在外彙管理方麵，人民幣用於跨境貿易結算可能會使當前的進出口核銷製度出現操作性困難。因為，這裏可能會存在人民幣來源上的混淆，如何界定資金是否來自境外的問題。與進出口核銷相關的還有出口退稅的依據和憑證問題以及國際收支統計申報問題等。尤其是大規模擴大試點出口企業數量之後，出口牽涉到退稅問題，就有騙稅的可能性，原先用外幣出口有海關和外彙局把關，現在用人民幣結算並不納入外彙核銷管理，因此退稅這塊完全靠銀行把握，外彙局須要研究如何加大真實性審核的相關政策。
3、境內外金融監管有待進一步建立協調機製
受法律管轄權範圍製約，人民幣的宏觀調控隻能在我國境內實施，跨境人民幣業務客觀上要求傳統的局限於國內市場的人民幣監測體係能夠進一步延伸到海外市場，否則，國內貨幣政策的製定就會缺乏完整的判斷依據。不僅如此，監管和調控體係之外的大量人民幣流動，也可能為投機者提供工具。跨境實施需要其他貨幣當局的配合。因此，也存在著境內宏觀調控對境外人民幣的傳導受阻或效率降低的風險，存在著國際貨幣協調與合作中的不確定性風險等。
4、現行商業銀行國際結算體係亟待完善和跟進
人民幣的國際化將推動金融機構的國際化業務不斷調整和擴張，商業銀行在跨境人民幣業務中同樣發揮了多方麵的積極作用，但現在大多的國內商業銀行的國際結算係統主要針對是外幣結算業務，不能經營人民幣業務，人民幣跨境貿易結算擴展到人民幣，相應的資金管理、產品設計等都需要本幣業務部門的支持。因此需要對人民幣的國際結算業務係統進行調整和修改。此外境內商業銀行還需要對人民幣跨境結算的結算管理製度、財務會計製度、海外分支機構和代理行的管理等有關製度做出相應的調整、補充和完善。在國內外清算安排方麵，人民幣用於跨境貿易結算對於銀行的國際結算以及國內清算渠道都會有一定的要求，會涉及到網絡問題、代理行賬戶問題等問題。
二、政策建議
1、強化國內和國際貨幣政策協調，推動人民幣彙改
人民幣跨境業務發展進而形成人民幣跨境流動，意味著中國終將取消對資本項目的管製，使人民幣最終成為完全自由兌換貨幣，人民幣國際化的過程中，作為市場影響不斷擴展的國際貨幣其外部性也不斷增加。這就要求針對人民幣的貨幣政策的製定和運行也應早日進入國際化的軌道，人民幣國際化是市場進化推動的結果， 在這個過程中，金融監管框架必然需要根據人民幣國際化的進程動態進行調整，因為政府所監管的對象將是不斷國際化的金融業務和金融市場，在加強監管條件下積極推動離岸人民幣市場發展，努力加強國際貨幣政策協調，防範可能的政策目標衝突，使人民幣在保護本國經濟利益的同時更好地擔負起國際貨幣的義務。而其中最重要的舉措就是推動人民幣彙率製度改革。增強人民幣彙彈性，進一步推進人民幣彙率形成機製改革，重在堅持以市場供求為基礎，參考一籃子貨幣進行調節。繼續按照已公布的外彙市場彙率的浮動區間，對人民幣彙率浮動進行動態管理和調節。國際化的貨幣政策的製定應著力在如下方麵作出努力以防範風險。增加人民幣彙率的彈性，使人民幣彙率及時調整至適當的水平；提高人民幣利率市場化程度，使人民幣利率水平與國際利率水平保持合理的水平。
2、由簡單的外彙管理轉為貨本外幣一體化管理
本外幣賬戶分別管理，管理政策存在較大差異，難以對跨境關聯交易實施資金流動全程監管。目前對於本外幣賬戶的管理，人民銀行和外彙局相關職能部門各負其職，人民銀行依據《人民幣結算賬戶管理辦法》負責人民幣賬戶的管理，外彙局則以《境內外彙賬戶管理規定》、《境內機構經常項目外彙賬戶管理實施細則》為依據，負責外幣賬戶的管理。銀行賬戶作為微觀經濟主體資金活動的重要載體，本應全麵地反映企業資金的變動情況。但是，我國目前這種管理尺度不一、管理部門多頭的賬戶管理體製卻割裂了資金的內在有機聯係，把相互聯係的本、外幣資金活動的各個環節人為分割，使得本、外幣資金流動信息缺乏必要的印證分析，隻有實行本外幣一體化監管，將這兩方麵的信息有機結合起來，才能理清資金的來龍去脈，形成對某一交易主體資金流動的全過程監管，提高監管效率。另外一個選擇本外幣一體化管理的因素是外彙管理所管製的是他國貨幣對我國的跨境流動，若將本幣納入外彙管理，則勢必造成人民幣國際認同的下降，因此，將人民幣納入外彙管理或者比照外彙管理是不妥當的。