1944年6月，由於房屋糾紛一事（史語所地處李莊板栗坳，房屋緊缺，不少人為之困擾），人微言輕的遊壽不得已而采取“粘揭帖”（貼小字報）的激烈舉動。在史語所這是前所未有之事。6月21日，史語所致函遊壽：“前日見揭帖，深感悚異，執事如以為不可，一言即決，何至出此類揭帖。今既如此，隻有與王君對換房屋，並無他法，即希照辦。”可見此種越軌做法引起傅斯年的吃驚與惱怒程度，也更加重了遊壽心中的鬱悶情緒。
由於遊壽桀驁不馴，不斷反擊，時間一長，迫使傅斯年不得不正視這位性格剛烈、不讓須眉的女子；同時，也由於遊壽的同窗好友曾昭燏的說情（曾昭燏的哥哥曾昭掄和傅是連襟，而且，傅斯年夫人俞大綵的母親曾廣珊是曾國藩的孫女，與曾昭燏的祖上係同一家族），傅斯年準備對遊壽網開一麵。1945年2月16日他給曾昭燏寫信：“前談遊戒微先生事，最終結論仍以前法為妥，即改任為助理研究員，擬在開會時特別申請以第三年論，若兩年內遊先生寫成著作，即可討論升副研究員，不待滿四年也。”這一讓步雖是有限度的，但畢竟比先前僵硬的規定要靈活、寬鬆一些。然而此時遊壽已是跨入四十歲的中年女性，老一輩學者在這個年齡段早已成為教授或研究員了，懷才不遇、時不我待的她已不屑於接受傅斯年的這一姍姍來遲的“寬宏大度”，有心衝破樊籬，去實現自己的誌向與價值。她作《伐綠萼梅賦》，借無端遭劫的綠萼梅比喻命運對自己的不公：“繽紛未據要路，且非當門。急斧斤以摧枝，雜畚插而鋤根。何藩籬之森固，戕嘉木之天年。恣榛莽之暢茂，任蔓草以袤延。……未是上林紫蒂，春風早沾；翻似丹嶺綺青，王孫卻伐。望東閣兮，彷徨撫餘襟兮，哽噎。”1945年2月21日，即在傅斯年給曾昭燏寫信後的第五天，遊壽給傅斯年寫了一張假條：“因舊疾複發。又因家鄉淪陷，暫欲赴渝一行，未完工作擬另派人，或準予假，乞請裁奪。”
遊壽這次去重慶待了四個月，其間曾到中央大學國文研究所短暫工作，至該年7月中旬才回到李莊。為此傅斯年等人對她感到不滿，有所責備。8月25日，對此種責難顯然不服氣的遊壽再次致信傅斯年：“年來受閑氣蓋平生未有，常恐冒瀆神聽。然以防微杜漸，聊試一鳴，君子不欲高上人，固不與所中舊人尋仇。”傅斯年回信表示：“一切照前約之辦法，您以舊名義未作研究，部分之管理事項可不擔任，一切均交張政烺先生接收。移交之事，乞速辦。”這樣，遊壽總算可以名正言順地脫離圖書室雜務，集中精力搞研究了。
接下來的這些日子，恰逢日本投降，抗戰勝利，各內遷機關紛紛忙於返回南京的準備工作。1946年春節剛過，遊壽致書傅斯年：“《塚墓遺文史事叢考》已於（民國）三十年草訖，呈送岑仲勉、陳槊兩研究員，指示之點，亦已改定，極想早日付梓，如何呈交，請核示。”來李莊三年多，此乃遊壽感覺最有意義的一件事，她希望早日在史語所的刊物上見到自己的學術成果。
然而世事難料，3月5日，遊壽又致信傅斯年：“本所還都計劃已奉命在五月以後，職夏日多病，欲先下渝覓交通機會，至都日既向所中前所派人員報到，並聽其指命，伏懇賜準。”因傅斯年這時忙於北京大學複員接收工作（後出任北大代理校長），遊壽此信同時致代理所務工作的董作賓。除了身體原因之外，究竟為了什麼事，使遊壽放下手中尚未付梓的文稿，匆匆先去重慶？其中隱情他人一時無法得知。半個月後，遊壽在重慶再次致信傅斯年：“本所複員在夏天，職每年夏令必病，萬不得已，呈請下渝自覓還都機會。頃抵渝已一周，正極力設法交通工具，倘得先行至京之日，即向所中所派接收人石璋如先生報到。”傅斯年接到第一封信後，立即明確無誤地致信董作賓：“遊竟自行離所，應將其免職。此人不能再留其在所。弟當時找她，大失策。甚對本所不起。”當又接到遊壽第二封信時，傅斯年心中的怒火實在無法遏止，於3月27日措辭嚴厲地給遊壽回函：“執事未得董先生同意，自作主張，自行離所，應自離李莊之日起，以停止職務論。”四天後，對被就地停職而感到驚詫的遊壽即回信：“頃奉手諭，不勝駭愕。職此次離所彥堂先生曾批示‘暫作請假’。職在所中前後四年，自揣無過，倘鈞長以離所還京太早者，亦可即返李莊。”同時，遊壽又直言不諱致信董作賓：“此次請示先行歸京經過，不圖先生背後報告，傅所長有停職通知。今且忍耐不言，頃再緘倘以為不得擅行還京者，即重返李莊。”從遊壽的信函來看，董作賓一開始曾同意遊壽請假去渝，後來麵對惱恨不已的傅斯年，董作賓唯恐傅對自己產生不滿，遂改口否認，不願為此事擔肩胛。遊壽認為請假之事既已獲董作賓批準，而董對傅卻“背後報告”，矢口否認，落井下石，導致傅錯誤地將她停職，憤慨之情盡現信中，“今且忍耐不言”，言外之意待重返李莊後再辯明是非。這樣，遊壽原本早已得罪傅斯年，複又開罪董作賓，史語所的當家人如何會退讓呢？傅、董聯手對付遊壽是必然的了。這樣的結果也是遊壽剛烈的性格所鑄成，如果換另一種委婉的方式寫信，暫且低頭，委曲求全，事情結局或許會有所改變，但不願看風使舵、趨炎附勢的遊壽怎麼會這樣做呢？於是，事情急轉直下，不可能再有轉機了。
不僅如此，傅斯年一不做、二不休，讓董作賓以史語所名義致函遊壽：“所著《塚墓遺文史事叢考》一書，本所不能付印，可由執事自行設法出版；所任別存書庫圖書管理員一職，業經通知停止，此職亦即裁並，應照章發給遣散費三個月。”史語所此時采用石印方法出版學術刊物《六同別錄》，遊壽的一篇論文本已編妥付印，但霸氣十足的傅斯年下令將她的文稿從已印出的刊物中撕掉。因刊物封麵也印有遊壽文章的標題，傅斯年不顧一切又下令將封麵全部撕毀，重新排版、印刷、裝訂，務必不留下遊壽的一點痕跡。至此，遊壽在史語所四年來唯一將發表在所裏學術刊物上的文章和署名徹底消失了。遊壽在數重打擊下依然一身傲骨，沒有示弱，她義無反顧地與傅斯年和史語所決裂，1946年10月4日她致信傅、董，擲地有聲日：“平生誌在為學，豈效區區作駑馬戀棧耶！豈效無賴漢專以告訟為事，即日離渝歸東海。”脫離史語所後，她將名字改回原名遊壽。