畜牧業產業化模式並非沒有任何缺陷，這種模式也存在一定的問題。首先，以“公司+農戶”模式為例，這種模式的產業化鏈條十分脆弱，容易斷裂。在現實操作過程中，企業違約或農戶違約的現象時有發生。由於農戶小而分散，不具備參與市場競爭的能力和與企業平等談判的能力，因此一旦企業和農戶之間利益產生矛盾，則受損失的往往是農民。因此，企業和農戶之間的關係並不穩固，一般在維持一段時間後就會破裂，最終導致整個產業鏈的斷裂。其次以“公司+合作社+農戶”模式為例，這種模式很難實現產業鏈整體價值最大化。這種模式下，企業不與農戶直接交易，而是通過與合作社簽訂合同。合作社組織農戶進行生產並提供全方位的服務。由於合作社本身就是一個利益主體，其往往通過低買高賣追求自身利益的最大化，這種不合理價格行為會直接損害農戶、飼料企業和加工廠多方的利益。由於隻有實現產業鏈整體價值的最大化而不是單個環節價值的最大化，合理分配利潤，才能保證模式的長期存在和發展，合作社的行為直接導致整個模式的不穩定。最後，以“公司+協會+農戶”為例，這種模式很難維護產業鏈的穩定發展。現實中，企業的股東一般擔任協會的領導，協會的運作費用由企業負擔，協會在很大程度上已經成為企業的一個部門。這種協會雖然在一定程度上可以起到連接農戶和龍頭企業的作用，但是其出發點變成了實現企業利益最大化，因此不能完全保證農戶的利益。
我國各地區的自然條件、資源狀況和社會經濟發展水平都不同，因此，畜牧業發展模式絕不能實行“一刀切”，而應該依據地區畜牧業產業發展的具體實際靈活選擇。