然而，在補償不到位的情況下，很多地區還要對鄉村衛生所收取一定費用。北師大課題組表示，幾乎所有接受其調查的村衛生室，都承擔了來自衛生監督、地稅、工商、藥檢、物價、質檢、防保等部門的費用。其中包括：合作醫療協議費；合作醫療報表費；年審費；考核費；培訓費；印刷費；會員費；訂報費；處方、發票費；網絡費；軟件費（主要是相關軟件更換）；器械費；車馬費；耗材費；房屋維修費；水電費；取暖費；消毒殺菌費；不定期檢查費（主要是地方藥監部門收，要發票2000元打底，不要票據幾百塊錢了事）、餐飲費（下鄉人員餐飲費），等等。
自2009年啟動本輪醫改，國家一再重申“強基固本”。衛生部部長陳竺在2013年2月21日召開的全國基層衛生和新農合工作會議上專門提到，要使每名鄉村醫生的各項收入合計不低於2萬元。陳竺同時表示，各地要全麵落實鄉村醫生補償政策，明確鄉鎮衛生院和村衛生室的公共衛生任務分工，將40%左右的公共衛生任務交由村衛生室承擔，考核後撥付相應比例的經費，不得擠占、截留和挪用，對克扣鄉村醫生補助經費的行為要給予嚴肅處理；要合理製定一般診療費標準和新農合支付標準與辦法，發揮新農合對村衛生室的補償作用，新增的門診統籌資金要有50%左右用於村衛生室；落實村衛生室實施基本藥物製度專項補助，補助水平與當地村幹部的補助水平相銜接。
去年8月29日，國家衛生計生委也下發通知，強調鄉村醫生各項補助經費實行預撥製，各地應當采取先預撥、後結算的方式發放鄉村醫生補助，由縣級財政部門直接將補助經費的80%以上按月撥付鄉村醫生，餘額經考核後發放。要確保資金專款專用、及時足額撥付到位，不得挪用、截留。通知同時為鄉村醫生的各項補助明確了“門檻”。要求各地明確村衛生室和鄉鎮衛生院的基本公共衛生服務任務分工和資金分配比例，原則上將40%左右的基本公共衛生服務任務交由村衛生室承擔；合理製定村衛生室一般診療費標準，原則上為10元左右，並確定新農合支付標準和辦法；對實施基本藥物製度的村衛生室，采取定額補助的方式進行專項補助，財政補助總體水平與當地村幹部的補助標準相銜接；鼓勵有條件的地方，提高對具有執業（助理）醫師資格、作出突出貢獻和在邊遠地區執業的鄉村醫生的補助水平。
“村醫補償的關鍵在於如何落實現有政策。”李同強在《揪心很多問題》一文中如是感慨。
造假之痛
公共衛生服務費用及基本藥物補償不到位，所帶來的影響，遠不僅村醫收入降低這一層麵。
北師大課題組在調研中發現，在各種補償不到位的情況下，鄉村醫生為了維持自己的收入水平，通過各種方式來彌補。務農種地、兼送快遞……是他們一些人中除行醫之外，另一份營生。單就行醫本身，有些村醫會通過銷售非基本藥物、基本藥物不實行零差價、大量輸液等手段提升現有收入。“基本上每個地方的鄉鎮衛生院、村衛生室基本藥物和非基本藥物都同時存在，也就是說基本藥物是為上級部門檢查所準備，檢查部門一到，全是基本藥物，檢查完了還要換成非基本藥物。大家都是‘睜一隻眼，閉一隻眼’。”
另外，課題組調研期間，曾有人向其反映，一些部門仍然在拿回扣，“像某地方衛生局統一訂購藥品，按照6%的點拿回扣，然後發給鄉鎮衛生院，鄉鎮衛生院再派發給村衛生室，在當地已成公開的事，隻是大家都不說。”
另外，鄉鎮衛生院在執行公共衛生工作過程中，也存在著“裁判員”、“運動員”的雙重角色。
課題組在調研時發現，鄉鎮衛生院對鄉村醫生的考核得分基本處於50分～60分，然後根據考核結果發放各種補助，這一做法導致鄉村醫生和鄉鎮衛生院之間矛盾越積越深。
鄉村醫生與鄉鎮衛生院之間的關係，同樣也是李同強“揪心”的問題。他表示，在執行監管層麵，應做到經常化督導，避免鄉鎮衛生院考核“一支筆”，績效考核打人情分、感情分。
另外，他還提到，如今衛生院很少對村醫工作給出明確的量化標準。國家要求鄉村兩級的公衛任務比例為6：4，但這個比例僅停留在書麵上，村醫實際完成的公衛任務常常過半。
工作多、補助少，讓不少村醫感覺很受傷。
村醫尹煥文就曾在《健康報》上撰文，表示“對醫改政策實施以來所出現的問題，有一點要吐槽”。尹煥文說，現在村醫的工作繁重，除了正常診療外，還要做公衛工作、新農合報賬等等，有時感到力不從心。各項公共衛生服務工作中，以居民健康檔案為例，農村中很多村民進城打工，流動性大，建一份檔案需要等村民回來才能完成。而建成一份真實合格的居民健康檔案耗時30～40分鍾，得到的報酬卻隻是3～5元。
另外一重現實是，若村醫建檔率達不到當地要求，他們能拿到手的補助將相應扣減。
極大的心理落差，直接催生了一些村醫的造假行為。
此前，在《法治周末》一篇報道中提到，有村醫在建健康檔案時，竟讓一個男人得了宮頸癌。而一女村醫無奈之下，隻能編自己的丈夫是精神疾病患者。
反觀北師大課題組報告，同樣不容樂觀——“公共衛生工作流於走形式，慢病統計管理的原則不是按照檢查確認的結果，而是‘定額分配’，衛生局下指標給鄉鎮衛生院，鄉鎮衛生院再分配給各村衛生室，這就出現了某村衛生室為了完成鄉鎮衛生院分配的高血壓人口占20%的任務，在600個老年人當中，竟然出現了300多人都是高血壓患者的現象，這一患病率遠超人群的患病率；做健康檔案不用出門，利用業餘時間就可以在村衛生室做完，就是為了完成任務。還有鄉村醫生為了完成任務，幹脆雇人來做健康檔案，一年的任務，雇兩個人三天就可以完成，幾乎在每個地方都發現類似現象。”