趙烈文所說的鄧子久被刺一案，曾國藩當然知道。鹹豐十年，雲南布政使鄧爾恒（字子久）擢貴州巡撫，赴任途中，改換陝西巡撫。雲南巡撫徐之銘為官不正，害怕鄧爾恒進京陛見時揭其陰私，遂指使副將何有保在曲靖縣將鄧謀殺。事後上奏朝廷，說盜匪行刺，已將凶手正法雲雲。鹹豐帝嚴厲斥責徐之銘，又命雲貴總督劉源灝密速訪查，據實具奏，務期水落石出，不準稍存徇隱消弭之見。後來，劉源灝風聞其中之故，竟然不敢赴滇，遷延半年，中途乞病歸。不久，鹹豐帝病死，西太後執政，立即撤了徐之銘職務，命張亮基速赴雲南辦理，又起複潘鐸專辦此案。最後因何有保等人內部起訌，案情大白。鄧爾恒被殺後的幾個月，全國議論紛紛，京報天天登載有關消息，一時官場矚目雲南。相形之下，馬案是冷清多了。難道是朝廷有意冷落？趙烈文的提醒有道理！
“依卑職愚見，大人不妨再上個折子，請求陛見，聽聽兩宮太後對此事的看法。”
曾國藩采納了趙烈文的建議，上折請晉京陛見。同時發函給紀澤，要兒子安排家眷先行南下，不必等他。
奉旨允許進京陛見。於是曾國藩待李鴻章來津，交接直隸總督印信後，便啟程入京。
這時正逢曾國藩六十大壽在即，一到京師，軍機處便奉旨賜壽：禦書“勳高柱石”匾額一麵，禦書“福”“壽”字各一方，梵銅像一尊，紫檀嵌玉如意一柄，蟒袍一件，吉綢十件，線縐十件。前來法源寺送壽禮的小軍機特為告訴曾國藩：“勳高柱石”匾額乃皇上親筆所書，這四個字也是他自己想出來的，兩宮皇太後為這四個字，把十六歲的小皇上著實頌揚了一番。皇上親筆書贈大臣，這還是第一次，真個是曠代鴻恩。過去一句泛泛褒揚天語，能使曾國藩內心激動幾天幾夜，成為他奮發前行的強大動力，可是而今這些破格的崇隆聖眷，都不會再引起他的激情了。他是一株枯幹的老樹，春風已不能再吹出綠葉了。
由周壽昌發起，湖廣同鄉在湖南會館設盛宴為之祝壽，雖然他親筆題寫的匾額已照原樣又製了一塊，仍舊高懸在會館大門上，但砸匾的往事畢竟令他感到錐心痛苦，他隻應酬性地略坐一坐，便借口身體不適告辭。當年慶賀同科十進士的豪興，已成為非常遙遠的回憶了。
壽筵擺過後，兩宮太後、皇上在養心殿接見兩次。皇上照例緘默，東太後也未開口，兩次接見加在一起，西太後總共隻問了他十幾句話，他最關心的馬新貽被刺事，僅僅隻兩句。一句：“馬新貽這事豈不甚奇？”他摸不透這話的意思，隻得含糊答道：“這事很奇。”西太後略停一會兒，又說出一句：“馬新貽辦事很好。”這句話總算是點到了實質，他趕緊順著她的話回答：“他辦事和平精細。”尖起耳朵欲聽下文時，沒有了，叫他跪安退出。第二天，幹脆連馬新貽的名字都沒提了。西太後隻問他何時啟程，要他到江南後練兵。
十月初十日，是西太後的萬壽節，曾國藩隨班朝賀。第二天，正是他晉六十歲的生日，為表示公而忘私，這天一早，他便離京南下了。
途中，曾國藩反複地咀嚼西太後的兩句話，細細地揣摩朝廷對馬案的態度，慢慢地有了些較明確的認識。西太後對此事並不太熱心，印證了趙烈文的分析。朝廷對馬新貽的看法尚好，這是一方麵；另一方麵，又沒有要將此案追查個水落石出的意思。對於這樣一樁大案奇案，朝廷的態度顯得頗為難以理解。
一路上，他把這些想法與趙烈文、薛福成、吳汝綸等人商討，他們也都覺得奇怪。這些離奇的跡象倒刺激了趙、薛、吳這班熱血幕僚的好奇心。他們極力慫恿曾國藩把這事查個水落石出，並猜測弄清之後必有許多意外的收獲。曾國藩淡淡地笑了一笑。他不指望什麼意外之獲，但既然已受命重回江督任上，查明此事乃職分所在。他於是寫了一封密信，派急足送給正在江寧附近整頓長江水師的兵部侍郎彭玉麟，要他先行秘密查訪。
兩江總督衙門正在重建之中，尚未完工，馬新貽當總督時，衙門設在江寧府署。曾國藩不願與馬新貽冤魂作伴，而先前住的原太平軍英王府已作他用，於是暫借鹽道衙門辦事。一連幾天，江寧城裏上自將軍魁玉，下至過去的平民舊識，川流不息地前來拜謁。除魁玉、藩司梅啟照以及鄭敦謹未到之前代為審案的漕運總督張之萬外，曾國藩一律謝絕。忙過這些應酬後，他又親到江寧府去吊唁馬新貽，送上一副挽聯：範希文先天下而憂，曾無半時逸豫；來君叔為何人所賊，足令百世悲哀。