藍玉案，或稱“藍黨之獄”，爆發於洪武二十六年。
藍玉也是定遠人，本是開國公常遇春的妻弟，在常遇春手下當兵，臨敵勇敢，所向披靡，積功至大都督府僉事。
後來，他又先後跟隨中山王徐達征討北元殘部，跟隨西平侯沐英征討西番，跟隨穎川侯傅友德征雲南。由於屢立戰功，藍玉被封為永昌侯，而且其女被冊封為蜀王妃。
藍玉最著名的軍功，是洪武二十年作為左副將軍隨大將軍馮勝出塞，降服了北元悍將納哈出；洪武二十一年作為大將軍出塞，征討北元嗣君脫古思帖木兒，一直打到捕魚兒海，大勝而還，藍玉因此以軍功而晉升為涼國公，他是繼中山王徐達、開平王常遇春之後的明軍重要將領。
但是，藍玉因立有軍功和受朱元璋的寵愛，漸漸驕傲恣肆，曾經縱容家奴侵占民田。
禦史對其家奴的不法行為進行質問，他就驅逐禦史。
藍玉帶兵北征回還，夜半來到喜峰關城下，要求開門，關吏限於製度沒有及時開門，他就毀關而入。後來，又有人告發他，說他私自占有元朝皇帝的妃子，致使元妃因羞愧而上吊自殺。
在軍中，他為所欲為，擅自升降將校。
參加西征後，他被升為太傅，而與他同時出征的宋國公馮勝、穎國公傅友德卻被封為太子太師，他對此大為不滿，整日滿腹牢騷。
洪武二十六年二月，錦衣衛指揮揭發藍玉謀反。
經審訊，說是藍玉串通景川侯曹震、鶴慶侯張翼、舳艫侯朱壽、東伯何榮、吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等謀劃在朱元璋出宮耕種田時起事。
朱元璋當然不能容忍謀反之事，於是，藍玉被族誅，凡連坐的都稱為“藍黨”，一律處死。
朱元璋親手寫詔布告天下，並將藍玉謀反的事實編為《逆臣錄》。
朱元璋在詔書中說：“藍賊為亂，謀泄，族誅者萬五千人。自今胡黨、藍黨概赦不問。”
殺了一萬五千多人以後，朱元璋似乎還覺得自己已經很寬容了。
然而，僅列入《逆臣錄》的高官就有一公、十三侯、二伯。
經這一次殺戮之後，明初的功勳宿將差不多都被殺完了，各軍府衛所被株連誅殺的軍官達幾萬人。
這時候，朱元璋還說什麼“自今胡黨、藍黨概赦不問”，很明顯這完全是一句騙人的話，因為此時已經無人可追問了。
如此眾多手握重兵的高級將領，為什麼會毫無反抗地束手就擒呢？顯然，他們沒有任何要同朝廷作對的準備，也就是說，他們並沒有反謀。
與之相反，朱元璋卻早為這次殺戮做了精心準備。
雖然朱元璋對權臣的防範由來已久，但藍玉案爆發還是有一個重要的導火線。
藍玉案爆發前一年，洪武二十五年，朝中卻發生了一件大事：四月二十五日，年僅三十九歲的太子朱標死了。
皇位繼承人的死，對朱元璋的打擊太大。
他在皇宮東角門召見群臣時說：“朕老矣，太子不幸，遂至於死，命也！”不禁大哭，這時他已經六十五歲了。
按嫡長子繼承製，皇位隻能由皇太子的長子接任，而朱標的長子早已夭折，這時排行老大的允才十五歲。
朱元璋誅殺權臣，本來想要為子孫鏟除後患，當年，朱元璋曾對朱標明確表示，鏟除權臣如同除掉荊杖上的棘刺，是為了便於掌握，但是他沒想到太子朱標會死在自己的前麵。
有一則記載說，當初馬皇後去世以後，朱元璋一直處於鬱鬱不樂的狀態，戮殺大臣的行為也更加恣意。
有一次，太子朱標進諫說：“陛下您殺大臣殺得太多，恐怕會傷了君臣間的和氣。”朱元璋聽了以後不說話，沉默很久。
第二天，朱元璋把太子叫來，將一根荊棘扔在地上，命令太子去撿起來，麵對長滿刺的棘杖，太子覺得很為難。
朱元璋說：“這根荊棘你拿不起來，我替你將刺磨幹淨了，難道不好嗎？現在我所殺的人，都是將來可能威脅到你做皇帝的人，我把他們除了，是在為你造莫大的福啊！”
太子跪下來給朱元璋磕頭，但心裏不同意朱元璋的觀點，低頭說：“上有堯舜之君，下有堯舜之民。”
他這是什麼意思呢？他這是表明，父親您似乎不是堯舜那樣的明君，否則哪來那麼多亂臣賊子？你想，朱元璋聽了這話能不生氣嗎，老皇帝氣得搬起坐的椅子就扔了過去，要砸太子，太子嚇得趕忙逃走。