中村繼續在古時代的日本幫助劍聖，這一集中，他們即將開始對抗白胡子軍團。
第六集 線索 彼得與女友決定一起到加拿大蒙特利爾把事情弄清楚。他們來到了彼得畫中的地方，一進去就發現了一張留給彼得的字條，上麵說世界正處於危險中，彼得抱著女友，心中非常希望知道未來到底發生了什麼，結果他就身體內的時空轉移能力讓他倆到了2008年6月14日的紐約，這時的紐約早已是空城。
克萊爾希望能加入啦啦隊，但是啦啦隊隊長黛比卻故意刁難，不讓她加入。克萊爾的男友幫她出了主意，兩人聯手讓黛比當眾出醜，結果黛比被撤掉了啦啦隊隊長的職位，克萊爾順利進入啦啦隊。
貝內特先生與海地人來到了莫斯科，找到了伊凡，用消除他的記憶威脅他，從他那裏逼供出了那八幅預言畫的所在地。最後貝內特更是狠毒的把伊凡槍殺。
在古時候的日本，中村寬所愛的女人發現了之前救她的人都是中村，他們倆在森林裏擁吻，卻被劍聖撞見，劍聖一怒之下投靠了白胡子陣營。
莫欣德不肯幫助公司在人體試驗病毒，本想離開公司，但是公司突然轉變態度，向莫欣德道歉，以新的計劃來誘使他留下來。結果卻派了妮基與他合作，其實是想用妮基來試探莫欣德的忠誠。
賽拉與兩兄妹來到了美國邊境處，碰到了當地巡檢人員，賽拉一直用言語慫恿著瑪雅，讓她殺死了所有的巡檢人員，還是的兄妹倆關係惡化。
第七集 時間之外 彼得和女友來到了一年後的未來，這時候香(Shanti)病毒已經在全世界範圍內傳染開了，世界上百分之九十三的人都死掉，就連未來的彼得和內森都沒能幸存。女友凱琳(Caitlin)即將被遣送回國，彼得卻無力阻止。彼得的母親讓他回想起了一些事情，但是彼得仍然不能很好的控製自己的能力，無意間又回到了現在的時間，還碰到了整個陰謀的策劃者——亞當(Adams)。
克萊爾的男友威斯特(West)沒有與她商量就來到她家中，告訴她那天晚上捉弄啦啦隊長的事情上了報。克萊爾知道事態嚴重了，但是又無法告訴威斯特事情的真相。貝內特先生突然回家，威斯特看到了他，知道了克萊爾是他的女兒，一怒之下就飛走了。貝內特也看了報紙，知道了克萊爾有了男朋友，便說要搬家，但克萊爾說什麼也不肯。
馬特的父親穆利(Maury)來到了公司，企圖搗亂。公司主管告訴馬特隻有他能夠阻止穆利。馬特剛開始以為自己做不到，但是在看到為了他而躺在病床上的茉莉，他鼓起了勇氣，用能力把穆利關在了他自己的噩夢裏。
阿寬雖然非常希望能與愛人在一起，但是為了不改變曆史，他還是選擇回到現在，但是一回來，他就得知自己的父親已經被謀殺。
第八集 四個月前 彼得從未來又回到了現在的時間，回到了蒙特利爾那個房間裏，亞當出現了，他讓彼得拿著內森的照片進行回憶修複，彼得真的做到了，四個月以前發生的重要事件在這一集一一揭曉。
四個月前彼得即將核爆，內森抱著彼得飛到空中，彼得硬是把內森推開，但是內森已經受了嚴重的外傷，被灼傷得麵目全非。彼得核爆後成功進行自我修複，把內森帶到了醫院。公司新主管鮑勃說服了彼得進行治療，讓他學會控製能力，並由閃電女艾拉監督彼得吃藥。彼得在被關期間認識了亞當，並被亞當說服，一起逃出公司，並用亞當的血救了內森，讓其恢複原來的容貌。在出逃過程中，海地人抓住了彼得，但是他決定不把彼得交出去，隻是消除了他的記憶，把他關在那個貨箱裏，希望彼得會有新的生活。
瑪雅也是在四個月前才發現自己的能力。那時她弟弟舉行婚禮，瑪雅發現弟弟的妻子竟然在婚禮上就背叛丈夫，瑪雅一怒之下能力迸發，殺死了整個婚禮上的人，結果成為了通緝犯人。
