1、憑借與政府緊密的聯係，許多官辦資金依據相關的條例規定獲得較大的發展空間，以此發展壯大而形成壟斷。例如，汶川大地震時，根據國務院的要求，“各級紅十字會、慈善會等具有救災宗旨的公募基金會可以以救災名義向社會開展募捐活動，接受救災捐贈。其他社會組織接受的捐贈款物要及時移交民政部門或者紅十字會、慈善會等具有救災宗旨的公募基金會。”之後根據民政部的公告，出中國紅十字會總會、中華慈善總會外，民政部僅確定16家全國性公募基金會具有開展抗震救災捐贈活動的資格，而這16家全國性公募基金全部是官辦基金會。這樣的規定條例無疑給官辦基金會發展慈善事業帶了了莫大的幫助，而官辦基金會也以此能夠獲得更好的發展。
2、雙重管理體製下非官辦基金會發展舉步維艱。政府對於民辦基金會以登記注冊管理及日常管理實行登記的管理部門和業務主管單位雙中負責的雙重管理體製進行層層審查，許多民辦基金會，特別是民辦公募基金會因為找不到掛靠的單位一開始便過不了審查關，蔫苗於起跑線上。但另一方麵，官辦基金會憑借其行政關係十分容易找到掛靠單位，這樣的雙重管理體製卻對官辦辦基金會這類“根正苗紅”的基金會“開後門”。甚至有許多影響力極大的民辦基金會囿於“名不正，言不順”的尷尬處境。直至2011年壹基金落戶深圳成為中國第一家民辦公募基金會之前，中國所有的公募基金會都是官辦性質。而壹基金的創始人李連傑就曾在2010年透露壹基金麵臨中斷的危險。
由此可看出，在我國對公共組織雙重管製的管理體製之下，官辦基金會和非官辦基金會“嫡庶有別”，官辦基金會依靠其同政府部門的關係而形成壟斷，這樣的管理體製和現狀也限製了許多非官辦基金會的發展。
二、基金會現存問題的原因分析
（一）政府對於基金會“放”與“管”監管力量失衡
由上述基金會出現的三大問題我們不難看出，無論是內部的官僚色彩還是受外部約束而產生的行政壟斷，政府幹預過多無疑是問題的根本原因。
基金會應是一個獨立的、公益性的非政府組織，但我國當前基金會與政府之間的關係界定不明，政府似把基金會作為其在慈善領域從事慈善事業的部門，而基金會也依靠政府的力量得以發展。而對於出現的諸多問題，似乎不能夠一味的說是因為政府對基金會的管理過嚴或過鬆導致的，而是政府幹預基金會的發展並且以規製的手段加以區別監管致使亂象叢生。
1、政府對基金會的“管”不僅體現在嚴格的雙重管理體製的審查及較高的公募基金會準入規則，還體現在利用以安插具有行政背景的管理層人員和用一些慈善條例來約束基金會的方法，似將基金會作為政府從事公益事業的工具，以此來進行管理。建立官方背景的基金會實為政府對基金會最大的“管”的手段。這樣的“管”其實已經越過了政府對於基金會這類非政府組織的監管的職能，這樣的“管”實際上已經成了幹涉，將本屬於第三部門的社會組織變為其行政工具，這樣模糊的性質定義必定會造成基金會的功能失效，這其實是所有問題的根源。
2、政府的基金會管理的“放”則體現在利用其行政監管的職權對於官辦基金會監管的放任，因官辦基金會與監管部門的裙帶關係致使相關監管部門對於有官方背景的基金會監管不到位，對於其違規的活動視而不見，從而導致如內部腐敗、貪汙善款、掛靠慈善名義利用盈利手段斂財等問題。這也導致了基金會的公信力缺失。
（二）“事前管製”模式的局限
我國對基金會進行嚴格的事前管製，基金會有較高的準入標準，如登記注冊管理及日常管理實行登記的管理部門和業務主管單位雙中負責的雙重管理體製要求了基金會必須有相應的掛靠單位，而注冊資金門檻也較高，全國性公募基金會原始基金不能低於800萬元，而地方性公募基金會原始基金不得低於400萬元，非公募性基金會原始基金不得低於200萬元。
這樣嚴格的事前管製確實使得原先基金會良莠不齊的現象有所改善，但是另一方麵又限製了許多基金會的發展，特別是雙重管理體製之下對於掛靠單位的要求成為擋在許多民辦基金會麵前的巨石。除此之外，我國對於基金會將事前管製作為管製的重心，而往往忽略的事後監管，在基金會的運作之中存在的許多違規的活動並未及時的糾正製止，而是采用“事前監管”與“事後補救”相結合的管理方式，隻有等到真正除了問題時才對其采取相應的措施，並沒有在基金會的運作過程中找出問題及時管理。
（三）法律基石的缺失
從其他國家的基金會立法觀之，為保障基金會的公益性，大陸法係國家一般是先在民法典中對於財團法人的製度進行規定，以此作為私人自治的依據，再在此基礎上製定針對財團法人的行政規製，以此來保障實質為財團法人的基金會的公益性。例如，德國先是在《德國民法典》中製定了財團法人製度，為基金會提供了私法架構，後是在各州出台相應的《財團法》，為基金會提供了公法架構，其二者根據民法典中的“轉介條款”實現對接，邏輯清晰，體係嚴謹，效力明確。而在我國，因在民法中沒有財團法人的概念將基金會定義為非營利性法人，而《基金會管理條例》等許多複雜的行政法規與部門規章在沒有民法典的前提下作為基金會運作的全部法律依據。這便導致了基金會的具體運行規則及管理規則不成體係，零散混亂，甚至缺失抵啎。除此之外，以行政立法的形式來對基金會進行規製會使得基金會失去私法人格，這也為行政權力幹涉基金會埋下隱患。