但更多的人們似乎並不滿足這樣的解釋，這樣的解釋對有“雷帝”之稱的伊凡之死似乎過於平淡，甚至有些遺憾。於是，對伊凡雷帝死因的探究一直在繼續著。
1963年，在修複莫斯科克裏姆林宮的阿爾罕格爾斯克大教堂時，人們趁機打開了伊凡雷帝和其他一些貴族的陵墓，並對伊凡雷帝的遺骸部分進行了化學分析。分析結果表明，在伊凡雷帝的遺骸裏殘存著大量的水銀分子。據法醫分析論證：“不能完全排除是有人用藥物一下子，或緩慢地毒殺伊凡雷帝的可能。”據此，一位研究伊凡雷帝的專家首次提出他殺的看法：伊凡雷帝並非自然死亡，而是被他自己的兩個寵臣——波·別伊斯基和波·戈杜諾夫害死的。但由於這種說法缺乏確鑿翔實的史料證明，並未被更多的人接受或進行更詳盡的研究。
近幾年，有關伊凡雷帝猝死之謎的史料不斷地被發現，這些史料提供了伊凡雷帝非自然死亡的依據。如：“伊凡四世比人們預料的要死得更早，他雖身患重疾，身體一天比一天更衰弱，但還看不出瀕臨死亡的跡象”，“沙皇伊凡死得很快”，“波·戈杜諾夫收買了給伊凡雷帝治病的英國醫生後，謀害了伊凡四世。因為，如果不搶在沙皇之前，他自己就會和其他顯貴一樣被處死”等等。據此推斷出伊凡四世是被波·別伊斯基給他的一份由醫生配置、裏麵放進了毒藥的飲料毒死的。一時間，伊凡雷帝死於宮廷謀殺之說吸引了所有人的注意力。
根據史料分析，波·戈杜諾夫的嫌疑最大，因為他對沙皇早已懷恨在心。伊凡雷帝在年過半百、身患疾病之時，還正式向英國女王伊麗莎白一世的侄女求婚，這對身為貴族的波·戈杜諾夫及其親屬構成嚴重威脅。一旦伊凡四世和英國王室聯姻，將對戈杜諾夫·伊琳娜的丈夫、王儲費奧多爾·伊凡諾維奇極其不利。據說，有一次，暴怒的沙皇不知為什麼事情要嚴懲王儲，波·戈杜諾夫想替王儲求情，沒曾想竟也被雷帝一同痛打，致使波·戈杜諾夫在家躺了好多天不能到王宮去，還請了醫生進行治療。而雷帝不僅對此事不感懊悔，反而對他有了猜疑。此外，雷帝還對伊琳娜有過非分之舉，也使波·戈杜諾夫對雷帝產生了仇恨心理。
以上種種使得王儲周圍那些最親信的大公和貴族們，也就是戈杜諾夫家族對此感到受辱並產生怨恨。他們在尋求一些秘密措施，企圖消除伊凡四世的聯姻意圖，推翻伊凡四世已達成的協議和陰謀。
至於別伊斯基的作案動機，則與沙皇冷酷殘暴的性格不無關係。據說，伊凡雷帝在晚年的時候變得非常脆弱，他非常害怕自己在沒有懺悔、沒有領受聖餐禮的情況下突然撒手人寰。因此，他從全國各地招募來六十多名巫師和巫醫，由衛隊嚴加看管。每天，雷帝都派別伊斯基去巫師和巫醫那裏了解他們的占卜、預告情況，然後回來向自己彙報。可是女巫們居然告訴別伊斯基，天上最強有力的星宿都反對雷帝，並且他們還預測出了雷帝的死亡日期。別伊斯基哪敢向雷帝彙報這些啊！
他隱瞞了事實。可是雷帝還是知道了占卜和預言。伊凡雷帝暴跳如雷地叫嚷，他要在預言他死亡的那一天把巫師和巫醫們統統燒死，把隱瞞預言的別伊斯基推出去砍頭！別伊斯基真正被沙皇逼上了絕路。於是別伊斯基和戈杜諾夫聯手，把他們自己的死期變成了雷帝的死期。
不難看出，上述說法多為推理、判斷，缺乏詳盡、可靠的史料依據。既然沒有定論，伊凡雷帝之死也就成為一個未解之謎，有待後人的進一步考證。
