第二，目前績效評價隻針對單個項目或某一部門，不能反映項目之間、部門之間的績效差異，因此無法對項目的投入產出效益進行評價，也不能很好地橫向比較項目的優略，造成項目選擇的限製。
第三，項目從投入到產出，再到效益發揮，需要一個較長的過程，評價時點如果選擇在項目完成後，則項目效益遠未充分體現；如果選擇在項目效益充分發揮後，則時間跨度過長，即使評價結果相對客觀，也無法做到及時調整預算。
二、完善經費預算管理的對策
1.構建績效預算管理的框架體係[2]
績效預算管理是指利用預算績效信息設定統一的績效目標進行資源配置與優先順序的安排，以幫助管理者維持或改變既定目標計劃、並報告其結果與目標符合程度的過程。其核心是將績效水平與具體的預算數額聯係起來。績效預算管理框架體係包括項目績效計劃、年度績效報告、績效評價和反饋績效評價結果。
項目績效計劃。項目績效計劃通常在編製項目預算和項目任務書時根據項目的戰略目標確立，包括以結果為導向的績效目標、實現績效目標需要開展詳細的活動和需要動用的資源、衡量績效目標的具體指標以及按照正常條件能夠打到的績效標準等。
年度績效報告。為跟蹤部門年度績效計劃的進展情況，一般要求部門管理者定期或者不定期地提交績效報告。績效報告通過實際績效和計劃績效的比較，描述績效目標的完成進度。績效報告的主要用途包括：有利於部門管理者發現管理中存在的問題，及時提出改正措施，並據以調整資源分配；有利於部門管理者向公眾證明本部門履行職能的有關情況。
績效評價。績效評價是對部門完成績效情況進行評價。雖然績效報告一般會對部門績效目標的實現情況做出判斷，但是，由於績效報告由部門自己提供，是對項目績效的自評，很難保證評價結果的客觀公正性。為了更好地對部門績效進行評價，很多國家開始采用公民取向的績效觀，即績效報告要向社會公眾公布，由公眾進行評價。
反饋績效評價結果。績效評價結果的反饋能幫助相關部門發現管理中存在的問題，從而不斷完善和加強其預算管理體係。績效評價結果產生的作用不同：對於部門管理者，績效評價結果有利於其了解公眾的偏好以及自身的不足，據以加強管理、提高管理效率；對於預算分配部門，績效評價結果是調整以後年度預算分配的重要依據。
2.使績效預算體係和ARP係統相融合
績效預算是預算管理的一種行之有效的方法，兼顧經濟性和效益性。ARP預算管理係統是一整套為預算管理而建立的預算管理服務信息技術平台，通過登錄網站即可錄入和查詢信息。因此將兩者有機的結合不僅能夠達到上述績效預算管理的目的，而且還能夠起到完善ARP預算管理係統、優化預算管理的作用。
融合流程圖
首先，中科院ARP係統中的預算分析表中僅僅包含了預算的完成情況而沒有項目的完成情況，因此，為使兩者結合從而對項目績效做出全麵、客觀的評價，需要加入包含項目績效和預算績效的部門自評而形成的績效報告。其次，ARP係統當中的預算錄入隻是對預算金額的錄入，而沒有項目計劃總體目標和階段性目標的錄入。因而會造成績效評估內容的缺失，因此除預算錄入原本包含的三個二級科目外，還應加入項目計劃的錄入。這樣才能為後麵進行的績效評估提供依據，為最終績效報告的生成做準備。