古語雲：困獸思鬥，蓋死逮身，誠有所不得已也。都督宋忠，集兵懷來，茲日見攻，乃率銳兵八千禦之，兵刃才交，忠即敗北……當冀左右易心悔禍，念及親親，哀其窮迫，重加寬宥，使叔有更坐之望，下無畏死之心，如此則非特叔之幸，實社稷之幸。昔者成周隆盛，封建諸侯，締八百餘年之基，及其後世衰微，齊桓、晉文成一匡之功。雖以秦楚之強，不敢加兵於周者，有列國為之屏蔽也。秦廢封建，二世而亡，可為明鑒。今不思此，則寧有萬乘之主，孤然獨立於上，而能久長者乎？萬一必欲見屠，兵連禍首，無時而已。一旦有如吳廣、陳勝之竊發，則皇考艱難之業，不可複保矣。
苟固執不回，墮群邪之計，安危之機，實係於茲。建文帝如夢方醒，感覺到事態嚴重。他不得不放下什麼《周官》、“井田製”，而將注意力集中到燕王身上了。建文帝當即召集廷臣於武英殿商議對策。那被燕王指為禍國殃民奸賊的齊泰首先發言，要求皇上下詔削除燕王屬籍並聲罪討伐。然而有廷臣如徐增壽、王寧者則認為，燕王畢竟係皇帝親叔，倘發兵征討，實屬過分。齊泰麵紅耳赤爭辯道：“既然叛反，‘叔’又如何？詔書必明其為‘賊’，敵乃可克！”徐增壽、王寧等揣度建文帝的意思，是支持齊泰之議，便搖著頭，不再說話。此時另一位被燕王定為“奸賊”的黃子澄說：“北兵誌強，不早抵禦，恐河北之地遂失也！”幾經商議，最後建文帝終於決定發兵伐燕。
然而，在決定由誰掛帥時，建文帝頗傷腦筋。這年頭兒能征善戰的功臣武將已經不多了，幾乎皆被先帝當“棘刺”除掉了。僥幸留下的幾個，有的已無心征戰，得過且過，以圖頤養天年；有的又與燕王關係曖昧，藕斷絲連……而齊泰、黃子澄、方孝孺之輩，皆為書生，兵事非其所長，靠他們來運籌帷幄，決勝千裏那純粹是癡人說夢。於是，躊躊躇躇，挑挑揀揀，最終任命了長興侯耿炳文為征虜大將軍，而由駙馬都尉李堅、都督寧忠為左右副將軍，擇日出征。
耿炳文與太祖同為濠州人。其父耿君用從太祖渡江，在討張士誠的宜興之役中戰死，由炳文襲父職，領其軍。三十年來。守長興，克山東，下汴梁，征河南，取大同，攻陝西，破元平章乃爾不花於北黃河，討平蠻夷於雲南曲靖……功勳卓著。洪武年間所封的公侯之中，僅剩了他和郭英二人。由耿炳文掛帥，足可看出建文帝的決心。
選將之後，還要向全國發布“討燕”詔書。詔書出自方孝孺的手筆——邦家不造，骨肉周親屢謀僭。去年，周庶人橚僭為不軌，辭連燕、齊、湘三王。朕以親親故，止正橚罪。今年齊王榑謀逆，又與棣、柏同謀。柏伏罪自焚死，棣已廢為庶人。朕以棣於親最近，未忍窮治其事。今乃稱兵構亂，圖危宗社，獲罪天地祖宗，義不容赦。是用簡發大兵，往致厥罰。谘爾中外臣民軍士，各懷忠守義，與國同心，掃茲逆氛，永安至治。
詔書堂堂正正。無須掩飾，亦不用誇張。一如當年黃子澄所說：“大小強弱勢不同，而順異之理異也”。
與此同時，建文帝又派安陸侯吳傑、江陰侯吳高、都指揮盛庸、潘忠、楊鬆、顧成、徐凱、李文、陳暉、平安等，帥師並進。吳傑等各帥偏師步騎號稱百萬，共同北伐，以期直搗北平。又檄令山東、河南、山西三省供給軍餉。