在種種打擊下，伊凡的精神已經近乎崩潰因為殺死自己親生兒子而失魂落魄的沙皇，做出了他一生中最不尋常的舉動。他決定對所有奉他之命被處決的、有背叛行為的失寵朝臣昭雪。此舉是出於預感行將就木前的不安？還是想要拯救自己的靈魂？抑或基於清醒的思考，企圖借此一舉同僧侶與貴族和解，以便改善新的皇位繼承人太子費多爾的處境？很難斷言。
伊凡雷帝命令司書們編造出所有遭禁衛軍屠殺的人的花名冊，花名冊連同大量金錢一起被送往全國一些最大的教堂。銀子猶如雨點灑落在僧侶們的頭上。根據粗略估計，僧侶們在一兩年的時間裏得到了幾萬盧布。給遭貶黜的人們死後恢複名譽，是一個不僅有道德意義，而且有政治意義的舉動。沙皇事實上是承認了自己長期進行的、反對貴族叛變的鬥爭完全徒勞無益。恢複名譽，在貴族們看來是貶黜和迫害不會重演的某種保證。新方針在一項諭令中得到了確認。此項諭令規定凡誣告者嚴懲不貸，凡憑空指控主謀造反者格殺勿論。同時還規定：誣告自己主人的家仆，也要繩之以法；小告密者，處以笞刑，並流放邊遠地區。
太子伊凡·伊萬諾維奇死後，智能低下的費多爾就成了皇位繼承人。據宮廷司書季莫菲耶夫講，由於盡人皆知費多爾無能治理國家，大家左右為難，都為此而苦惱。貴族們都懷疑費多爾是否有在戰時駕馭國家的能力。伊凡雷帝使出了他慣用的伎倆，來挽救皇朝的未來。
在隆重安葬皇太子之後，伊凡雷帝在縉紳會議上發表演說，一開始就承認長子之死是他的罪過，接著便是引咎遜位。當眾臣都不同意時，他就提出是否可將權力交給幼子。他請貴族們考慮：除費多爾之外，在國家中還有誰適合繼承皇位。
沙皇說這番話的真實意圖在於確立幼子為皇位繼承人。貴族們都十分明白其他任何一個皇位覬覦者和敢於替他說話的人將會招致什麼後果。因此，他們誠惶誠恐地請求沙皇在國事未安排妥當之前，打消去修道院過安謐生活的念頭。他們甚至還信誓旦旦地宣稱：除了雷帝的兒子，他們不希望任何別的人充當自己的國君。
沙皇並不十分信任他們，因而暗中做好了一旦遭遇不測就將家室送往英國的準備。他怕事情走漏風聲，對自己最親近的人都加以隱瞞，而把去倫敦談判的重任委托給一個無名小卒——英語翻譯。
伊凡雷帝自從親手殺死太子之後，每夜隻能睡幾個小時的覺。他離開了亞曆山大羅夫自由村的行宮，回到克裏姆林宮，因為行宮的陰森牆壁總使他想起太子的彌留之際。一天晚上，侍從上奏說莫斯科天空出現了一顆彗星，尾部呈十字架形。雷帝穿上暖和的皮襖，命人抬他到外麵去看。雪白的京城銀裝素裹，他仰望蒼天，長時間凝望那顆閃著淡紅色光芒的彗星，然後喃喃自語道：“這是朕歸天的預兆！”
從1584年初起，雷帝的體力日漸衰退。禦醫們說他患的是血液變質、內髒腐敗病。他全身浮腫，皮膚一片片地脫落，發出一股難聞的臭氣。即使塗上香料，仍不能驅散這股臭味。
雷帝害怕夜色降臨，因為它帶來的是一片日暮途窮的淒慘景象。每天夜裏，他在若明若暗中恍惚看到兒子的形象：有時服飾華麗，笑容可掬；有時麵容愁慘，額頭帶一個血洞。這個幽靈同他談話，雷帝還回答，然後他突然大叫一聲，跳下床來。侍衛們跑進來，照料他重新入睡。但有時他不肯再睡，讓人把教士找來，鳴鍾做彌撒。到天明時，他已經精疲力竭，茫然若失，無法臨朝理政。
