在送走自己雇來的所謂的Claire親生父母後，Claire的父親接到了Eden的電話，再得知Mohinder的行程和Peter的進展後，Claire的父親命令Eden找到Isaac。
第7集 光明正大
Simone來到Peter家裏，將自己父親去世的消息告訴了Peter。Peter和Simone來到Isaac家，發現Isaac和所有的畫都已經不見了。Peter得知Simone已經將缺失的一幅畫賣給了Linderman。Claire的同學將丟失的錄像帶還給了Claire，但錄像帶被Claire的弟弟Lyle發現，Lyle看到Claire的表演驚恐不已。
Niki醒來後發現Micah已經不在來，希望鏡中的自己出來幫忙尋找Micah。Nathan在家中準備接待和全家共用早餐的記者，而Matt接到FBI的通知，前去調查Sylar的又一起謀殺案。Matt看到了受到嚴重核輻射而身亡的屍體，並和FBI同事Audrey找到了懷疑是Sylar的住宅。
Micah和D.L.在公路上遇到了一起車禍，D.L.下車利用自己控製密度的能力穿入車門救出了傷者。正當汽車爆炸之際，Hiro和Ando即時趕來，Hiro令時間停止，救出了D.L.和傷者。在Nathan家的早餐上，記者問到了Nathn和Niki見麵的事情，Peter即時接過了話題，生成Niki是自己的心理醫生。為答謝Peter，Nathan同意找Linderman要回Isaac的畫。
Matt和Audrey來到Sylar的住宅，發現室內已經遭受嚴重的輻射。按照警方找到的處方線索，Matt和Audrey來到醫院，發現自己誤把可以產生輻射的TheodoreSprague當作了Sylar。在Matt的幫助下，Theodore聽到了被自己誤殺的女友臨終前的心聲。Niki打電話給Nathan，希望Nathan幫助自己尋找Micah，Nathan擔心妻子發現自己的秘密，掛斷了Niki的電話。絕望的Niki砸碎了屋內鏡子，另一個Niki被釋放了出來。Micah和D.L.的車停在路邊，Micah走近一個損壞的電話亭，Micah利用自己的能力修複了損壞的電話，將自己的位置告訴了另一個Niki。
第23集 (第一季大結局)
DL殺林達曼時自己也受了傷，妮基隻好讓生命垂危的他留在原地，自己去找米凱。此時伯特納和馬特碰上了莫希德跟莫莉，他們已經從彼得那裏得知塞拉獲得了泰德的能力。茉莉很快就找到了塞拉的所在地。可是塞拉的能力太強，隻有彼得一個人可以對付他，阻止他炸毀整個紐約。
彼得帶著克萊爾找到內森，想讓他阻止悲劇發生，可是想不到母親和哥哥居然欺騙了他。他們根本不在意紐約如何，因為林達曼說為了人類的進化，這次爆炸是必須存在的。他們還準備帶克萊爾去安全的地方，彼得一怒之下單獨離開了。
安度獨自來到伊薩克的畫室，準備刺殺塞拉，可是他根本不是塞拉的對手。幸好中村及時趕到，才把他從塞拉手中救出來。隨後馬特等人也來到伊薩克的畫室，不過塞拉早就離開了。
伯特納等人分成兩隊行動，他和馬特出去找塞拉，莫希德則帶著莫莉，跟妮基一家一起逃出大廈。此時，塞拉已經來到了大廈樓下，彼得也被伯特納帶到這裏，盡管彼得沒能打過塞拉，但是中村卻按照預言殺死了塞拉。
戰鬥到最後，彼得已經無法控製自己的力量，眼看他就要爆炸了，所有人都無能為力地在一旁看著他。就著克萊爾準備殺死他的時候，內森突然出現了，他抱著弟弟飛上了天空。拯救了整個紐約。
1.2 第二季劇情介紹
第一季主要描述一群平凡人如何變得不平凡；而第二季將主要描寫這群與眾不同的人怎樣嚐試變回平凡人。為了重新過上普通人的生活，英雄們選擇了逃避，紛紛離開紐約。與此同時，卻有一股新的邪惡力量出現，企圖圍捕英雄們，讓他們做平凡人的美夢破裂。
