為了克服黨內存在的某些錯誤思想和作風，調動一切積極因素，中共中央決定於1957年開展整風運動，邀請黨外人士以各種形式幫助中國共產黨整頓作風，為保證民主黨派人士能夠大膽提出批評和建議，中共中央發出《關於對待當前黨外人士批評的指示》的文件，文件肯定“自從開展人民內部矛盾的黨內外公開討論以來，異常迅速地揭露了各方麵的矛盾”，“黨外人士對我們的批評，不管如何尖銳，……，基本上是誠懇的，正確的。這類批評占百分之九十以上，對於我黨整風，改正確定錯誤，大有利益”。整風運動後期，一些民主黨派人士的不當言論引起毛澤東的不滿，中共中央研究和分析整風形勢，將正確處理人民內部矛盾的整風運動轉向開展全社會反擊資產階級右派的鬥爭。
針對整風運動中出現的批評中國共產黨領導權的問題，中共中央於1957年6月發動反右派鬥爭，鬥爭程度在運動過程中逐漸呈現擴大化態勢，對黨外人士進行了重點批判，尤其是政協委員、民主黨派領導人和知識分子蒙受打擊，人民政協基本不能正常發揮協商職能，政黨協商的存在和維持變得異常艱難。毛澤東在同年5月的《事情正在起變化》中對民主黨派作出判斷，“最近這個時期，在民主黨派和高等學院中，右派表現得最堅強最猖獗”，並在黨內指示中要求機關、工廠和學校“注意各民主黨派中反動分子的猖狂進攻”。毛澤東在撰寫的《人民日報》社論中將民盟和農工兩個民主黨派錯誤地定性為反共反社會主義的黨派，在9月至10月的中共中央八屆三中全會上，毛澤東改變了中共八大關於國內主要矛盾的正確論斷，而將無產階級與資產階級的矛盾、社會主義道路與資本主義道路的矛盾作為社會的主要矛盾。民主黨派分別召開各自的全國代表大會和中央會議，一律將自己定為資產階級性質的政黨，以自我教育和自我改造為主要任務。
從50年代末開始，中國共產黨與各民主黨派“長期共存，互相監督”的方針雖然沒有改變，但實際上互相監督開始變成單向監督，即中國共產黨對各民主黨派實施監督，各民主黨派卻難以對共產黨進行監督。作為民主黨派協商參政平台的政協會議活動減少，民主黨派被過多強調學習與改造的方麵，其參政與監督功能受到極大削弱和限製。60年代初期的政黨政策調整，使得中國共產黨與民主黨派之間的關係有所改善，民主黨派的參政與監督功能得到部分恢複，不久之後，在愈益“左”傾的指導方針影響下，民主黨派的政治作用與功能重新退化。
“文化大革命”期間，整個國家的政治生活遭受挫折，中國共產黨領導的多黨合作和政治協商製度也遭到很大程度的破壞，作為組織載體的人民政協也基本停止活動。1966年7月，政協全國委員會常務委員會和全國人大代表會議常務委員會聯席會議決定，政協第四屆全國委員會第二次會議不定期延遲舉行，自此以後再也沒有召開政協四屆二次會議，政協全國委員會也於8月30日停止辦公。中共中央統戰部、各民主黨派和人民政協組織均先於全國其他機關陷於癱瘓狀態，其後的中共九大、十大和十一大政治報告都未提及統一戰線與政治協商方麵的內容。
林彪、江青反革命集團為謀求政治私利，對民主黨派肆意貶斥，汙蔑各民主黨派和工商聯是“反動黨團”、“反革命組織”，民革是“國民黨的殘渣餘孽”，民盟是“右派團體”，民建和工商聯是“反動資本家組織”，台盟是“特務組織”、“裏通外國”等。在紅衛兵運動衝擊下，民主黨派在京中央委員、候補委員超過三分之一遭到批鬥或抄家。1968年，中央文革小組顧問康生和妻子曹軼歐指使中共中央組織部負責人編造了《關於三屆人大常委會委員政治情況的報告》和《關於四屆政協常委委員政治情況的報告》，將全國115名全國人大常委會委員中的60人和159名全國政協常委會委員中的74人分別誣陷為“叛徒”、“叛徒嫌疑”、“特務”、“特務嫌疑”、“國特”、“反革命修正主義分子”、“走資派”、“三反分子”、“裏通外國”等。民盟領導人史良、梁思成，民革領導人張治中、唐生智、民建領導人胡子昂等都包含在內。民主黨派的規模在這一時期也大幅減少，到1979年民主黨派恢複活動時僅有成員6.5萬，比1956年下降了約3.5萬人。