禦醫的藥劑和教士的祈禱都不能醫好他的疾病，雷帝又開始求助巫術。占星家、占卜者和巫師從全國各地雲集莫斯科。巫師在宮殿附近的一間房屋裏閉門不出，求神下界，保沙皇平安。巫術大師們這樣大規模彙集一堂，真是前所未有。沙皇的親信別爾斯基親王每天來詢問他們，但他們的看法仍是悲觀的。各種天象都一致表明，君王晏駕已為期不遠。別爾斯基將術士們的結論秘不上奏，以免驚動沙皇。
雖然臣屬多方麵封鎖消息和百般安慰，都不能改善雷帝的心情，他自知已病人膏肓。身上的臭氣日益濃烈，睾丸腫大，疼痛難忍。伊凡雷帝認真考慮了帝位繼承問題，並在貴族們麵前口授聖旨，立費多爾為帝位繼承人。
伊凡雷帝叮囑費多爾要施仁政，避免同基督教國家進行無益的戰爭。為了輔弼這位昏庸無能的幼主執政，他任命了一個護國委員會，由五位貴族組成，他們是戰功卓絕的伊丹·舒伊斯基、瓦西裏三世侄女的兒子伊凡·穆斯迪斯拉沃斯基、第一位皇後安娜·斯塔西亞的弟弟尼塞塔斯·尤利耶夫、雷帝的兩個親信波格達內·別爾斯基親王和鮑利斯·戈杜諾夫親王。在這五個人當中，鮑利斯·戈杜諾夫最為幹練，他的妹妹伊琳娜嫁給了費多爾。
伊凡雷帝自知死期將至，變得懦弱而溫情，他稱五位護國委員為“朋友”、“戰友”。他命令釋放波蘭和德國戰俘，並減少捐稅。雷帝再一次向眾臣抱怨說：“朕一生中迫於貴族們陰謀篡位，才不得不違反本性而用重刑。”
伊凡雷帝即使在表示這種天使般的仁慈時，還不免偶爾流露出本性的殘忍。由於有人不慎失言，使他得知占星家們為他測定的死期是1584年3月18日時，他就憤憤地說：“如果他們測得不對，就把他們都活活燒死。”
臨死的伊凡雷帝最喜歡的消遣是讓人把他連同座椅抬到國庫存放大廳，一連幾個小時地玩賞那些裝在箱子裏的寶石。3月15日，他邀請英國大使若羅姆·霍爾賽爵士與他同去欣賞寶石。英國大使看到綠色、藍色、紅色的寶石，還有珍珠和鑽石被他抓起，然後從顫抖的手指上滑落。珠光寶氣使他那貪婪的眼睛閃爍發光。他對那些寶石愛不釋手，而且還能說出寶石的產地和價錢。他好像為突然發現自己這樣的富有而感到驚奇，又為自己不得不離開這一切而感到痛苦。
伊凡雷帝麵對這些寶藏悲喜交集。也許是由於一時的衝動，他突然昏厥過去，這可嚇壞了英國大使，他連忙叫人把雷帝抬回寢宮。
蘇醒後，伊凡雷帝還不相信自己馬上就會死去。他認為，在教士、醫生和術士們的協同努力下，還有康複的可能。但他還是做好了心理準備，他告訴總主教，如果最近他死了，入殮時不要以沙皇的身份，要以教士的身份。他的父親瓦西裏三世臨終前也表示過同樣的願望。
在沙皇左右，在克裏姆林宮內外，籠罩著一種陰鬱的寂靜，人們都在教堂裏祈禱。3月17日，伊凡雷帝洗過熱水浴後，身體感到異常輕快。翌日清晨，精神更好。他想起了術士們預言他的死期是3月18日，就對波格達內·別爾斯基說：“據占卜者們講，朕最後一息當在今日，而朕卻感到精力反而更充沛了。讓這群招搖撞騙的家夥們自己去死吧！”波格達內·別爾斯基去把這一判決通知聚集在配殿的術士們，他們鎮定地說：“等一等，今天還沒有過完呢。”
