（四）民營企業的稅收優惠政策環境不足
目前，民營企業在我國國民經濟中占重要地位，國有企業的資產總值遠高過民營企業的資產總值，但總體而言，國有企業的利潤率相對民營企業而言較低，民營企業是最有生命力的企業之一，然而與之極不適應的是，我國給予民營企業的稅收優惠很少，部分甚至妨礙了民營企業的進一步發展。
在我國現行稅收法規中，有一些規定從受益主體來看，基本上或相當大部分是民營企業。但從總體來看，這些稅收優惠政策沒有從民營企業本身的特殊性考慮，政策內容零散，政策手段單一，不夠規範化、係統化；支持力度小，無法適應不同情況的民營企業的發展要求，稅收優惠的程度也有限。
所得稅等方麵。根據企業所得稅的有關規定，對獨資企業和合夥企業不征收企業所得稅而隻征收個人所得稅；對年應納稅所得額在30萬元及以下的企業，減按20%的稅率征收企業所得稅。這種企業所得稅全額累進稅率的設計使得臨界點附近稅負增長過快，客觀上存在消極作用，這在一定程度上限製了民營企業的發展，抵消了低稅率的作用。
優惠方式方麵。民營企業一般規模小、投資少、自負盈虧，在吸引勞動力、資本、技術、信息等方麵同國有及外資的大企業競爭中處於不利地位。而現有的政策忽視了對民營企業競爭能力的培育，較多在稅收分配環節采用稅率優惠和減免稅兩種直接讓利形式，缺少再生性，對經濟的引導和刺激作用不是很明顯，從而使得稅收政策的調控作用得不到應有的發揮。目前，除了財政部、國家稅務總局關於印發《技術改造國產設備投資抵免企業所得稅暫行辦法》的通知（財稅字〔1999〕290號）“在我國境內投資符合國家產業政策的技術改造項目，其項目所需國產設備投資40%的，可以從企業技術改造項目設備購置當年比前一年新增的企業所得稅中減免”的規定外，較少采用國際通行的加速折舊、投資抵免、延期納稅等引導、鼓勵性做法。
（五）民營企業納稅行為不規範和逃稅行為需治理
以廣東省為例，據報道廣東省地稅局在一次清理漏征漏管戶專項活動中，共清查出漏征漏管戶25335戶，查補稅款900.11萬元。其中私營企業2008戶，個體經營戶20288戶，兩者占清查出的漏征漏管戶的88%。清查同時發現，稅務登記戶數與工商登記戶數仍存在較大的差距，有近30%的工商戶沒有登記納稅。據澳大利亞國家大學亞太經管學院、北大經濟中心課題組進行的“中國民營企業研究”的調查反映，典型的私營企業通常都有三本帳：一本是提供給業主本人的，一本是向稅務局提供的，還有一本是提供給客戶、投資者和銀行的。總而言之，部分民營企業納稅行為不規範急需治理與整頓。
改革地方稅製促進民營經濟發展的對策
稅收是政府財政收入的重要來源，也是政府經濟調控的重要手段之一，然而如上所述，民營經濟的稅收環境卻相當不成熟、有不少缺陷之外，地方稅製需要改革，稅收環境需要改善，以促進民營經濟的進一步發展，反過來民營經濟的發展也要求地方稅製作出改革與之相符，兩者相互促進。
民營企業起步晚，沒有國家財力作基礎，也沒有國家政策予以傾向支持，所處的稅收環境不佳，故其規模一般較小，經濟實力相對較弱，相對於外商投資企業、國有企業來講，一般屬於弱勢群體。要促進民營企業的快速發展，在不違背市場經濟基本原則的前提下，從稅收角度講，不但要努力實現民營企業在整個企業群體中的稅負同等待遇，還應給予民營企業一些適當的優惠照顧，完善包括稅收優惠、稅收服務、稅收征管內容在內的良好稅收環境，加強稅收支持民營企業的發展力度。
（一）實現稅負平等的基礎上賦予地方適度自主權
鑒於各地經濟發展不平衡、各地民營經濟情況更是千差萬別，同時，各地的產業結構不同、擁有的資源不同，各地政府意欲引導民營經濟發展的方向不同，並非針對所有的民營經濟都應給予同樣的政策，故由中央層麵難以統一規範，難以製定符合實際情況的稅收政策。因此，要促進民營企業的進一步發展，國家需要考慮在實現稅負平等的基礎上給予地方適度自主權，由其根據當地經濟發展的情況、民營企業發展的特點、當地經濟產業引導方向等，在中央賦權的範圍內決定民營企業征稅的優惠措施，以促進及引導當地民營經濟的發展。
首先，對於民營企業的征收管理由地方稅務局全麵負責，地方稅務局方能全麵、準確評價民營企業的情況，才能在中央賦權的範圍內製定出更符合實際情況及促進民營經濟發展的的稅收優惠及征管政策。
其次，需要劃分地方稅務局對於民營企業征稅可以自主決定優惠的範圍。對於營業稅、增值稅等流轉稅稅種，由於其所占稅收總額的比重大，對稅收收入影響巨大，涉及區域間的公平競爭的問題，則由中央統一掌握有關稅收政策。對於一些對總體稅收收入影響不大，不涉及影響區域間公平競爭的稅種，則可考慮由地方稅務局自主決定征管及優惠政策，例如：為了鼓勵民營企業擴大生產規模、對於民營企業擴大生產規模而需增加繳納的財產稅類（如房產稅、車船使用稅、契稅等）的減免權限由中央賦權地方稅務局掌握。
進一步，考慮地區差異原因，可由中央適度放權地方稅務局自主決定或設定一些調節民營企業投資、經營行為之稅種的開征或減免的權力，由地方及時根據本地區的實際情況製定合理的稅收政策，利用稅收的宏觀經濟調控作用，引導當地的民營企業的發展。若由中央統一掌握，則決策環節增加，反應時間遲緩，難以最佳利用稅收的經濟調控職能。例如，某地區的重點發展產業是旅遊行業，地方可有權自主決定對於從事旅遊相關行業的民營企業給予某些稅收優惠政策，以鼓勵民營資金流向旅遊產業及鼓勵民營的旅遊企業擴大再投資，促進地方產業規劃的實現。
（二）改革地方稅收支付製度以減輕民營企業不合理支出
若如上述，地方稅收自主權擴大，合理劃分地方稅收管理權，地方稅收收入基本滿足地方財政支出的情況下，才存在考慮杜絕亂收費行為的前提與基礎，在此基礎上，進一步改革地方稅收支付製度，使得地方稅收財政收入與其支出相匹配，在根源上消除地方大開“收費之門”之需，才能最終達到減輕民營企業負擔的效果。