首先，政治協商會議的製度效率問題。現階段，參政黨實踐政黨協商的最主要渠道是各級政治協商會議。與直接協商渠道相比，政協成立的時間更早、建設的時間更長，因此在具體製度建設方麵遠遠走在直接協商渠道的前麵，包括執政黨製定的、規範政協與其他國家機構關係的各種綱領性文件，如中發〔1989〕14號文件、中發〔2005〕5號文件、中發〔2006〕5號文件，也包括由政協自身製定的、規範政協內部成員活動的各種專門性工作規定，如《提案工作條例》、《專門委員會工作通則》、《視察工作條例》等。
但政協渠道中的政治協商（包括政黨協商）工作仍然存在很大問題：協商對象不定，“誰和誰協商？是政協內部自言自語的協商，還是政協與黨委、人大、政府協商？”；協商內容不定，有的想協商就協商，不想協商就不協商；協商形式不清楚，有的把民主黨派領導人出席或列席會議當做協商，協商與通報的界限不知道如何區分；協商程序不科學，協商的準備時間與正式的協商會議時間設定具有隨意性，沒有經過充分論證，“正常的規定性動作少了一些，臨時的自選動作多了一些，使民主黨派的參與者‘倉促應付’，說‘空話套話’”；協商結果對決策的影響能力有限，協商與決策之間存在脫節與非連續性的狀況；協商實效性差，“遠遠沒有達到製度設計和人們期望的理想狀態”。
這一切問題都是政協在與外部（包括黨委、政府等）交往過程中遇到的、卻不能由政協來決定的問題，但這些問題卻反映出我國政協在實現自身職能時的尷尬。這些問題的存在根源在於：一方麵，製度（主要指協調政協與外部關係的製度，而不包括內部相關具體規定）本身表現出來的問題：對相關內容的原則性規定過多，被協商對象自由裁量權太強；另一方麵，製度製定完成後的實施無法得到保障。對政協地位、作用、職能、工作方法等的規定主要出現在執政黨的各項文件中，文件雖具有綱領性的指導作用，但也僅僅是指導。它對於“不作為”的約束機製和懲罰機製較少有明確規定，因此對於“能否讓政協正常、充分發揮作用”問題的解決幫助不大。
人民政協的法律地位問題，人民政協在中國特色的社會主義政治發展道路、社會主義民主政治建設和政治文明建設中的“定位”問題，人民政協與現行政體架構中各個組織的關係問題，政治協商、民主監督、參政議政三者職能劃分問題，人民政協的宣傳問題等等，都關係到政協工作全局和長遠發展，當然也會關係到我國基本政治生活和政黨協商實踐。
在一個法治社會中，對一項事物的最佳保護是“建立該事物的法理型權威”：法律的製定要比文件更審慎，法律的實施要比文件更具剛性，製度化建設的成果需要法製化的保護。當然，人民政協法製化的目的並不是“創造一種新的社會政治關係，而是對已有社會政治關係的確立和維護”，而是“從憲法和法律層麵確認現有的政治製度，對人民政協的性質、地位和作用，甚至委員的產生條件和方式給予具體的規定，從每一個具體步驟和程序上發揮現行政治製度的功能和作用”。
其次，直接協商渠道的製度化問題。如前所述，各類座談會、民主協商會、談心會是實現政黨直接協商的重要渠道，也是新時期以來在政協製度之外對政黨協商渠道的一種創新和探索，與我國政治民主化進程的不斷推進緊密相隨。與政協相比，各類直接政黨協商平台發展的時間要短許多，但近年來在各級各地各項重要事務協商中逐步發揮重要的平台作用；製度化程度要低很多，除在執政黨頒發的一些有關多黨合作和政治協商意見中對座談會的內容、形式、程序、參與主體等有些原則性規定外，我們沒有發現更為具體的規定對各類座談會的召開進行約束，它們在實際政黨協商過程中依賴的是一些習慣做法或慣例。因此上述所述政協渠道中存在的協商問題在座談會渠道中也同樣存在，在有些地方更為明顯：如在各類政黨直接協商會議中，民主民主黨派的主動性發揮得更少；對於協商結果的反饋，在政協中，還建立起了各民主黨派對承辦提案方提案辦理結果的滿意度調查和對各職能部門的提案辦理結果的一票否決，而對於座談會的協商結果則無此要求和規定等等。