侍從們又給沙皇準備好了熱水浴，伊凡雷帝舒暢地跳進水裏，洗了三個小時。出浴後，他上床睡了一覺。醒後，情緒極佳。起床時他在內衣外又套上一件睡衣，把宮廷歌手們召來，跟他們共同歌唱。送伊凡死在棋盤旁走歌手後，他坐在棋桌前，要波格達內·別爾斯基與他對弈。但是，他的手已變得癱軟無力，不能在棋盤上很好地移動棋子了。棋盤上的國王和王後都被他的手碰倒，滾落到地上。他的身體也隨之癱軟下來，病情複發，兩臂下垂，腦袋觸到棋盤上。左右的人呼喊，奔走。醫生們用伏特加酒和草藥給他擦身，想讓他蘇醒過來。但一切都無力回天了。
總主教遵從伊凡雷帝遺囑，在一旁為他讀聖職授任禮的禱文。他被洗浴後，頭戴僧帽，身穿僧衣，永遠獲得了一個僧侶的名字若納斯教士。身著僧衣的屍體胸前還放了一個木質十字架和一個基督複活聖像。
有些人在前廳竊竊私語，說沙皇並未善終，而是被急於篡權的波格達內·別爾斯基和鮑利斯·戈杜諾夫毒死的。英國大使若羅姆·霍爾賽爵士也持這種看法。但這一切都沒有確鑿的證據。伊凡雷帝很可能是因腸道及泌尿器官某種感染而死。
毫無疑問，軟弱無能的費多爾勢必要做個傀儡皇帝。貴族們哀痛的麵容也難已掩飾他們內心的解脫之感，他們擠在身穿粗呢僧服的屍體前，回想過去，還是不寒而栗。他們的噩夢真的一去不複返了，伊凡雷帝會不會突然從床上跳起來，把他們毫不憐憫地送上斷頭台？
可是，在克裏姆林宮外麵，無數沉默的群眾幾天來就一直在等待著沙皇的消息。鮑利斯·戈杜諾夫害怕臣民乘機作亂或宮廷發生政變，拖延了整整一天的時間才宣告沙皇晏駕。直到護國委員會把帝位繼承的細節安排妥當，他才令人敲響喪鍾，令人登上紅牆的階梯宣布：“沙皇晏駕！”此時，應聲而起的是一片嚎啕大哭，人群紛紛跪倒。對俄國的平民百姓來說，雷帝雖然有過錯和罪惡，但畢竟是上帝派到世間的代表。人們不能批評他，正像不能批評上帝一樣。身為一國之父，他有生殺予奪的大權。在俄國，受壓迫受剝削的老百姓擁戴的始終是強者的性格。皮鞭固然可怕，但不妨礙愛戴，有時還相輔相成。暴君正是以恐怖來贏得民心的。
在聖米哈伊爾·阿爾尚熱大教堂，參加沙皇葬禮的人真可謂人山人海。伊凡雷帝被安葬在他狂怒時殺死的那位太子的墓旁。墓碑上刻著這樣一段話：“1584年3月18日，誠篤的君王、沙皇、全俄羅斯大公伊凡·瓦西裏耶維奇作為若納斯修士葬於此地。”
費多爾被推上了帝位，這個身體贏弱、性格柔懦的人被突然落到肩上的皇權弄得不知所措。他的父親在評論他的時候說，他適合做教堂的聖器管理人，而不適合做帝國的繼承人。沙皇給他起的綽號是“敲鍾人”。新沙皇從親政一開始就倚重那位身體健壯、野心勃勃的內兄鮑利斯·戈杜諾夫。不久，他就代替費多爾統治了俄國。
伊凡雷帝的一生，生活環境的特殊、政治利益的需求和性格的偏執，使他變得殘酷暴躁、野心膨脹，致使他征伐無度，殺人無數。盡管如此，伊凡雷帝的後人們仍感謝他給予了人民一個強大的俄羅斯。伊凡雷帝死去已經有400多年，但他所創建的國家還在，仍然那樣遼闊。
1953年，伊凡雷帝的屍骨被批準從墓穴中挖出以供研究。通過對其遺骨的化驗分析，困擾人們四個世紀的秘密有了答案，這位暴君長期以來一直受到關節炎疼痛的折磨和困擾，而且無藥可醫。當時最常用的止痛藥中混有水銀，而我們現在知道，水銀會導致人類行為的變異，包括間歇性的狂怒發作。