尚未形成長效的知識產權運作機製，由於缺乏知識產權製度的運用能力，無明確的政策指導，缺乏科技創新與成果轉化項目儲備製度、科技成果評估體係與獎勵製度，導致高校專利技術與成果缺乏對於商標、版權、專利等全麵的保護，科研成果的轉化效果較差，而教師群體則注重職位晉升、職稱評定與成果評估，而對專利申請的積極性則相對較低。
2.知識產權管理意識淡薄
當前我國許多高校對於知識產權意識還比較淡薄，在知識產權的創造、管理、保護等方麵的能力還需進一步的提升。由於高校未意識到自身科研成果參與到市場競爭中的價值，對本校知識產權的保護力度考慮不周，無法準確衡量科研成果的市場價值，
結果為學校帶來極大的損失，甚至是法律糾紛。高校知識產權管理意識淡薄的問題不僅反襯出相關個人意識的淡薄，同時也折射出高校對於知識產權知識普及的缺位，絕大多數高校尚未建立知識產權教育的課程體係，相關科研人員對於知識產權的重要性及意義較為模糊，另外，高校亦缺乏知識產權管理相關人才，在一定程度上製約了管理工作的順利開展。
3. 知識產權收益的分配問題
一般而言，高校內一項科研項目的參與人數較多，但主要功臣卻屈指可數，但在涉及知識產權的收益分配問題時，往往推行均衡主義，結果導致發明人的權益與地位受損，筆者認為，應按照付出比例突出發明人與其他參與人的收益分配差異，如此才可極大地激發人員的創造力與積極性。另外，高校在科研人才與科研設備方麵具有得天獨厚的優勢，但企業則擁有雄厚的資金支持，目前校企合作愈發緊密，但二者的成立性質、經濟地位、市場地位具有較大的差異，因而校企在知識產權的收益分配問題上也易發生分歧，企業大多認為自身出資後就有權享有知識產權專利的獨立申請權，而專利成果對高校與企業而言均是不可或缺的，企業需依賴於高校的技術成果，而高校則需要的資金支持，因而二者分配宜均等，而不宜實行差異分配。國家還應出台相關政策給予支持，以利於校企合作模式得以長效發展。
三、完善我國高校知識產權管理工作的對策
1.構建完善的高校知識產權管理體係與製度
筆者認為可適當借鑒OTL管理模式，具體為主要科研人員向OTL提交了技術成果後，由OTL管理人員實施篩選，對科研成果進行初步評估，再製定相應的許可方案，包括知識產權的形式選擇與專利申請方案，科研成果營銷方案，許可談判與產權收益的分配。在生成許可協議後，OTL管理人員還與企業繼續保持聯係與溝通，如可要求企業根據協議內容遞交財務報表，推薦新發明與新技術等。各大院校應設立獨立的知識產權管理機構，上對校長負責，下至各個院係相關的負責人員與教職工，未明確職責範圍，可劃分若幹職能部門，分別進行知識產權的谘詢服務；知識產權的信息收集與資料管理；科研成果的後期篩查、評價、轉讓、收益分配等工作。此外，筆者經查閱資料發現，東南大學的科研管理係統亦為有效的嚐試，該係統為綜合信息化管理平台，係統以項目管理為中心，知識產權管理工作貫穿於科研立項、計劃、合同、成果、專利、成果轉化、人員、經費、學科建設等全過程。具備科研項目管理、科研考核、經費與成果管理等種功能，不但可作為評估教師科研水平的參考依據而且還可為學校科研管理提供依據。