四個月前D.L.霍金躲過了死亡，活了下來，原以為可以和家人過上安定的生活，誰知道妮基另一重人格出現，一個叫做吉娜(Gina)的風騷女子。霍金從一個流氓手中救回了失控的妮基，自己卻中彈身亡。
第九集 警戒線 貝內特先生開始準備搬家，預備晚上就走，但是克萊爾此時非常生氣，決心要留在這裏。她找到了威斯特，希望他原諒自己，但是威斯特還是不敢相信克萊爾，他找到了貝內特先生，把他抓到空中，詢問貝內特他是否利用克萊爾來給他設陷阱，貝內特先生告訴威斯特她對他是真心的，正在這個時候，貝內特先生接到莫欣德的電話，他知道克萊爾有危險了。貝內特找到了莫欣德，艾勒手握著閃電走向貝內特，正在這危急關頭，威斯特撞飛了艾勒，這個閃電女當場暈倒。鮑勃還是抓到了克萊爾，不過貝內特也抓到了鮑勃的女兒艾勒，兩人決定一換一。經過一場激烈的打鬥，貝內特用槍指著鮑勃要殺了他，莫欣德卻像貝內特開了槍，使畫中的預言實現了。
馬特很想把照片上的人都找出來，他發現自己的讀心能力比以前更強大了，他現在已經從被動的讀心變成主動的把意誌植入他人腦中，他用這個方法來詢問彼得的媽媽，但是還是無法詢問出照片中一個神秘女子的下落。
阿寬想回到過去救父親，但是父親告訴他，大家都不是神，不應該隨意改變命運，阿寬經過一番內心掙紮，決定聽父親的話，不過阿寬利用時間暫停，找出了殺死父親的真凶。
第十集 真相 結局 莫欣德用克萊爾的血救回了貝內特先生。但是克萊爾一家都以為貝內特已經死了。一家人決定要搬到鹽湖城，克萊爾在海邊拋灑骨灰的時候看到了艾勒，她走上前去與她對質，並告訴艾勒，她會搞垮公司的。
麥卡把父親的獎章放在書包裏，卻被幾個流氓搶走，莫妮卡想幫麥卡拿回獎章，卻被流氓發現而綁走。
彼得以為亞當是要消滅病毒，就與亞當一起找到了當年公司的女生物學家維多利亞，彼得用讀心術得知了病毒的藏匿地點。
阿寬回到了過去知道了亞當就是放出病毒的人，他決定用劍聖的劍替父親複仇。
賽勒讓瑪雅學會了控製自己的能力，接下來他便誘使瑪雅離開她的弟弟，但是阿裏安多卻回來逼賽勒離開，賽勒拿起刀殺死了他。
第十一集 無能為力 彼得和亞當來到了得克薩斯州，阿寬要阻止彼得繼續錯下去，但是彼得仍是堅定的站在亞當一邊。內森和馬特決定也要前往得克薩斯州阻止彼得和亞當的行動，他們趕到時，彼得已經打開了倉庫的大門，內森曉之以情動之以理，勸住了彼得，及時的解決了危急。
妮基與麥卡要去救回莫妮卡，可是妮基生病無法使用能力，來到關押莫妮卡的倉庫時，妮基不顧一切地衝進去，莫妮卡逃了出來，可妮基卻不知生死。
賽勒逼莫欣德給他治病，艾勒發現了賽勒，想通過抓住他向父親邀功，結果賽勒趁亂拿了要救妮基的血清逃走了，正當艾勒懊惱的時候，莫欣德告訴艾勒要不是她趕到，他們都會死，艾勒第一次感覺到救人的快樂。
正當克萊爾決定把自己的超能力公布於眾時，貝內特先生為了保護克萊爾免受公司的傷害，以與公司合作為代價回家勸說克萊爾。
1.3 第三季劇情介紹
原 名：Heroes Season3
譯 名：英雄 第三季
類 型：動作/冒險/科幻
片 長：每集40分鍾左右
本季首播：北京時間2008年9月23日
國 家：美國NBC電視台
第三季將分兩部分呈現給觀眾---Villains惡人(1-13集)和Fugitives逃亡者(14-25集),英雄們將麵臨抉擇，究竟是誰走向了邪惡? Level 5是個什麼地方? 人們口中的惡人們又是何人?哪些人淪為了逃亡者--是惡人們四處逃竄還是曾經的英雄隻能落得亡命天涯的下場...
