七八萬明軍留下的隻有一萬二千人，這些人都是黃得功精心挑選後留下的，留下的官兵被編成了杭州守備師，馬應魁被任命為守備師師長，由一師和二師抽調骨幹進行強化訓練。
解決杭州問題花了半個多月，問題解決之後，大軍繼續向南方開進。
雖說大軍南下是以迎擊清兵的名義，但任誰都看出來了，其主要目的還是為了鞏固臨時政府對前南明屬下的治理，在大軍威懾之下，路振飛和黃得功兩人對各府縣的改組和對軍隊的整編倒是極為順利，再過兩天，大軍就要進入福建境內了。
三個師進入福建以後一下加快了速度，由不得他們不著急，兩廣報急的文書已經象雪片一樣飛向南京。
就在臨時政府鞏固屬下治理的時候，洪承疇並沒有停著，二十幾萬清兵在洪承疇的親自帶領下象兩廣發動了猛攻。
清兵兵分東西兩路，東路十六萬人由洪承疇親自率領，智順王尚可喜的“天助軍”也在其中（前文有誤，把孔有德的部隊誤認為天助軍，大家見諒），朝廣東境內長驅直入，正在猛攻韶州（今廣東韶關）。
西路十一萬人由多羅貝勒博洛率領，從湖南永州出發，前鋒已經抵達廣西柳州。
考慮到向兩廣進軍的清兵人數極多，羅劍擔心兩師一旅人數太少，又讓騎兵師全數趕了上來，西進大軍由劉肇基統一指揮。
如此一來，南京已經沒有了駐軍，在史可法的提議下，又將七師也就是揚州守備師調至南京，直接駐進了京營，一邊加強訓練，一邊負責南京的防守。
臨時政府派來大量援軍的消息極大地鼓舞了廣東明軍的士氣，清兵在韶州就受到了頑強的抵抗，主攻韶州的天助軍猛攻了八天，韶州城卻依然在明軍手中。
洪承疇見明軍抵抗實在頑強，天助軍竟無法攻下城牆並不高大的韶州城，急從軍中抽調了幾十門火炮，開始對韶州城猛轟。
韶州並不高大的城牆沒有堅持多久，城牆終於被轟蹋，韶州也被天助軍占領，進入韶州的尚可喜喪心病狂地下達了屠城的命令，韶州城中三萬多軍民全數被清兵殺害。
福建多山的地形嚴重影響了大軍前進和軍需物資的運輸，尤其是閻應元的炮兵行動極為不便，照現在這個速度走下去，恐怕一個月也無法趕到廣州。
無奈之下，劉肇基隻得率大軍從南平轉向福州，準備從海上向廣東進軍。
臨時政府的海軍艦隊正全力向硫球運送人員和物資，現在並未返回，等他們回來恐怕時間上已經來不及。
好在福州的鄭芝龍倒是向臨時政府遞交了效忠信，表示願意服從臨時政府的領導，劉肇基前往福州，就是要用鄭芝龍的水師運輸軍隊和物資。
得知大軍在福建被耽擱，路振飛和黃得功也放下了浙江的工作，緊急趕往福建，他們也要借助大軍的軍威一鼓解決福建的問題。
福建水師參將鄭芝龍是鄭成功的父親，自從鄭成功加入了揚州軍以後，雖一次都沒回過福建，但往來書信從不曾間斷，鄭芝龍對揚州和現在的南京臨時政府倒也知之甚詳，對以前揚州軍的幾艘軍艦印象尤其深刻。
當初他也曾不顧父子之情，派人對鄭成功率領的艦隊下過手，結果被收拾得極慘，這讓他對揚州軍的海上力量大為忌憚，從那以後，鄭成功做他的工作就容易多了。
曆史上鄭芝龍於1646年就投降了滿清，當時因鄭成功阻止，隻帶著不多的心腹北上降清，結果被滿清大臣蘇克薩哈殺害。
現在因揚州軍的發展壯大，南明朝廷一直相對比較穩定，鄭芝龍自是不會生出投降滿清的心思。
南明朝廷被滅後，南京臨時政府很快下達了通告，接替了對南明屬地的管轄，鄭芝龍因對揚州軍了解甚深，除了想保全自己的地位，倒也沒有生出其他的心思。
況且他十分清楚，南京的那位大都督不知何故，對自己兒子鄭森極為器重，眼見著兒子在臨時政府中前途遠大，鄭芝龍自是不會拖了兒子的後腿，就為這個，他對鄭鴻逵不接受臨時政府整編，帶水師跑到福建一事十分不滿，兄弟兩人現在還鬧著別扭。
現在國防軍欲借他的水師運兵，鄭芝龍自是滿口答應下來，在劉肇基派人告知後，即刻著手準備船隻，做好了一切準備，甚至連國防軍的糧草都準備齊全了，倒讓臨時政府省了許多糧草。
從南平轉道福州，仍是花了國防軍十多天的時間，劉肇基和李成棟等人都是心急如焚，想到到海上乘船基本不消耗體力，二人都是命令部隊以急行軍的速度朝福州進發，而閻應元的炮兵卻拖到了後麵。
此時洪承疇率領的清兵已經逼近廣州。