（二）高校預算管理改革目標不清晰
這一輪以國家部門預算改革為指引，由財務部門主導的高校預算管理改革，實現了高校預算管理從不規範向規範化的轉變，促進了高校的快速發展，適應了我國高等教育擴招的要求。但是，規範化是工具而不是改革的最終目的，改革的真正目的應該是提高辦學成本控製水平，以最有效率的資源使用方式實現辦學目標。但是由於改革的被動性，而且學校沒有真正成為學校財務運作責任的最終承擔者，導致高校進行適應性改革時，在目標設定上並不積極，也不清晰。
首先，高校作為非營利組織，區別於營利組織的主要特點是缺乏利潤追求的動力，而這會對高校資源使用的效率產生嚴重的消極影響。因此，高校往往沒有持續的動力降低辦學成本，提高辦學效率。
其次，從高校和政府關係的角度來看，盡管高校是法人單位，但是高校財務運作的最終後果，實際上還是由政府來承擔的。也就是說高等學校並不存在破產的問題，因此高校財務預算對高校和高校管理者不能形成有效的約束，高校和高校領導可以在很大程度上不承擔因管理不善造成的財務後果。
（三）改革內容上偏重預算編製的規範化而忽視預算組織體係的構建
任何管理都是在一定的組織架構下進行的，預算管理也不例外，預算組織體係是承擔預算編製、審批、執行、控製、調整、監督、核算、分析、考評及獎懲等一係列預算管理活動的主體。對高校預算管理而言，科學的預算組織體係是預算管理有序開展的基礎環境，對預算管理能否正常運行並發揮作用起著關鍵性的主導作用。但是，這一輪以國家部門預算改革為指引的高校預算管理改革，普遍是由財務部門主導的，其他部門的參與度明顯不夠，甚至還存在認為預算管理隻是財務部門事情的錯誤觀念。因此，改革始終局限在財務方麵，其他部門並未真正參與到預算組織體係中來。
盡管按照部門預算的要求，高校財務部門采取了“二上二下”的形式，也推動成立了財經小組這樣一種以行政型管理人員占主導的機構，以期加強預算編製的科學性和民主性，但是，覆蓋預算管理全過程的、強有力的預算管理組織體係並沒建立起來，導致預算編製、審批、執行、控製、調整、監督、核算、分析、考評及獎懲等一係列預算管理活動無法落到實處，進而嚴重影響到預算管理作用的有效發揮。
（四）高校預算管理的製度化建設滯後
預算管理本質上是要以製度運行來代替人治，用預算控製製度來維係學校內部整個預算組織架構的有序運轉。因此，高校預算管理涉及的是高校各個層麵的責權利關係的製度安排，其改革必然要牽涉到方方麵麵，觸動多方的利益。從這個意義上講，預算管理改革絕非局部的改革，而是關係全局的管理變革。但是，一直以來清楚界定責權利的製度如預算管理辦法、經濟責任製度、預算執行監管職責和預算支出績效考核辦法等卻難以建立，致使缺乏有效的約束機製和責任追究製度，從而導致學校資金浪費和流失的現象時有發生，有時甚至比較嚴重。
為控製不合理開支、提高資金使用效率，高校往往在財務收支方麵製定了嚴格的審批辦法，實行了嚴密的財務開支過程控製。但是，這種看似嚴密規範但極其片麵、繁瑣的過程控製，不僅使財務處管理層陷入事無巨細的日常直接管理事務中，阻礙了財務管理從核算型向管理型的轉變，而且也無形中加重了財務部門對經費支出的監管責任，從而強化了“用錢者無責，管錢者有責”的奇怪現象，最終的結果是既吃力又不討好。
（五）信息孤島問題降低了預算的資源配置效率
資源的稀缺性是經濟學的基本命題，而高校擴招後可供高校支配的經濟資源的稀缺也更加突出，因此，客觀上高校必然要重視預算編製的資源配置功能。但是，資源配置僅僅是預算管理的一種功能，而非全部。而且就算是資源配置功能，也常因學校內部各部門之間信息資源不通暢產生信息孤島問題而缺乏充分的信息支撐，導致預算編製時主觀性強、隨意性大。
信息孤島問題在很大程度上是因為跨部門協作不足。在高校信息化建設中，高校內部各職能部門一般是根據自身業務需求去尋找技術和產品開展信息化建設的，也就是說不管是辦公自動化還是網絡和硬件購置，大多是本部門原有工作流程的“電子化”。雖然高校經過多年的信息化建設，擁有了大量的信息化資源，但這些信息不僅存在結構分散、異構存儲等問題，而且往往隻適用於局部範圍的信息化應用，信息在部門之間的交流比較困難，形成了部門之間的信息壁壘，使預算信息的統一性和交互性目標無法實現。因此，有必要從學校合理配置資源的整體考慮出發，梳理業務流程，對原有各部門的信息化項目進行整合，建立統一的信息資源管理平台。而這種整合，技術是次要的，管理體製的協調和改革才是首要的。
四、高校預算管理進一步改革的建議
（一）重點解決好預算組織設計問題
任何管理都是在一定的組織架構下進行的，預算管理也不例外。對高校預算管理而言，其賴以生存的組織架構就是高校法人治理結構，法人治理結構是預算控製發揮作用的載體。因此，從高校來說，如何完善預算組織即預算管理組織、預算執行組織和預算監控組織是實施預算控製必須解決的首要問題。
本輪高校預算管理改革中，高校之所以疲於應付政府部門預算改革的需要，難以作出具有前瞻性的主動改革，克服“重預算輕管理”的弊端，很重要的原因就是欠缺科學合理的預算組織設計，缺乏一個有代表性的、權威的、統抓高校預算管理改革綜合統籌的預算管理機構。校長辦公會議（或黨委）作為學校內部最高決策機構，既然擁有對學校內部經費預算的決策權力，就必須承擔起學校預算管理全麵改革的使命。為提高改革的成效，增加預算決策的科學性和規範化，應成立或完善預算委員會，為校長辦公會議（或黨委）提供決策谘詢。出於效率的考慮，可通過清晰的授權製度賦予預算委員會一定的預算決策權限，以提高校長辦公會議（或黨委）的工作效率。預算委員會的構成應具有權威性、代表性和專業性，能充分反映各層意見，凝聚共識，這樣才能有效解決改革過程中不斷出現的問題和困難，及時、有效地製定出相關的、有威懾力的控製製度，也才能充分利用信息化技術，整合校內信息資源，真正將預算管理從財務部門一家之事變成全校之事。隻有在這樣的基礎上，與預算管理有關的其他改革優化措施如績效評價等才能順利進行。