超能英雄Heroes第3章“Volume 3: Villains”將緊接著第2季的結尾，Nathan被刺殺槍擊開始，在場的Peter和Matt被此事弄了個措手不及陷入慌亂，新聞發布會也不得不提前結束。部分能力恢複了的Sylar決定再去找啦啦隊長Claire，打算再度奪取Claire的能力。同時在日本東京，Hiro和Ando發現了一個可以毀滅世界的家族秘密，未來將再次接受嚴酷的考驗，新人物Daphne在此登場。在紐約，Suresh的研究在Maya的幫助下有了重大的突破，這個突破將改變整個世界，或者毀滅整個世界。
英雄第三季Villains惡人(1-13集)
1.4 分集劇情
第 1集 2008年 9月22日 （The Second Coming）
四年之後未來
Peter Petrelli快速跑過曼哈頓遇到了穿著一身皮衣的Claire。Claire看起來比以前更性感了，但Claire卻用一支槍對著Peter誓要 “了結此事”，Peter說能回到過去 “修複一切”，因為現在人類已經知道超能人存在，正不惜一切代價追捕他們。
Claire扣動了扳機，但Peter凍結了時間，拿走了槍。未來Peter使用時間傳送術回到敖德薩警察局－－原來開槍刺殺Nathan凶手正是未來Peter！現Peter與Matt Parkman聞聲追來但什麼也沒有找到。
Nathan被送入急診室不久，醫生告訴Peter哥哥已經死了。Peter準備吻別哥哥時候，Nathan突然蘇醒過來，Nathan活過來後所做第一件事就虔誠地跑去教堂向 \"上帝\" 禱告，覺得 \"上帝\" 給了第二次生命就要行善積德，要做一個意誌堅定 \"福音派\" 教徒並遵照 \"上帝\" 旨意和計劃行事、Nathan還告訴Peter超能人也許是上帝派到凡間執行 \"特殊任務\" 的天使。
未來Peter回到警察局尋找那支槍。當Matt Parkman走進來時未來Peter立刻將自己裝作現Peter。Matt識破了Peter的詭計，但Peter卻把Matt傳送到了一個遙遠而陌生的地方（非洲），那地方石頭上有一個奇怪符號。
Angela Petrelli 出現後隻看了未來Peter一眼就問：自己兒子哪去了。原來Angela的超能力：能從夢中預見未來所以才會知道眼前Peter來自未來。兩人爭吵起來。未來Peter說：Angela和朋友試圖毀掉配方不僅重新出現，而且毀掉了一切。Angela當然也已經知道，未來Peter還說現Peter很安全。與此同時神秘第五區監獄裏一個彪形大漢聲嘶力竭地叫著：\"我才是Peter Petrelli！\"
醫院裏Linderman的幻象從陰影中走出來說治好了Nathan。
另一個 \"已死之人\" 也出現了，那就是美豔的Niki。其實Niki已經死了，她叫Tracy。和紐約州州長混在一起。
日本東京。Hiro正無聊地坐在又大又寬敞的豪華辦公室裏玩弄時間。父親死後它成了企業總裁。Hiro認為自己應該去踐行命運，而不浪費時間來賺大把大把鈔票。相反Ando則對金錢表示出了濃厚興趣……
未來Hiro親眼看見未來自己與未來Ando正激烈爭吵未來Ando要未來Hiro交出配方未來Hiro拒絕了未來Ando手中射出火紅電光將未來Hiro擊倒地取走了配方未來Ando竟擁有了超能力！隨後巨大電磁風暴撲麵襲來整個日本被毀滅了回到現後Hiro什麼也沒告訴Ando隻說必須找回配方
Claire 一個人回到加利福尼亞家中Sylar突然出現希望得到Clair超能力兩人屋裏玩了很長一段時間貓捉老鼠遊戲此期間Sylar發現了一個標有 \"第五區\" 盒子裏麵全描述超能人檔案或卷宗但現最想要還Claire超能力最終抓住Clair切開了頭顱
將Claire身體放矮幾上仔細檢查大腦發現Claire沒有神經末梢所以感覺不到疼痛Claire問Sylar否會吃掉大腦Sylar否認了很快Sylar找到了自己需要東西
離開之前Sylar將Claire頭蓋骨重新接好Claire問Sylar為什麼不殺Sylar說Claire很特別因為永遠不會死現也永遠不會死了