分泌卵泡激素的器官，除卵巢之外，左右腎髒上的副腎上腺，也會分泌這種激素。在停經之後5～10年之內，卵巢和副腎上腺同時分泌卵泡激素，年齡漸長後卵巢的功能消失，隻剩下副腎上腺繼續維持分泌的功能。
黃體素是性腺分泌的激素之一，它將隨著尿液排出體外。卵巢的老化程度愈高，黃體素在尿液中的含量則愈低。更年期以後，卵泡激素的分泌量急速下降，所以更年期的卵泡激素和黃體素的比值，比性成熟期來得高。這種平衡失調的結果，會引起更年期異常出血或其他障礙。
同時，更年期裏出現的激素變化，也會發生在卵巢係與副腎上腺係。
腦垂體所分泌的副腎皮質刺激激素，在更年期裏，分泌量會突然大量增加，這是因為副腎皮質的反應能力降低的緣故。但是這種變化，在卵巢上並不明顯，這是因為副腎上腺係統的主要功能，在於維持生命。
副腎皮質除維持生命的功能之外，和生殖也有極大的關聯性，副腎上腺的產量，青春期以後逐漸增加，至性成熟期達到最高點。進入更年期之後，卵巢所分泌的卵泡激素，因卵巢機能減退而減少，間接造成腦垂體所分泌的性腺刺激素分泌量上升，從而促進副腎加量分泌卵泡激素。
卵巢和副腎一樣，受到問腦和腦垂體的控製，除此之外，甲狀腺和性腺的機能也有很大的關聯性，甲狀腺機能亢奮時，可能出現過少月經或無月經的症狀，當甲狀腺機能不足時，又可能會出現機能性出血，或過多月經的症狀。
更年期裏甲狀腺也會產生一係列的變化，一般認為，這是腦垂體——卵巢係統機能的變化所引起的變動。年齡愈大，甲狀腺的功能愈差，其他的內分泌器官的情況也一樣，從而使基礎代謝、體溫等，發生一係列的變化。
更年期的月經
更年期和性成熟期不同，下丘腦和卵巢都已開始老化，於是引起月經周期混亂或月經周期長短變動不定。無排卵周期不僅常發生在青春期，也常出現在更年期裏。
雖然停經是遲早的事，但是在停經之前，混亂的月經周期會持續數年，首先排卵的間隔時長時短，斷斷續續；接著是無排卵月經，最後進入停經期，這一段時期因人而異可能會維持數月到數年之久。
至停經期為止，數年之間，月經容易出現周期混亂（時早時晚）、血量變化不定（時多時少）、日數不一（時長時短）等情況，和從前月經周期順暢時期大不相同。然而，很少有人能越過月經不順時期，直接進入停經期埋頭苦幹。
性器官的變化
更年期女性身體內的變化，以卵巢最為顯著。
卵巢的老化，在進入35歲之後就已經開始，黃體的製造能力逐漸喪失。進入更年期之後，卵巢的組織產生變化，結合組織增生，內膜變厚，不再排卵；和性成熟期比較，卵巢的體積隨著年齡的增加而逐漸縮小，到了更年後期，黃體的形成能力幾乎完全喪失。
更年期初期，即使子宮產生變化，變化也不大，除非出現子宮肌瘤，子宮才會出現增大的現象。
更年期後期開始，子宮開始萎縮，子宮頸部與體部逐漸縮小；體部和頸部的比例，和成熟期不同，恢複青春期時子宮的形狀。另外成熟期出現的子宮頸部糜爛現象消失。並且，周期性子宮內膜增厚的周期，進入更年後期之後開始出現混亂，引起更年期不正常出血或月經異常的症狀，更年前期裏，自主神經失調性子宮淤血，是造成上述症狀的主要原因，而在更年後期裏，子宮逐漸萎縮，血管退化，子宮的出血量降低。
陰道或外陰部也會伴隨更年期產生相應的變化。
更年前期幾乎不會出現陰道萎縮的症狀，隨著年齡逐漸增大，陰道會因為萎縮而變窄，而陰道壁的彈性、潤滑性也會一點一滴地消失，但是陰道的入口不會因而變窄。
因為生物體之間存在個體的差異性，所以陰道的萎縮也因人而異。丈夫的體貼與關懷、生產經驗都是造成陰道的萎縮產生遲速不同的原因。更年期仍進行性行為的婦女，陰道可維持成熟期女性的狀況，直到相當老時。
所以，千萬不要主觀地認為更年期裏性欲會降低，就放棄性行為；借著夫婦之間的愛情交流，能防止陰道的萎縮。
陰道的內部，在更年期後期，因卵泡激素分泌量降低，而產生變化，肝糖減少，使陰道內部的pH值升高，對細菌的抵抗能力逐漸降低，極易發生陰道炎。
陰道口過了更年期後，開始萎縮，老年期裏更為縮小。
另外外陰部也會產生變化，一般是由於皮下脂肪減少所造成的。陰毛變白，一般而言，比白發出現得晚。
更年期障礙
並不是所有更年期的女性都會有更年期障礙，隻有極少數的人會有很嚴重的症狀發生。因此，卵巢功能的衰退，並不是造成更年期障礙的直接原因。