國務院發展研究中心評估組就棚戶區改造提出了問題和難點：如地方資金缺口和中長期債務壓力普遍增大；部分拆遷戶訴求過高，拆遷難度和成本不斷增大；部分轉型和改製的國有企業以及老工業區的棚改困難較大等等。他們還提出了一個普遍存在的棘手問題：按照現行規定，棚改等安居工程隻有在國有土地使用證、建設用地規劃許可證、建設工程規劃許可證和建築工程施工許可證“四證”齊全的條件下才能開工，但辦理“四證”環節多、耗時長，為保證開工進度，相當一部分項目隻能邊開工邊辦證。由於“四證”不全，金融機構不能放貸，政府和施工企業的籌資難度大大增加。對此，他們建議通過建立綠色通道、推行“並聯審批”，提高行政審批效率，確保項目及時開工、合法合規施工；同時，預先做好項目選擇和審批準備工作，方便國家任務下達後及時開工。
全國工商聯在落實企業投資自主權的彙報中，談到《政府核準的投資項目目錄》目前放權力度有限時，先定量地指出問卷調查中49.18%的民營企業認為仍需進一步下放核準和備案權限，然後舉例指出，有些能源、基礎設施建設等領域的投資項目，核準權限已下放給地方政府，但關鍵權限仍在相關部委，沒有同步下放。項目投資核準目錄縮減後，出現了一些法律法規修改不及時，一些領域“舊政策已破，新政策未立”，有的政策變動過頻，有的不科學等問題，給民營企業投資帶來了一定的負麵影響。
記者還注意到，此次第三方評估提出的政策建議並非大而化之，針對性和可操作性都比較強。
田間水利工程資金整合難題困擾地方多年，中科院建議，充分考慮水利、農業綜合開發、土地整理等係統的項目特點，在縣級層麵編製科學合理的農田水利中長期規劃，指導項目區設置和建設標準，解決資金整合統籌難度大的問題。對此，四川省巴中市通江縣水務局局長楊永超說：“以縣級農田水利規劃為抓手，整合統籌涉水涉農建設資金，這個建議接地氣，可操作。”
“片區扶貧和精準扶貧任務不協調”，國務院發展研究中心評估組直截了當地指出，片區規劃出台後，不少部門沒有落實規劃提出的項目，有的省份項目整體落實到位率隻有兩成。對此，他們建議，對涉及區域發展和中辦、國辦印發的《關於創新機製紮實推進農村扶貧開發工作的意見》提出的十項重點工作的重大項目，要優先啟動，即使“十二五”規劃實施不了，也要納入“十三五”規劃。“片區規劃與精準扶貧結合著做，這個建議實事求是。”一位參加了國務院扶貧辦組織的調研督查的“老扶貧”如是評價。
8月27日的國務院常務會議上，在聽取完四家單位的彙報後，會議強調，對發現的問題，相關部門要落實責任，抓緊整改，使政策落實成為一場“接力賽”，確保“抵達終點”，讓群眾得到更多實惠。對第三方評估本身，會議給予了充分肯定：“第三方評估對政府工作既是監督，也是推動，要形成製度”。
第三方評估，作為政府管理方式的一種重要創新，如何建立長效機製，接下來還需多方麵的摸索實踐。而毫無疑問的是，這種機製一旦建立起來，將成為服務我國全麵深化改革，確保經濟行穩致遠的重要智慧寶庫。