（三）治理機製不盡完善
毋庸置疑，農合金融機構均設置了監事會、理事會以及決策層等諸多部門，但這一係列機構之間並未帶來相互製約與均衡的良好效果。所有權依然集中於農合金融機構的主人手裏，易導致“內部人管理”的局麵，在製定運作決策時往往帶有主觀意識，排斥起碼的製約與監督，缺乏民主管理的製度根基。一旦決策權力喪失，本機構便要蒙受一定的道德風險，“人情信貸”現象時有出現，批量貸款便不能收回。
三、農村合作金融在管理中所遇到的問題
（一）相關法律、法規有待完善
現如今，我國均未產生完善的監管機製，缺乏法製化、高效化和規範化的風險監督管理體係，農合金融機構承擔風險的能力仍處於較低的水準。法律的不健全使農合金融的發展失去了統一的規定與規範的引導，農村合作金融並未得到實質性重視，給農村合作金融的長遠發展蒙上一層陰影。
（二）服務範圍狹小
目前，農村金融機構對整個農村所提供的服務量較少、服務類別十分狹隘，不利於農村地區收益率的創造；同時，本機構對投資時間較長的基礎性生產任務和硬件生活設施所投入的信用貸款偏少，也沒能結合當地的實際特征以及經濟金融發展水平等因素科學規範農合金融小額信用貸款的額度和條件。
（三）金融風險的監督、控製不到位，加劇風險滋生
由於在全國範圍內未能構築起合理的風險管控體係，農合金融機構在風險的預防與管理措施的執行上沒有到位，現行的“風險預警機製和指標評估體係”在實際運作中有不少的困難。一部分農合金融機構的存在時間十分短暫、運營欠穩定，並未解決創建時提出的金融構想。同時，本機構的綜合競爭力異常薄弱，無法形成規模化，較易遭受外部金融活動的衝擊而出現倒閉破產的情形，並且其發生概率明顯超出大多數工商企業。
（四）產權不盡合理
農合金融機構的運營主體在獨立結算中的地位並不明確，特別是政企未能達到徹底分離的狀態，產權不明晰，權責不統一，不利於農合金融機構的持續、協調、健康的發展。
四、浙江構築農村合作金融管理運維機製的創新對策
（一）強化金融風險管理者的素質培訓，做好業績考評工作
農村合作金融管理的好壞，歸根結底取決於廣大從業人員。基於此，應通過對現有管理人員的技能培訓，著力提升管理的實效性，力求所有管理者的才能始終符合於金融風險管理的客觀需求。建立健全監管職員的崗位負責製，及時彙報經營中所麵臨的風險狀況，著力加大監管力度，推行全方位動態化監管模式。引領廣大監管職員將工作的重心放到監督農合金融機構高管階層的道德風險上麵，並對高管員工的績效開展細致、科學的考評，將高管業績與其績效相掛鉤，借以激發其工作的積極性和責任意識。
（二）努力健全農合法律體係，完善金融風險管理的各項程序
改革開放35年來，我國農合金融機構麵臨著支援農村經濟建設的重大任務，其資金的投向風險相對大。在改革進入深水區的2010年，特別是黨的十八大之後的一個時期，對我國農村而言更是大有作為的“黃金時期”，在全麵建成小康社會的進程中，由於法律的空白以及各項製度的不健全，給農合金融機構的進一步發展造成了不小的障礙。鑒於此，浙江省需盡快出台《農合金融法》等係列法規，逐步明確農合金融管理的法製地位，加大農村區域內逃廢債現象的懲治力度，營造農村合作金融管理的健康環境，維護農村金融業發展的有序、穩定的秩序，加快農合金融機構的法製建設進程。借助於法規的約束作用，將潛在的農合金融風險遏抑在萌芽階段。