啦啦隊長克萊爾和養父班奈特一家重聚，為了躲避神秘組織H.R.G，他們隱居在加州，盡可能不引人注意，可是事與願違，克萊爾第一次談起戀愛，卻發現男友維斯特身上有著組織H.R.G的“標簽”。“暴力女”妮基不再人格分裂，她學會控製自己的力量，一心想和兒子過上新生活，卻發現自己被暗中監視……
和逃亡相對應的，是反派對英雄們的追殺。“開腦狂人”塞勒並沒有死，他超能力喪失，但繼續追殺各位英雄，通過剖開他們的腦殼從中獲得超能力沒有成功。。。同樣在尋找“英雄”的神秘組織H.R.G的真麵目也進一步被揭開。原本的首腦林德曼在第一季中被殺，而阿寬的父親Kaito——組織的另一位領導人的戲份將大大加強。另外，似乎還有新出現的第三方邪惡力量代表……
在追與逃的過程中，驚心動魄的故事逐漸展開。
在《超能英雄》第一季結束後，媒體和觀眾就在猜測，“暴力女”妮基、“讀心術型警”帕克曼、可以穿越時空的阿寬、會自動痊愈傷口的“拉拉隊長”克萊爾，還有生死未卜的內森和皮特兄弟……這些擁有超能力的“英雄”們在新一季中將麵臨什麼樣的謎團和困境？
在劇中眾多“英雄”裏，很多人認為日本小胖子阿寬是最單純、最善良，也最陽光的一個。在第一季結尾，阿寬意外地穿梭時空，回到了古代的日本。第二季的故事就從現代和古代兩條線索同時展開：阿寬身處1671年日本武士的戰爭中，並遇到日本傳奇人物——劍聖宮本武藏；在現代時空裏，“英雄”們離開紐約，卻遇到了更大的恐懼和挑戰……
除了阿寬的遭遇，第一季結局還留下了未解之謎——皮特、內森以及大反派塞勒的生死。皮特控製不住身體裏的能量，即將“核爆”，其兄內森抱著他飛到了天上，天空出現了爆炸，而塞勒也被一刀刺中……在第二季，並不會馬上交代謎底，而是直到大概第八集後，才會以“四個月前”的方式來進行倒敘，講述內森、皮特兄弟倆和塞勒是否真的死亡。總之，錯綜複雜的時空交錯式敘事手法，很可能會讓觀眾有點一頭霧水，但同時，跟著劇情一起破解謎題的感覺也更加刺激。
第一集
在埃及一所大學演講的Mohinder得到了一個工作機會，提供他這個工作的人擁有把物體變成黃金的能力。Claire父女隱姓埋名開始了新的生活。洪都拉斯，一對兄妹正在逃避追蹤，他們妹找了人蛇，企圖偷渡到美國，他們的命運又將如何呢？
Hiro穿梭時空回到1671年的日本，利用時間停止的能力帶走了一個拿著聖劍的武士，但他並非劍聖，正在Hiro為自己可能已經改變曆史而感到恐慌時，鑄劍師的女兒又在此時出現了……
Matt用了讀心術順利通過警察考試，得到了新的警徽。Molly最近噩夢不斷，Molly畫得的圖更是讓人驚心。Ando拿著報紙去見 Hiro的父親，Hiro的父親打開報紙，一張他的照片翩然落下，照片中他的臉上已經被印上了那個反複出現的標記，他說自己活不到24小時。
Nathan為Peter的死而頹廢，他也收到了和Hiro父親同樣的照片。Bennet一家的晚餐，被一個電話打擾了，打電話的人居然是遠在開羅的Mohinder，到底他們設了怎樣的圈套，又抱著什麼目的呢？
Claire的新同學擁有飛行的能力，並且知道Claire與眾不同。失去記憶的Peter被縮在集裝箱裏麵，他連自己是誰都不知道。
第二集 蜥蜴
皮特被那三個想偷MP3播放器的人囚禁了起來。那三個人沒有偷到MP3無法向上麵的老大交貨，老大派人來想搶走三個小偷其中一個的妹妹。皮特運用超能力擊退了他們，但小偷不僅一點不感激，還用一個裝著記錄著皮特身份資料的盒子威脅皮特幫他們再偷一批貨物好讓他們交差。
