二是要整體搬遷。生態移民的宗旨之一在於把超過區域生態環境容量和承載能力的人口搬出去，減輕人口壓力，解決全區人口與資源的合理布局問題。在移民搬遷過程中有足夠條件的地區要進行統籌規劃和組織，實行整體搬遷和集中搬遷，實現遷出區的鬆動效應，最終實現適應保護環境要求的生態移民。從移民搬遷安置即管理來講，集中安置對移民安心紮根、定居後生活的安排等問題的解決具有積極作用。同時，集中安置有利於安置區統一規劃，統一建設，有利於降低基礎設施投資成本，有利於經濟的綜合性開發。
三是土地供給問題。從長遠來看，生態移民的安置應當實現非農化、城鎮化。但在初期仍應以農業安置為主。土地是移民生存與發展最重要、最稀缺的資源。移民的土地調整是敏感而尖銳的問題。因它涉及移民與安置區居民如何共享土地，同享基礎設施的問題。但隨著工業化、城市化進程加快，傳統農業區的農民大量進城務工，農村勞動力向非農產業轉移，部分農村已出現耕地撂荒現象，為此，將移民安置與遷入區農村產業結構調整、勞動力再配置等結合起來，能較好地解決這些矛盾。
四是強化移民村社會管理問題。生態移民村除少數是原建製村整體搬遷外，大多是移民新村，新村規模都在三四千人或五六千人，如同心縣下馬關鎮移民村，一個移民行政村管理農戶和人口有1000戶4000人左右，最多的達1305戶5263人。移民來自不同村莊甚至不同鄉鎮，民族不同，生活習慣不同，相互之間有一個融合的過程，而這時村幹部的作用發揮極其重要。必須選派思想素質高的村幹部，切實抓好村務管理，建立健全各項規章製度和村規民約，使新村民之間、回漢村民之間、新老村民之間能互相融合，和諧共處。鑒於移民新村管理的戶籍和人口遠多於一般行政村，為保證移民新村必要的村級行政經費，應改變按一般行政村行政經費標準撥付移民新村經費的辦法，按照管理農戶和人口比重撥付行政村行政經費比較合理。
五是民族與宗教問題。寧夏山川少數民族曆史傳統、風俗習慣、生產與生活方式不完全相同，各自有自己獨特的文化與傳統。特別是宗教這一複雜的文化現象，既滲透到民族傳統文化的諸多方麵，又具有維係社會穩定、民族內聚、傳播與發展民族文化的重要功能，對社區重構、關係整合和發展具有十分重要的意義。因此，在生態移民規劃與搬遷、重建時，必須對少數民族的文化、風俗、宗教信仰予以充分考慮。必要的宗教設施建設應予滿足，民族傳統和習慣應予保留。
六是加強人口管理。由於地方政府著重於提高移民搬遷的初步效益，向新村人口遷移時，以有一定文化程度的年輕人為主，他們成為移民的主要成員。中青年移民正處於生育高峰期，生育子女一般較多。除此之外，由於各種原因在一些條件較好的移民區人口呈增長趨勢，而移民區耕地和水資源有限，必然導致生態環境惡化、人口對資源的壓力增大，最後引起再次人口遷移。因此，必須堅持計劃生育，嚴格控製各種人口增長，防止移民區人口急增。切實加強對移民的宣傳教育，轉變他們的生育觀念，實行優生優育，堅決製止早婚早育，把人口始終控製在與當地承載量相適應的範圍內，維持生態係統的良性循環。