與製度相比，慣例具有以下幾個特征：首先，並無成文規定，但有實質內容；其次，各項內容得到大家的認可和遵守；第三，它主要依靠主觀自覺或公眾輿論來保證其實施。慣例與製度相同，都可對主體行為形成約束。但兩者的約束機製建立在兩種不同的理論假設之上：製度假設“人性本惡”，人天生地有“趨利避害”的本能，我們不能保證某件事情會對某人永遠有利，也不能保證某件事情會對所有人有利，因此必須在還不能確定該事項對哪些人有利、對哪些人無利的“原初狀態”中，將該事項以製度形式固定下來；慣例假設“人性本善”，隻要該事項是好的、就會得到所有人的遵從，隻要習慣一經形成、人們就不會去破壞它，如果對該事項有破壞，破壞者會屈服於輿論的壓力。製度依賴於外在的強製力量對公眾實施約束，慣例依賴行為主體的自我約束，依賴於輿論、文化等外在精神力量的軟約束。兩者各有利弊，無論好壞。但製度化更符合當前建設法治國家的要求，更符合在統一戰線領域乃至全國各行各業推行的“規範化、程序化、製度化”趨勢。因此，在現階段，實現直接協商渠道的製度化發展是其前進的方向。在現有基礎上，淘汰不好的、不適應新形勢的慣例，將在實際直接政黨協商過程中形成的好的慣例以製度形式表現出來。
中國共產黨與各民主民主黨派先是“親密友黨”，然後才有“執政黨”和“參政黨”的職能區分；先有朋友之間的交心談心、互相了解、互相支持，然後才有站於國家、人民高度的各種重大事務協商；先有各種非製度化的商談形式，然後才有正式的會議或書麵建議形式。製度化渠道都起源於非製度化的交流，在非製度化的交往過程中，一些得到實踐檢驗的、符合社會發展和需要的平台不斷得到鞏固，由非正式的、非主流的渠道逐漸變為常規化、製度化的渠道；非製度化渠道的存在起源於現實的需要，它們有效彌補了原有製度體係的不足，在一定時期內會起到一定作用，但隨著社會的發展，它們必須沿著製度化的方向發展，否則將會被曆史所淘汰。
（二）從具體製度的科學性和可操作性層麵來看
現有製度的科學性不夠，對相關內容、程序、形式的規定過於模糊、不具體、靈活度太大等，使協商過程中臨時發起協商、討論不夠充分和深入、溝通反饋不夠暢通、與決策脫節等問題層出不窮，從而使得製度執行出現漏洞，協商流於形式。現有具體製度的科學性不足主要表現在以下方麵：
第一，協商內容的規定過於模糊。從國家層麵來說，政黨協商內容可以羅列如下：中共文件協商、重要決定協商、發展規劃協商、重大問題協商、立法協商、人事協商、重要問題協商、人民政協工作的共同性事務和政協內部的重要事務。在此八項內容中，有三項內容用了“重要”或“重大”這樣的修飾詞和限定詞，哪些問題是重要的？哪些問題是重大的？這個判斷標準並沒有明確。中央層麵的這種模糊規定延續到了省市各級，中共佛山市委關於貫徹落實《中共廣東省委政治協商規程》的意見中規定，市委同各民主民主黨派、無民主黨派人士政治協商的內容包括以下八個方麵：中共佛山市代表大會和委員會全體會議的重要文件、重要地方性法規和重要政府規章的製定和修改建議、市委提請民主協商的重要人事安排和其他需要協商的幹部任免事項、本市推進改革開放的重要決策、本市推進經濟社會發展的中長期規劃、事關民生和經濟社會發展全局的重大問題、通報重要文件和重要情況並聽取意見、其他需要協商的重要問題。八個方麵中有七個用了“重大”或“重要”的修飾詞。“重大”或“重要”的使用也許是為了表現所協商問題的重要性，但它們的使用同時帶來了相關部門對於協商內容的靈活把握，“想協商就協商”、“不想協商就不協商”，導致參政黨或無民主黨派人士無法提前預期特定關注點，為高質量的協商做好準備。