克萊爾永遠都無法抑製對自己擁有的超能力的好奇。她在生物課上的發言使得她的那位男同學又纏上了她。看過老師在課堂上演示的蜥蜴腿再生錄像以後，克萊爾回到家剪斷了自己的腳趾，幾秒鍾後腳趾又長回來了，不妙的是這一幕剛好被她的同學看到。
馬特在調查中村謀殺案的時候傳訊了佩麗的母親，佩麗的母親察覺到馬特有讀心的能力。佩麗到警察局來保釋母親的時候，他母親突然開始發狂，平靜下來以後手上握著一張自己的照片，上麵被標上了那個神秘的符號。
莫希德接受了公司的工作，前往海地救一個被病毒感染的人(第一季中的海地人)。莫希德給海地人注入自己血清救好了他，最後卻被洗腦。
逃難的兄妹準備偷渡到墨西哥，找到他們以前的一個朋友幫忙。但在偷渡的過程中瑪雅不受控製的能力又開始發揮作用，差點害死了他們的朋友。
中村回到古代日本代替劍聖完成了他的使命，並說服了劍聖戒酒創造屬於自己的曆史，卻發現劍聖有和克萊爾一樣的能力。
痊愈後的海地人回到克萊爾父親的身邊，準備去找到伊薩克所有的畫。
第三集
本集最大的看點就是賽拉(Sylar)的回歸，可是我們的惡魔王子非但沒有從上一季的劍傷中恢複過來，而且失去了所有的超能力，包括他竊取其他超能力的學習能力。彼得(Peter)因為那個存有他的身份及過去的木盒為黑幫賣命，搶劫了賭球中心的運鈔車，並在叛徒的槍口下救得小頭目的性命。但我們也看到了彼得身上存在的陰暗一麵，這也讓他選擇了回避自己的過去。中村寬幫助劍聖回歸了正統曆史，同樣因愛上了鑄劍師的女兒而放棄了回歸現代。莫欣德 (Mohinde)又回到了茉莉(Moli)的身邊，而且組織給他設置的實驗室居然是在預言畫家的家中，他幫助本內特(眼鏡男)找到了最後一幅畫的內容。
DL已經死了，尼基(Niki)患上了海地人一樣的病，她將麥加寄養在陌生人的家中，向組織求醫。克萊爾(Clair)延續上一集的“蜥蜴”腳趾甲事件繼續和Wist糾纏，而Wist也向她展示了飛翔能力，原來他們都是超能力者。Wist脖子上的傷口和莫欣德發現的圖畫內容讓克萊兒一家陷入陰影的籠罩之中。
第四集 善良的陌生人 上一集末，克萊爾的養父知道了第八幅畫中的內容——他被殺死，畫的陰暗處克萊爾與一位男子在擁吻。因此他知道隻有阻止克萊爾約會，才能阻止這件事情的發生。當養父暗示克萊爾這個時候不應該交男友時，克萊爾答應了。但是愛情的力量是偉大的，在貝弗利山上的浪漫一夜後，克萊爾決定暗地約會。
瑪婭一行還在奔往美國的路上，途中他們遇到一個暈倒在地的男子——賽拉！塞拉發現Maya和她弟弟的能力後，又開始醞釀陰謀了。
這一集，出現了一個新的能力者，是麥加所寄養的那戶人家中的大女兒，她隻要看一眼，就可以學會她想學的東西。
馬特來到內森的家中，找到了那兩張碎照片的完整版。馬特驚訝的發現，在他十三歲時就離開他的父親竟然也在照片中。他讓茉莉幫忙找到他的爸爸，誰知茉莉一看到照片就驚叫了起來，原來馬特的爸爸就是一直出現在茉莉夢中那個人。茉莉最後還是決定要幫助馬特，剛找到就被他爸爸發現了，茉莉陷入了昏迷中……
第五集 作戰抑或逃遁 上一集最後，茉莉被馬特的父親用超能力困在了夢境中，情況非常危險。這一集一開始，馬特就和內森一起找到了馬特的父親，卻被其欺騙，困在了可怕的幻境中。彌迦幫助莫妮卡發現了自己的能力，莫妮卡開始進行有針對性地訓練，她希望能夠做一番事業。
遠在愛爾蘭的彼得仍然沉浸在愛河裏，但是好景不長，公司派出了一個狠角——擁有電能力的艾勒來找彼得。艾勒一出場就殺死了彼得情人的大哥，看來後麵免不了有場惡仗。
莫欣德發現茉莉的身體正在衰竭，萬般無奈之下隻好求助公司，公司答應照顧好茉莉，但要求莫欣德繼續執行任務。