全運會的功利性還體現在每屆全運會獎牌設置上。著名體育專家、國家體育總局競體司原司長吳壽章為這些“隱形金牌”起了個名字，叫“政策性金牌”，“從當時來講，這麼搞是有必要的。”“政策性金牌”始於上世紀90年代，其用意在於確保奧運戰略的實施、整合全國體育資源。但發展到今天，“規程越加越多，老百姓越來越看不懂，這應當納入改革的視野之內”。吳壽章說，“八運會就有人問我，全運會金牌到底有多少枚。我當時開玩笑說，我也不知道。不過我相信，也沒人算得清。”從奧運的角度調整全運，始於1987年六運會之後，當時，全運會在奧運會前一年舉行，各省為了全運會傾盡全力，運動員的狀態被提前釋放。1988年奧運會中國體育代表團戰績不佳，引起人們對全運會的反思，這使得七運會時隔6年之後才舉行，放在了1992年奧運後一年。全運會4年一屆的節奏由此延續至今。有人將全運會稱為“各省的奧運會”。從這種說法就不難看出，國家層麵的奧運戰略和各省層麵的全運戰略要想協調一致，存在難以避免的結構和利益衝突。因此，全運會如何為奧運會服務，始終是規程改革的重點。
從1997年八運會開始，按照“縮短戰線，突出重點”的原則，全運會的項目設置進行調整，取消了七運會的9個非奧大項，到十運會實現與奧運會設項的全麵接軌（包括冬季項目）。從七運會開始，在奧運會上獲得的獎牌按照1：1的方式計入全運會參賽代表團；十運會上，又加大了奧運會獎牌帶入的力度，1枚奧運會獎牌按2枚計入到全運會參賽代表團。
由於三大球發展乏力，第十一屆全運會起又實施了三大球一金算三金，增設青少年組等規程，希望調動起各省對三大球的投入力度。此外，從七運會開始的運動員交流政策，從八運會開始的解放軍運動員與原輸送單位的兩次計分政策，都是為了解決全運會發展中出現的爭議問題。
然而，由於全運會功利性太強，而且比賽幕後還存在諸多利益關注，為此近些年國家體育總局對全運會政策經常是“朝令夕改”，公信力越來越低，爭議越來趙多，曾引發各地方體育局極大不滿。為此，關於取消全運會的呼聲也是越來越高。
近些年，每逢談及“取消全運會”的話題時，肖天總是第一個站出來反對。在兩年前的十二運會上，肖天就曾明確表示：“大家對全運會的批評或質疑，體現了社會的進步，不過我認為有些觀點過於偏激。比如質疑整個體製，呼籲取消全運會。”他認為，全運會是中國競技體育存在的基礎，“取消全運會，我認為是一種形而上學的觀點。”同時，肖天還強調，全運會既要堅持，也要完善。全運會下一步的改革，主要體現在項目設置上。他同時指出，不能把高水平競技體育和群眾體育混為一談，高水平競技體育就是要為國爭光，展示中國的綜合實力，群眾體育就是要讓更廣大的人民群眾參與到體育運動中來，“兩者相得益彰，但不能用簡單的邏輯對比。”
由此可見，中國體育體製改革、全運革命最大的阻礙恰恰是來自國家體育總局內部高官。其背後根深蒂固的利益鏈，使得許多人不希望運轉了半個多世紀的全運會就此消亡，追溯中國體育腐敗根源，恰恰是出在“全運會金牌政績觀”上。總局正是很好利用“地方省市高度重視”這一點，將奧運會成績計算到全運會各代表團獎牌榜上。於是，外界發現，每逢奧運會年，各地方體育局想盡一切辦法做工作、拉關係、走後門幫助本省運動員獲取奧運參賽資格。如果淡化甚至是取消了全運會獎牌排名，無異於切斷了全運會利益鏈，這將是建國以來中國競技體育從未有過的重大改革！
數十年前，蘇聯和東歐那些社會主義國家特別推崇舉國體製，每年花費巨額國民財富用於培養精英運動員，其結果是國民大眾的體育與趣愛好和強身健體的需求因此被置之不理——體育經費就那麼多，都用於爭金牌去了，一般國民的體育鍛煉自然受到削弱。我們看到，當年在實行舉國體製金牌戰略的國家，雖然在運動會上金牌多多，但其國身體素質和國內大眾體育運動，都遠不及發達國家。與此同時，選拔有運動天分的青少年進行封閉式集訓，其目的僅限於去爭奪獎牌，結果犧牲了數以萬計運動員的青春，甚至給許多運動員造成終身傷害，毀了他們的一生。當年，在蘇聯和東歐80%的運動員退休後因為沒有文化，沒有一技之長，謀生艱難，其中很多人還因運動過量而落得一身疾病，甚至成為殘疾。因為舉國體製形成了一個明星運動員、教練和體育官僚三位一體的龐大利益集團。金牌給運動員和教練帶來巨大名利，給體育官僚帶來官運亨通的政績，由此使舉國體製成為體壇腐敗的催化劑。
如今，俄羅斯和東歐很多國家早已拋棄了舉國體製，將體育推向市場，結果國民體製得到了極大提升，競技體育水平依然沒有受到太大影響，整個體育事業發展也步入更為陽光、健康的軌道。眼下，隨著“實力派”肖天落馬，外界也看到了看中國體育進一步深化全運體製改革、打破舉國體製束縛的希望。知名體育專家羅京生曾一針見血地說：“全運會就該取消！美國沒有類似全運會這種賽事，更沒有我們體育總局這種機構。它們已經協會化，職業化。”如今，中國已經到了體育大變革的前夜。
2015年6月6日，第十屆“泛沿江體育帶”全民健身大聯動開幕。