小崔重走長征路的時候，我還專門給他打電話，因為小崔膽兒小你知道嗎，我給了他一個防身的東西。我出最後一本書，崔永元還寫推薦詞呢（記者注，書名為《民主胡同40條》）。當出現政治或者科學方麵一個爭論的時候，30年搭的積木，整個推翻了。說你本來就TM什麼都不是。這是有點殘忍，很殘忍。你當年帶著你女朋友，到我這來羞答答地見我的時候叫“大哥”，你不能現在，孩子長得都比媽媽高了，你這以前的事兒都沒有了。你長征路上別著我送你那最好用的、最先進的玩意防身，你現在拿過來恨不能對我來一槍，這是不對的。
我特別不願意從另外一個角度解釋。有人不斷地講，小崔政治動機怎麼樣，小崔是公知。我不願意跟你談這個角度，我隻談轉基因，我認為那樣談更不好，那樣談就兩個人結了死疙瘩了。我說你有病，病好了不就完了嘛。小崔離公知這個群體很近。小崔在科學上犯的錯誤可以用認識問題、麵子問題來解釋，但是他政治上的這種傾向，不能用認識、麵子來解釋。
（記者問：崔永元2012年接受采訪時，記者問，雖然在朝鮮問題上觀點不一樣，但現在再次遇到司馬南，還是會有原來那樣的一個親密無間的、很鐵的、兄弟般的感情嗎？他說：“我估計會的，我想我會那樣做的”。）
現在說不出來了這個。哈哈。無論小崔現在怎麼想，他2012年這種善意我都接受，我希望小崔能夠一如既往地保持2012年的這種胸懷，不能因為有新的事情發生了，就改了主意改了方向。兄弟交情並不容易，三十幾年，怎麼能跟小孩過家家一樣。
當年的兄弟，今天的仇寇。但是仇寇也是單方麵的，他視我為仇寇，我視他為迷途的兄弟。哈哈哈。
某晚，記者短信約訪崔永元。當天他和方舟子的官司第一次開庭完畢，剛剛接受完一圈記者采訪“說得口幹舌燥”，未及看司馬南的隔空喊話文字版，崔永元坐上回家的車開始說。
他想重修舊好我知道門兒都沒有
他以前我很了解，比如反偽氣功什麼的，那時候我全力推他，用了最大的力氣推他，把他推出來的，那時候我也堅決支持他。我是覺得這些年我不了解他了，這個人變了，變得……我認為他以前是金錢買不動的人，給我印象，不可能用金錢買動這人，所以不管對錯我們都還會尊重你的，現在看來呢，金錢買得動，而且也不值什麼錢，仨瓜倆棗地就能買得動，這就實在讓人看不起。
他就是想表明他是一個重情意的人，希望打動我的軟肋，我也重情意，放他一馬，然後幫著他出名，就這麼個想法唄。他現在就是急於保持住他的名聲，因為現在這個大浪淘沙挺快的，太快了。他就劍走偏鋒，他老冒充中南海的顧問，假惺惺的。我有一天晚上（微博）揭他揭得特別高興，4點還是3點他發了個微博，沒睡覺呢我一看，他說，當某前任領導人的公子到什麼什麼地方……然後我到網上一查呢，那就是公開的報道，胡德平訪問日本，你為什麼要把一個公開的報道改成這種小道消息？我就直接給他揭了，你裝什麼孫子，好像你知道內部消息似的，好像中南海有什麼事，政治局會議你都列席似的。我覺得他現在就是冒充政治家的一個胡同串子，基本上就是這麼個人物，你說我還花什麼力氣啊，我隔空對話，我還回憶跟他最美好的時光？有毛病吧。
所以你看轉基因這事我都不回他，都不值得回，他太低級了。就是說該聽科學家的還是該聽主持人的，對吧？誰對聽誰的，就這麼簡單，對不對？主持人采訪的是科學家，他表達的不是自己的觀點，這麼簡單的事兒，對不對？聽科學家聽主持人的，我覺得人命關天，關係到自己吃飯的問題哈，你誰的都不應該聽，你應該獨立思考。
（記者建議崔永元看看司馬南到底說了什麼，崔永元下車回家看完，逐條批駁。）
首先說吃轉基因飼料玉米這件事啊，他說小崔呢，本來沒他什麼事……這怎麼會跟我沒有事呢，我覺得跟他都有事，不光是跟我們兩個人有關係，跟所有的國民都有關係，對吧。
第二個他說呢，他不能抹稀泥。對，他實際上不是抹稀泥，他是腳跟站得很穩。他說他兩邊都得罪了，得罪了方舟子。我覺得不要撒這種謊，沒有意思，你們是鐵哥們兒就是鐵哥們兒，現在都能看出來你們穿的都是一條褲子。
至於我說他是“胡同串子”呢，他認為我表達的是他沒有文化，我覺得他又錯了，胡同串子那僅僅是沒有文化嗎？其實沒有文化的那些胡同的大爺大媽也是非常可愛的，他們最可愛的地方就是他們有人文關懷，旁邊的鄰居誰家孩子得個病，跟自己非親非故的都要送一碗麵條去，送一碗蛋湯去。“串子”是什麼玩意兒呢，串子就是不光沒有文化，還沒有良心，還沒有道德體驗，還不要臉。所以他可不能說×××是胡同串出來的，我同意，×××還不同意呢。