秦始皇的“坑儒”是“焚書”的繼續。至於坑殺的人究竟是方士還是儒生，學術界各持己見。從分析“坑儒”事件的起因看，秦始皇所坑殺的人應該是方士；但從長子扶蘇的進諫“眾儒生都學習孔子的學說”來看，秦始皇所坑殺的又好像是儒生。
而且東漢衛宏在《詔定古文尚書序》中記載，秦始皇在驪山溫穀挖坑用以種瓜，以冬季瓜熟的奇異現象為由，誘惑博士諸生集於驪山觀看。當眾儒生爭論不休、各抒己見時，秦始皇乘機下令填土而埋之，七百多名儒生全部被活埋在山穀裏。於是有人便根據這一點而偏向於傳統的說法，認為秦始皇確實有過“坑儒”的行為。
但有人研究諸史籍，認為“焚書”有之，“坑儒”則無，實是“坑方士”之訛。“坑方士”事見始皇三十五年，因為侯、盧二人求仙藥不成，他們懼“秦法不得兼方，不驗輒死”，罵了秦始皇一番後逃走。既然事端由方士引起，那麼就隻能是“坑方士”，當然不能說被殺的四百六十餘人中沒有儒生，而全是方士，但是由其代表人物可推知，被殺的主體應該是方士，而被殺的原因更與儒家的政治主張和學派觀點無關。所以即使被殺者有儒生，也並非因其為儒生而得罪，總是與方士們有某種牽連之故。因此絕無理由說秦始皇“坑儒”。盡管秦始皇早因“坑儒”之舉背上千古罵名，然而，直到今天，秦始皇究竟有沒有“坑儒”這一謎團還是沒有解開。
秦始皇不立後之謎
中國古代帝王有多個夫人及眾多妃嬪，後妃製度中“第一夫人”又稱皇後，皇後是太子之母，立後製遂與儲君製相互表裏，成為中國古代後宮製度乃至君主政治的重要組成部分，並演出了一幕幕的政治活劇。
秦人在秦孝公（公元前4世紀）以後對於立後和立太子之事已經製度化，秦國在發展壯大過程中，各種國家製度已臻完善，秦統一中國後更全麵建立了各種製度，並定出了皇帝的正妻為皇後、母親為皇太後的製度。但是秦始皇帝始終沒有設立皇後，這成為令人費解的千古之謎。
秦始皇13歲即位到22歲親政，中間有9年的太平天子時間，也正是古代男子要娶妻的時間。即位3年，他便有資格立後，但前後9年都未立後。22歲到39歲的17年是其自己掌權、統一六國的時間，雖則國事繁忙，但在後方立後也不費事。從39歲到50歲時，秦始皇多在巡遊路上，但是立後要以“母儀天下”為標準，可也花不了多少時間。秦朝雖短，但秦始皇有充足的時間立皇後，不是他來不及立皇後，實際上是他自己不願意，而非其母親不操心，也非大臣不盡職。
秦始皇在有機會立皇後的時間內未立皇後是有許多原因的，但究竟是出於什麼目的和原因，也許隻能成為世人心中永遠的一個謎。從眾多複雜的原因中推究，可能除與他的性格多疑恐皇後掣肘有關外，還跟秦始皇追求長生不老和後宮美女過多有關。秦始皇曾4次巡視六國故地，其中3次都會見了徐福等方士以求長生不死之藥，甚至派徐福率領3000童阿房宮男童女赴東海神山求藥。正是有長生不死的厚望和六國佳麗充斥著後宮，一定程度上延遲了秦始皇立後的進程。
史載，秦始皇的母親行為失謹，穢亂後宮，並生了兩個兒子。這使秦始皇在思想上受害甚深，可謂是終生難忘的傷痛。為此，他把母親趕出了國都鹹陽，後來雖有悔過，但至死未讓她再住鹹陽。正如秦兵馬俑博物館副研究員張敏所說的那樣：“由怨母而仇視女人的心理陰影，使秦始皇長大後在婚姻能力上未能健康發展。宮中眾多女人，僅僅是為滿足他的生理需要。由母親行為而形成的心理障礙，也是秦始皇遲遲未立後的重要因素之一。”
其實，秦始皇統一六國後，東方六國的佳麗盡收後宮，但是要選一個名門之後的賢淑女子也是一個難題，更何況秦始皇自認功德超過了古代的聖王——三皇五帝，皇後的標準難定，選定皇後就更難了。
秦始皇死因之謎
關於秦始皇之死，《史記》記述很多，分別見於《秦始皇本紀》、《李斯列傳》、《蒙恬列傳》等處，似乎死因已明，無可置疑。可是將這幾篇有關秦始皇死亡情況的文字細細閱讀，可發現其中有耐人尋味之處。始皇三十七年（公元前210年）秦始皇第五次出巡，主要巡遊雲夢、會稽等地時，李斯、胡亥、趙高等隨從，上卿蒙毅也在隨行之列。蒙毅是蒙恬的親弟弟，為皇帝的親信，可是當秦始皇在途中病重時，蒙毅被遣“還禱山川”。這似為最高等的計謀。因蒙恬領兵30萬隨公子扶蘇駐防上郡，從秦始皇的身邊遣走蒙毅，也就是去掉了扶蘇的耳目；加之趙高曾被蒙毅治罪而判死刑，後因秦始皇赦免，趙高才恢複官爵，趙高對蒙毅恨之入骨，要誅蒙氏一族。趙高是個宦官，專管宮廷禦車與印信、墨書。這次秦始皇巡遊，自然少不了中車府令的事務。而且後來趙高還“行符璽事”，執掌傳達皇帝命令和調兵的憑證“符”和“璽”，趙高當然隨從。秦始皇這次出巡，一路勞頓，到平原津就病倒了。趙高奉命寫遺書，給受命監軍河套的秦始皇長子扶蘇：“與喪命鹹陽而葬。”信還未送走，秦始皇就嗚呼哀哉於沙丘（今河北廣宗縣北）行宮了。
為了不使秦始皇死的消息傳揚出去而引起混亂，丞相李斯秘不發喪，將屍體載於車中，飲食奏請如常。一麵命令車子加緊趕路，一麵讓趙高盡快派人把秦始皇的遺詔給扶蘇送去。趙高可不願意讓扶蘇繼承皇位。因為扶蘇為人正派，根本瞧不起阿諛奉承的趙高。秦始皇的小兒胡亥是一個昏庸的家夥，且趙高還曾受命教胡亥學習法律，二人正好臭味相投。趙高想立胡亥為皇帝，以便實現他篡權亂政的陰謀，因而他違背秦始皇的命令，扣著詔書不發。趙高說動胡亥威脅李斯，三人經過一番密謀，就假造秦始皇詔書，由胡亥繼承皇位。同時，還以秦始皇的名義指責扶蘇為子不孝、蒙恬為臣不忠，讓他們馬上自殺，不得違抗。接到詔書後扶蘇流著淚自殺了。蒙恬不願這麼糊裏糊塗地自殺，他說皇帝巡遊在外，命令我帶兵30萬戍邊，這是天下重任，怎麼能見個使者就自殺呢？誰知道其中是否有詐？主使者於是把他押起來關進監獄，等候處理。