公司治理結構流於形式，尚未形成現代市場條件下的建立在法權基礎上的“三會一層”之間的有效合理製衡機製。公司治理內外部人控製問題嚴重，一是現有高級管理人員內部人控製，決策權、監督權和執行權並沒有得到有效分離。二是省聯社外部人控製。省聯社不擁有信用社任何產權，但卻對其高管人員配備、業務經營、製度設計、人員招聘以及薪酬分配等重要事項進行直接幹預，這種管理方式忽視了信用社獨立的法人地位，直接削弱了信用社的業務經營自主權。
縣級法人模式規模約束效應日趨明顯。我國信用社改革主要采取以縣為單位實行一級法人模式，資產規模小、資產質量低、人才儲備少以及抗風險能力弱的矛盾日益突出。
綜合服務水平低，業務創新能力弱，風險管理能力弱。主要表現在：（1）專業人才匱乏、員工職業及專業素養不高。從業人員當中，第一畢業院校全日製大專以上學曆、主修經濟金融等專業的，占比很少，真正精業務、懂技術、高素質、富有開拓精神的人才更少。（2）產品研發、行業及政策研究投入不足。以貴州興義農村合作銀行為例，分析其2004—2009年財務損益表，研究開發費用支出總金額僅有2萬元，而這期間平均每年的營業費用支出總額為4117萬元（數據根據貴州興義農村合作銀行2004—2009年財務報表整理得出）。（3）技術支持平台落後，新業務發展平台尚未建立。自助銀行服務尚處於起步階段，網銀係統、高效的信息管理係統、風險管控係統等新技術平台尚未建成。
二、信用社新的管理模式探索
筆者認為，盡管信用社在很多方麵都有待於進一步的發展與改革，但管理模式的改革應當是下一步深化改革的首要課題，原因在於管理模式在政府主導型改製中的核心與樞紐地位，在信用社自上而下的強製性變遷改革中，深化產權製度改革、完善現代公司治理結構在很大程度上也受製於管理模式的改革狀況。
（一）現行管理模式分析
現行信用社管理模式根據2003年國務院《深化信用社改革試點方案》（國發〔2003〕15號）的要求設計，信用社的管理由地方政府負責，銀監會作為國家銀行監管機構承擔對信用社的金融監管職能，各縣、市（區）聯社（行）入股組建省聯社，省聯社具體承擔對轄區內信用社的管理、指導、協調和服務職能。
張傑斌在中國法律信息網發表的《農村信用社改革的經濟法學分析——以管理模式改革為視角》一文中指出，現行信用社管理模式的改革，作為政府實施的一種複合幹預行為，在很大程度上背離了符合經濟法價值或精神的基本原則（作者在文章中指出經濟法價值或精神是在經濟社會化的條件下的實質公平正義，核心內容是社會整體經濟利益的實現，符合經濟法價值或精神基本原則有三個：對於政府主體來說，是實現其幹預行為的正當性，包括合法性與適度性；對市場主體來說，是保證其獲得一種公平競爭的環境；對於社會中間層團體來說，是保證其在自治與管製中獲得獨立發展的空間，發揮其糾正市場失靈與政府失敗的雙重作用），從而導致了嚴重的利益失衡。管理模式改革利益失衡成因有兩點：第一，這一改革模式違背了政府正當幹預原則，政府通過行政權力取得信用社的控製權缺乏合法性基礎，違背了法人製度的基本原理。既沒有資本出資關係、又沒有專門法律授權，這違背了基本的法治理念，由此而對信用社行使的政府幹預行為缺乏合法性基礎；第二，管理模式改革沒有遵循維護公平競爭的原則，這會使農村的社會公共利益受到損害。因為地方政府一旦控製了信用社，出於自身利益的本能考慮，必然會將財政支農行為在內的行政行為與對信用社的控製利用緊密結合起來。
（二）新管理模式建議