檢察機關行使監督權與確保依法獨立公正行使審判權的關係
十八屆四中全會《決定》提出，要“完善檢察機關行使監督權的法律製度”。這涉及檢察院和法院的權力製約問題。我國檢察院“身兼多職”，既是公訴機關又是法律監督機關，還是職務犯罪等案件的偵查機關，因而當檢察院在訴訟程序中身陷“公訴利益”或“偵查利益”時，如何履行其審判監督職責就成為一個難題。例如，在“章國錫案”中，檢察院就遇到了這三種職能的尷尬。因此，要解決司法權的科學配置問題，有必要取消同級檢察院對自偵案件的法律監督權，可以借鑒自偵案件的批捕模式上調一級，由上級檢察院來履行法律監督職責。
控辯平等與確保依法獨立公正行使審判權的關係
根據證據裁判原則，在刑事訴訟舉證、質證過程中，檢察院作為國家公訴機關應當與辯護方地位平等。司法權的合理配置是重構控辯平等，也是十八屆四中全會《決定》關於“加強人權司法保障”和“完善法律援助製度”的要求。因為，以被告人的辯護權為核心的辯護製度，是人權保障的基本內容。《世界人權宣言》第11條將受刑事控告者獲得辯護作為一項基本的刑事權利。因此，加強辯護權，對於維護控辯平等、加強司法人權保障都具有重要意義。
為了加強辯護權，我國下一步司法改革應當通過確立律師-委托人特免權、廢止律師偽證罪等措施，逐步實現辯護律師與檢察官的地位平等，並由檢察院單向行使法律監督權轉變為控辯雙方共同行使法律監督權。對於冤案的預防和糾正，應當由過去主要依靠司法機關內部控製，轉變為主要依靠辯護權對控訴權的製約來實現。同時，要加強對律師權利的保護。現代法治的一個特點是，在通向定罪的道路上設置各種難以逾越的程序障礙，以便將無辜判罪的概率降到最少。律師就是這些程序障礙中最難對付的障礙之一。我國關於辯護製度的法律，在立法意圖上是以對律師權利加以限製、對律師行為進行規範為主導的，而不是以對律師權利的保護為主導的，這可能不利於建立控辯平等的司法製度。
四級法院之間的關係與確保依法獨立公正行使審判權的關係
根據我國憲法，四級法院之間沒有上下級行政隸屬關係，各級法院和法官都必須依法獨立公正行使審判權，但法院係統中現在進行垂直幹預的情況還很普遍，這往往導致法律規定的“二審終審製”流於形式。許多學者和法官擔心，人財物省級統管後可能出現縱向行政幹預比以往橫向行政幹預更可怕的情況，因為這種係統內的幹預會“更專業”。因此，省級統管後必須明確各級法院獨立審判，各級法院都不得違反審級製度用行政手段幹預個案審理。同時，應當廢止“案件請示”或“上級法院指導下級法院辦案”等習慣做法。
宣傳係統和新聞輿論監督與確保依法獨立公正行使審判權的關係
目前一些案件剛進入偵查階段，便被一些新聞媒體炒得沸沸揚揚，如“薛蠻子嫖娼案”、“郭美美聚眾賭博案”，一些新聞單位的報道明顯妨礙法院獨立公正行使審判權，也違背了無罪推定原則。十八屆四中全會《決定》要求“推動全社會樹立法治意識”，各級宣傳部門和新聞媒體更應當增強法治意識，加強自律，不能對法院獨立審判進行幹擾。同時，應當借鑒國外經驗盡快製定相關法律，規範新聞媒體對案件的報道。
有錯必糾與確保依法獨立公正行使審判權的關係
目前社會各界對法院刑事錯案問題高度關注，但我理解，十八屆四中全會《決定》提出的實行“錯案責任倒查問責製”，並非指“有錯必糾”。因為，根據證據裁判原則，認定案件事實必須以證據為根據；根據無罪推定原則，證據不足，疑罪從無，這就存在錯放的問題。“錯放”雖然也是一種錯誤，但這種錯誤不必糾正。所以，不是有錯必糾，而要堅持“寧可錯放一個，也不錯判一個”，真正需要糾正的是錯判無辜者有罪的“冤案”。同時，對有利於被告人的錯案應該堅持“有錯必糾”；而對不利於被告人的錯案，隨著我國司法文明的不斷進步，應該確立一事不再理原則，原則上不予糾正。