李孝恭是唐高祖李淵的堂侄，在唐初淩煙閣二十四功臣畫像中排在第二位，地位僅次於長孫無忌。
唐高祖武德二年（619）九月，活動於淮南、江東地區的杜伏威、輔公祏農民起義軍降唐。高祖為了拉攏他們，賜杜伏威李姓，封為吳王，主宰東南半壁天下；又任命輔公祏為淮南道行台左仆射，封舒國公。武德五年（622），唐高祖召杜伏威進京，杜伏威便把兵權交給右將軍王雄誕，讓心術不正的輔公祏留守丹陽（今江蘇省南京市）。誰知，杜伏威前腳剛走，輔公祏後腳就開始搗亂。他謊稱收到杜伏威的書信，委托他除掉有二心的王雄誕，不由分說便殺了王雄誕，奪走兵權，起兵反唐，自稱宋帝。這可讓身在長安的杜伏威和跟他隨行的闞棱傻了眼，杜伏威連忙進宮向高祖解釋，並請求讓他的養子、左將軍闞棱隨唐軍討伐叛賊，將功贖罪。高祖同意了，下詔命李孝恭為行軍元帥，率領大軍東征，平定叛亂。
大軍出發之前，眾將士一起飲酒誓師。突然，杯中的酒水變成了鮮血，在座的人都大驚失色，隻有李孝恭鎮定自若，他語氣平緩地說：“輔公祏惡貫滿盈，神靈也對他不滿，今天我替天行道帶兵討伐逆賊，這杯子裏麵的鮮血，正是天神降下的祥瑞之兆，預示著我們一定會順利打贏這場仗，砍下輔公祏的頭！”說完，將杯中鮮血一飲而盡，大家深為佩服，軍心這才穩定了下來。然而，輔公祏畢竟掌握著杜伏威在江南地區所有的兵力，實力不可小看。所以李孝恭決定兵分三路，從北、西、南三麵圍剿叛軍，先掃清叛軍在外圍的援手，再逐步縮小包圍圈，最後合力攻打丹陽（今江蘇省丹陽市），穩紮穩打，步步為營。
武德七年（624）三月，唐軍順利會師丹陽城外。可輔公祏在城外水陸險要之地都駐紮了精兵，接下來到底要怎麼打呢？李孝恭召集眾將，集思廣益。多數將領都認為，叛軍的幾員猛將都駐守在城外險要的地方，還是直攻丹陽勝算更大，而且擒賊先擒王，捉住了輔公祏，就不怕其他叛軍將領不降。李孝恭正準備聽從，李靖站出來說：“這樣不行，如果沒有辦法迅速攻下丹陽，等到丹陽城內和鎮守險要之地的叛軍兩麵夾擊，我們就會輸得很慘。不如出其不意，先攻外圍險要之地，進而將他們一舉拿下。”李孝恭覺得李靖說得很有道理，便聽從了他的建議，先派一些老弱病殘進攻叛軍猛將馮惠亮鎮守的險隘，自己率領精兵嚴陣以待。馮惠亮果然中計，輕而易舉地擊敗唐軍這些弱兵後，覺得一點都不過癮，便乘勝追擊，不知不覺就遠離了駐地。這時，唐軍主力突然衝出來猛擊叛軍，叛軍大敗，馮惠亮駕著一條小船倉皇逃走。戰勝馮惠亮之後，唐軍轉而攻打叛軍另一名猛將陳正通鎮守之處，又一次大獲全勝，叛軍被殺死或者淹死的多達一萬多人，陳正通隻帶了十多個人逃回丹陽。看到水陸防線已經全麵崩潰，輔公祏知道大勢已去，便帶著手下的幾萬人棄城逃跑。可是唐軍窮追不舍，嚇得追隨輔公祏的人都自己紛紛逃命去了。最終，輔公祏被民間武裝抓獲送到丹陽城處死的時候，他身邊隻剩下了心腹死士幾十個人。