叛軍撤出登州府之後，就徹底分裂了，被李九成坑了一把後，孔有德和耿仲明兩人寧願沒有李九成麾下那一萬多人叛軍，也不願意在與這個坑爹的隊友一起組隊了。於是，李九成就不得不自己單幹了。
不過不管是單幹的李九成還是依舊在合夥的孔有德和耿仲都沒敢在登州府多待，出了登州城之後，就直奔萊州府去了。
其中孔有德和耿仲明為了盡快脫離破虜軍的虎口，擔心走掖縣進入萊州府會遭到萊州知府的堵截，還特意轉道走萊陽，並且在萊西登船，沿大枯河直接殺進了萊州府東南部膠州地區，發現破虜軍沒有追上來的跡象之後，孔有德和耿仲明決定在膠州地區恢複元氣，然後在經青州府殺回到濟南府去。
而李九成則仗著自己兵力馬壯，又戰功赫赫，決心攻下萊州城以解被方雲趕出登州之恨，當然也有借萊州府的資源擴充自己實力的意思。
不過李九成沒想到的是，萊州城雖然沒有登州城那麼城高牆厚，也沒有登州城那麼多火炮這樣的守城利器，甚至連守城的兵力也比不上登州城。
可不管是萊州知府還是負責守城的萊州總兵，守城的決心可要比當初的孫元化堅定多了，而且萊州城也沒有像耿仲明這樣的內應，李九成麾下的兵馬雖然有半數是老兵，其他也或多或少地見過血，可叛軍的人數總共也有一萬人出頭，而且還有沒任何攻城利器。
再說人家萊州城光是正規軍就有八九千人，知道叛軍來了之後，萊州知府還在城裏征召五六千壯丁，把萊州城防護就像是銅牆鐵壁一般，李九成猛地一頭撞了上去，立刻就是頭破血流，不到五天的時間，就損失了三千人。
要不是李九成反應的快，帶著殘餘的七千多叛軍連夜從逃跑了，說不定他這支叛軍就會全部搭在萊州城下。不過李九成從萊州城逃跑之後，也沒有立刻逃出萊州府，而是青州府和萊州府接壤地區舔傷口。
臥榻之下有兩支叛軍的隊伍在酣睡，登萊知府自然直坐立不安，做夢都會嚇醒。因為在萊州城下擊敗過李九成，萊州知府就把目標瞄準了李九成，在加上這個孔有德和耿仲明兩人率領的叛軍人數比較多，所以萊州知府便讓萊州總兵先對付李九成。
萊州總兵雖然說在登州城擊敗了叛軍，可他麾下的士兵和山東其他明軍一樣，幾十年都沒有打過打仗了，之前因為兵力不比叛軍少，又占著守城的優勢，他們才能輕易地擋住李九成的進攻。
可是他們主動放棄自己優勢，主動和叛軍野戰，而李九成好歹也是從濟南府打到登州府的，中間不知道擊敗了多少官軍部隊，萊州兵以己之短攻敵之長，結局自然難逃慘敗，八千餘人的大軍逃回萊州城後還不到三千人。
要不是李九成、孔有德、耿仲明三人都沒有在萊州府發展的想法，估計三人隻要再次合兵一起攻打萊州城，萊州城最八成就要守不住了。
叛軍的主力雖然都在萊州府徘徊，不過還有幾股被打撒的叛軍小部隊在登州府境內作亂，此外，孔有德留下來斷後一萬叛軍，有兩千來人在方雲奪回登州城之前跑了出去。
這些叛軍手裏都掌握這孔有德留下來大筆的錢財，跑出登州城後，隻有極少部分膽小、謹慎的叛軍將領偷偷地脫下了軍裝，帶著錢財和家人躲到南方去了，大部分叛軍再嚐到了掌握別人生殺大權、來錢又快的甜頭後，再也不想回去過以前那種無權無勢的生活了。
這這部分叛軍在一個名叫周麗川的叛軍遊擊將軍率領下，彙合被打算的叛軍之後，兵力頓時超過了兩千人，周麗川又利用手裏錢財，在招遠，棲霞，萊陽。萊西一帶大肆招攬土匪流民，一下子有發展出了一隻五千餘人的賊軍。