使用科學的評估方法。評估方法多樣化是此次第三方評估的一大特點，四家單位幾乎都采用了專題座談、實地調研、實地走訪、資料查詢、問卷調查等方式，做到了真正的沉下去，傾聽基層意見。全國工商聯評估組赴12個省市進行重點調研，直接聽取民營企業意見和建議，與地方政府有關部門進行交流，並對15個示範項目進行了實地考察。調研期間，他們召開座談會174場，共有1693家民營企業、38家商會負責人參加；實地走訪企業278家；回收有效問卷3044份；獲取了大量原汁原味、一手的素材，形成了長達30餘萬字的材料。中科院評估組除了進行實地調研，還對利益攸關方進行了大量訪談，其中，農村飲水安全評估組對176名政府官員、46個工程承包方、45個工程運營方，85個村的898戶農戶和30個學校的100名農村教師等做了深入的單獨訪談。他們還設計了訪談提綱和問卷調查表，重大水利工程評估組的問卷調查包括五類359個問題，農村飲水安全評估組的包括8類440個問題，內容之翔實令人驚歎。國務院發展研究中心評估組堅持點麵結合的評估方法，一方麵對國家發改委、財政部、國土部、農業部、林業局等主要部門進行座談調研，從麵上了解各部門棚改工作情況。另一方麵，又由中心辦公廳發出通知並提出具體要求，請全國各省區市研究中心協助調研和彙總本地棚改工作情況，從各點了解全國各地政策落實情況。
專業的評估隊伍。在評估隊伍組成上，各單位都由主要領導牽頭帶隊，選拔的組員也是各領域的傑出專家。如國家行政學院評估組就由黨委班子4位成員以及公共管理、公共政策、經濟學、行政法、政治學、社會管理、文化科技等領域的22位專家組成，還成立了由相關專業知名專家學者組成的13人顧問組。中科院評估組主要依托正在籌建的中科院科技戰略谘詢研究院開展，水文水資源、水利工程、環境健康，農業農村發展及政策評估等領域的近百名專家學者參加了評估工作。
此外，規範高效的組織實施，也是確保評估工作開展的重要保障，各單位均製定了一係列工作規範，編製詳細的調研手冊，對調研過程涉及的具體事務如材料管理、人員資質、保密要求、後勤保障等做出明確安排，所有參與評估的工作人員簽署了保密承諾書，確保了評估工作穩妥有序進行。
把找問題和提建議作為評估彙報的重點
引入第三方評估，就是要發現一些政府內部監督碰觸不到、不敢公開的問題，讓監督更加客觀、獨立、公正。翻閱四家單位提交的5份評估報告，記者發現，這些報告在深入調研的基礎上，采用定性與定量分析相結合的方法，擺事實、講道理，簡短肯定成績，將更多的篇幅用於擺問題、提建議。
對於政府最為關注的簡政放權問題，國家行政學院評估組，在簡要肯定削減行政審批項目數量目標實現良好、進度超出預期的同時，直言不諱地指出了問題：行政審批等事項數量不清。同是行政審批事項，在不同的地方和部門，有的一項指小項，有的指大項。有的一個大項包括二十幾個小項。相當一部分地方沒有搞清楚行政許可審批與非行政許可審批的區別，行政審批與備案、資質資格認定、評比達標等之間的關係也沒有厘清。保留的審批等事項仍然過多，如，實行“先照後證”，企業出生容易了，但目前企業登記前置許可項目還很多，如果不加大力度減少各種“證”，企業出生了也活不好，甚至很難活下來。此外，評比達標等事項過亂、資質資格類項目繁多、取消下放事項含金量不夠高、監管不夠、一些地方和部門審批自由裁量權過大、行業協會和中介機構等審批和服務不規範等問題也逐一在列。對於這些問題，他們提出了專業性建議：對各地各部門編製行政審批事項目錄進行統一規範；盡快出台對中介機構管理辦法和行業標準，建立中介機構誠信評價製度和黑名單製度，對中介機構服務加強監管；加大對地方審改工作的指導和檢查等等。