由和財產安全的嚴厲強製措施，也沒有規定適用條件及限製情節，以致將犯罪嫌疑人的防禦能力削弱至最低，這極易造成偵查機關對偵查措施和偵查手段使用上的不節製。
2、刑偵手段不節製。這是糾問式刑偵模式的通病，主要表現為：任意使用強製措施，習慣進程是先抓人——後取供——再取證；重大偵查手段（如搜查、扣押）使用較隨便。
3、片麵追求破案率，寧可冤枉無辜也不可放過罪犯的辦案政策，這也就造就大量的刑訊逼供的發生。
（二）偵查模式與審判模式存在機製衝突
我國的偵查方式是比較典型的職權式，偵查權力強大，手段寬泛。采取搜查、扣押、拘留等強製措施，根本不需要任何司法令狀。可以說，在偵查階段，由於偵查機關的特殊地位，形成的僅是“追訴者”和“被追訴者”雙方構成的訴訟構造，缺少一個相對獨立的司法機關對偵查活動進行監督。刑事訴訟法修改後，盡管擴大了律師作用，吸收了抗辯製構造的一些合理部分，但也同時出現了職權式偵查與當事人主義特征的對抗製庭審之間的矛盾，使我國訴訟結構內部存在機製衝突。這種狀況，難以使偵查方式與庭審方式產生相輔相成的效果。
（三）以口供為中心的偵查訊問模式
新刑訴法的施行，雖有不少值得讚譽之處，但遺憾的是從古至今 “口供”作為“證據之王”的觀念沒有絲毫的改變。在偵查實踐中，通過訊問取得口供，通常會被偵查機關作為最主要、最關鍵的收集證據的方法，犯罪嫌疑人做出有罪供述被看成是“重大”偵查成果。由於刑事訊問是獲取“口供”的必由之路。因此，偵查人員對刑事訊問趨之若鶩。事實上有了“口供”就意味著可以破案定案。故偵辦方不惜采取一切措施包括威脅、利誘、脅迫、欺哄、唆使乃至刑訊逼供等手段來獲取“口供”。我國刑事司法中傳統的“坦白從寬，抗拒從嚴”的政策，意味著嫌疑人、被告人在訴訟中承擔實質性證明責任。作為刑事司法最低公正標準之一的“不被迫自證其罪”這一特權規則沒有確立，犯罪嫌疑人不享有沉默權和不供述的自由，仍有向偵查人員“如實陳述”的義務。
三、我國偵查製度的改革與完善
（一）以法治精神引領偵查程序改革
樹立起個體本位觀念。人作為個體，他是社會整體的基本構成單位，他隻有獲得獨立的地位，並擁有相應的權利，才能成為具有個性化的社會構成元素，才能整合成一個民主的、自由的、有創造力的法治社會。法治社會固然重視群體的存在，但更應關注個體的法治生存狀況。偵查程序的“法治”，就是要通過構建正當程序，充分尊重程序主體的個性，保障他們個性化的合法權益。偵查程序參與者在體察人共性的同時，也必須要對程序主體的個性行為予以充分關注，樹立起個體本位觀念，關心具體的犯罪嫌疑人、證人和被害人，保障他們的具體程序權利。
樹立權利本位觀念。法治社會不同於以往其他形態的社會，一個重要的標誌就是權利本位，而其實質應當是弘揚作為社會主體——人——具體的權利，弘揚人的主體意識和自主精神。這要求偵查程序參與者必須認識到偵查程序的目標在於保障程序主體的合法權利，尤其要保障犯罪嫌疑人的程序權利。應將權利本位作為偵查程序法治的核心，並將之整合進偵查製度的設置、運作過程中。