就在人們想更好地了解各種植物、充分利用植物界的資源、對全世界的植物進行統一命名產生迫切需要的時候，林耐的植物命名方法問世了，這個命名方法給每種植物都起一個用拉丁文來表示的學名，這樣，無論哪一個國家的分類學家，看到植物的拉丁文學名就會知道這種植物是什麼、有什麼樣的特征，這樣就可以避免因為名稱的不一致所引起的混亂，也加強了各國植物學工作者之間的交流與合作，促進了植物學的發展。
以前，人們往往是根據植物的營養體即根、莖、葉的特征來識別植物的。例如在庭院綠化中常用的樹種白皮鬆，便是根據這種植物的莖幹上白色的皮而命名的。但是，植物學家更願意以植物的繁殖器官（主要指花）作為有花植物（被子植物）分類的主要依據。因為科學家們發現，植物的花比根、莖、葉等營養器官的保守性更大一些，不大容易受到外界環境的影響而發生形態上的某些變化，這使得人們識別起來更容易、更方便一些。
林耐的分類法與前人相比已經有了很大的進步了，但由於他沒有以生物進化的觀點來看待物種，所以，他使用的分類方法不能體現物種之間的親緣關係，是一種人為的分類方法。後來，科學家們根據植物的形態、結構等級等方法進行分類，尋求各個物種之間的親緣關係以及植物發展進化的本來麵貌，所以這種分類方法又叫做自然分類法。植物分類學的發展，就是一個從人為分類法到自然分類法過渡、轉變和不斷發展完善的過程。
1867年，由德堪多等人提出創議，經過多次國際植物學會的討論和修訂，采用林耐提出的雙名法命名規則的國際植物命名規則確立了。雙名法的命名規則是：每一個學名由兩個拉丁字或拉丁化形式的字構成，第一部分是屬名，為名詞，字頭要大寫；第二部分是種名，為形容詞。雙名的後麵可以附上命名人的姓氏縮寫和命名的年份。如果種名下還有種以下等級的名稱，如變種，則叫三名法。
林耐和以後的植物學工作者用這種方法命名了數以千萬計的植物，從而結束了植物命名混亂的狀況，使得植物的命名工作更加科學化、係統化。
為了方便研究，在植物分類學中，人們采用了一係列等級單位，從大到小依次是界、門、綱、目、科、屬、種。在這種分類等級中，種是分類的基本單位。例如桃和蟠桃，都屬於植物，都應當歸於植物界；它們都能開花結果，種子不裸露，其外麵包有果皮和種皮，屬於被子植物門；桃的胚有兩片子葉，因此屬於雙子葉植物綱。屬於同一綱的植物又根據其相似程度的多少，再在綱以下分目、目下再分科、科下再分屬、屬下再分種，一般來說，我們把上述名稱叫做分類單位。植物的族譜一列出來，植物在植物王國中的位置、植物間親緣關係的遠近就清清楚楚地告訴我們了！
一般來說，植物的物種是受地理分布區域和生態環境影響的，但隨著人們引種、馴化植物進程的不斷加快，隨著現代科學技術的發展，地區之間甚至物種之間的界限都被打破了，物種的來源也大大豐富和擴大了。因此，植物在繁殖過程中出現了許多新的亞種、變種、變形，這三個變種是屬於種以下的分類等級，一般隻具有少數不太重要的性狀區別，如有毛無毛、花冠和果實的顏色等等。