但是，在政黨協商的實踐中，還存在很多問題和不足，如在實踐中，政黨協商的製度化水平滯後於時代發展的要求以及對參政黨增長的的參政訴求難以滿足；製度本身不規範、不科學，且缺乏剛性；一些地方由於沒有科學規範的程序設計，政黨協商常常容易流於主觀和隨意，想協商就協商、不想協商就不協商；政黨協商在現實運作中往往造成協商歸協商、決策歸決策兩張皮的現象。從中國共產黨領導的多黨合作和政治協商製度應有的功能和發展趨勢來看，與這一製度的現實實踐之間，存在不小的落差。這種種表現，在客觀上削弱了政黨協商的作用，甚至使政黨協商在一些人的觀感中淪為一種可有可無的形式；等等。這些問題的出現，不僅使政黨協商得不到有效的落實，更加嚴重的是，抑製了民主黨派成員的積極性，有可能使人民群眾對中國共產黨領導的多黨合作和政治協商製度產生誤解，甚至帶來負麵的評價。隨著中國政治體製改革的不斷推進和社會主義民主政治的日益發展，中國共產黨領導的多黨合作和政治協商製度也必須在民主政治發展的理論探索和政治實踐中不斷豐富形式，充實內容，突出主題，激發活力，才能更加鞏固，更加行之有效地服務於中國民主政治的穩定發展。為此，中國共產黨和各民主黨派有共同的責任，鞏固和發展多黨合作和政治協商製度，使這一項製度在社會主義的民主政治實踐中更加有效地運轉起來，充分發揮這一基本政治製度的作用與功能。
推動政黨協商成為國家治理體係的重要組成部分，就必須按照中國共產黨十八屆三中全會通過的《中共中央關於全麵深化改革若幹重大問題的決定》的要求，“在黨的領導下，以經濟社會發展重大問題和涉及群眾切身利益的實際問題為內容，在全社會開展廣泛協商，堅持協商於決策之前和決策實施之中”，使民主黨派在黨和政府的決策之前和決策實施之中，擔當起應有的角色，確保民主黨派參政議政和民主監督的職能落到實處。
一是要更加充分地發揮民主黨派成員和無黨派人士在國家政權中的參政作用，尤其是要發揮民主黨派代表人士的參政作用。《中共中央關於進一步加強中國共產黨領導的多黨合作和政治協商製度建設的意見》（2005年5號文件）明確要求，要積極推動民主黨派成員、無黨派人士參與人民代表大會，擔任國家和政府領導職務，各級法院、檢察院要逐步選配符合任職條件的民主黨派成員和無黨派人士擔任領導職務，以及在人民政協中的作用。在這一原則性要求下，當前更應該發揮民主黨派代表人士的引領作用。要樹立以用為本的人才觀，切實為各領域、各層次民主黨派代表人士幹事創業、實現價值創造條件。要有用人所長的膽識，解放思想、拓寬視野，不拘一格、惟才是舉，最大程度地發揮民主黨派代表人士的聰明才智，做到揚其所長、優勢互補。要有放手使用的魄力，確保黨外幹部有職有權、有責有為，鼓勵支持他們大膽工作，各顯其能、各盡其才。要堅持以用量才的尺度，把實踐效果作為第一評價標準，激勵和推動黨外代表人士投身經濟社會發展的生動實踐，立足本職建功立業，關注國事建言獻策，使人才優勢充分體現、創造活力競相迸發。
二是要加強政府同民主黨派的聯係。在政府決策和執行中，要按照中國共產黨十八屆三中全會在論述構建程序合理、環節完整的民主體係時提出的“加強中國特色智庫建設，建立健全決策谘詢製度”的要求，充分發揮民主黨派“人才庫”的作用，使民主黨派的人才參與到政府政策過程中來。國務院和地方各級政府應根據需要，形成機製，定期召開有民主黨派負責人和無黨派人士參加的座談會，就擬提交人民代表大會審議的政府工作報告、有關重大政策措施和關係國計民生的重大建設項目征求意見，通報國民經濟和社會發展的有關情況。政府召開全體會議和有關會議，在不違背相關要求的前提下，可視情況邀請民主黨派負責人和無黨派人士列席；政府組織的有關廉政建設、社會治安綜合治理和規範市場經濟秩序等檢查工作，可根據需要邀請民主黨派成員和無黨派人士參加。政府有關部門要根據工作業務範圍同相關民主黨派建立和加強聯係，重要專業性會議和重要政策、規劃的製定，根據需要邀請相關的民主黨派負責人參加。政府參事的聘任，以民主黨派成員和無黨派人士為主體，發揮他們參政議政、建言獻策、谘詢國是、統戰聯誼的作用。
三是要充分發揮民主黨派民主監督的職能。要進一步拓寬民主監督的渠道。黨委主要負責人要定期召開會議，聽取民主黨派負責人和無黨派人士對領導班子及其成員的意見；每年就黨風廉政建設和反腐敗工作向民主黨派通報情況，聽取意見；進一步完善特約人員工作製度，拓寬政府部門和司法機關聘任特約人員的領域，明確特約人員的職責和權利，切實發揮他們的作用；黨委和政府開展的就貫徹執行中央重要方針政策情況和黨風廉政建設情況的檢查、其他專項檢查和執法監督工作，可邀請民主黨派負責人參加。黨委要切實完善民主監督機製，自覺接受監督。要在知情環節、溝通環節、反饋環節上建立健全製度，及時通報重要情況和重大問題，暢通民主監督的渠道；對民主黨派提出的批評意見要認真研究，及時反饋。黨委及其領導幹部要真誠接受民主黨派的監督，鼓勵和支持民主黨派做到知無不言、言無不盡，並勇於堅持正確的意見，做中國共產黨的諍友；要保護民主黨派和無黨派人士民主監督的正當權利。