2、政策缺乏對西部農產品主產區和主銷區經濟矛盾的化解措施
在《規劃》的規定下，西部農產品主產區需要限製開發，保護耕地，不能發展價高利大有汙染的工業，並且主產區內的耕地不能轉化為工業或商業用地，同時，為了保護耕地，保障糧食生產，主產區地方政府需要承擔大量的農業財政補貼和各種配套資金，最終，糧食被運往全國各地，主要被人口密集，經濟發達的地區所消費。農產品在經濟落後地區生產而農業生產資料、工業用品在經濟發達地區生產，這嚴重打擊了主產區農民生產農產品以及主產區地方政府支持農業發展的積極性。政策缺乏對這部分隱性補貼的對策措施。
3、政策協同效應低，執行成本較高
政策實施需要財政、農業、人口、金融等多部門的參與，但各個部門之間缺乏協同。特別是，由於現行的體製機製約束，支農惠農的資金分別屬於不同的部門管理，但是，每個部門都有各自的安排以及計劃，部門和部門之間的協調配合難度較大，無法使支農惠農資金在分配和利用時實現充分的效率，導致重複建設和多次建設的現象頻繁發生。[4]
4、政績評價標準不健全
我國目前的政績評價標準還是以GDP主導，這樣的評價標準持續下去將會削弱地方政府對西部農產品主產區耕地保護、發展農業的積極性。此外，如果不能盡快建立適合西部農產品主產區發展戰略的科學的有效的政績評價體製機製，那麼可以遇見西部農產品主產區將會大力發展工商業，忽視農業發展，輕視對當地生態環境的保護同時浪費寶貴的耕地資源。這使得主題功能區的規劃有可能流於形式而不能實現規劃的初衷。[5]
三、西部農產品主產區農業政策建議
1、政策目標
西部作為我國比較貧困落後的地區，國家應考慮更多的政策支持和適當的政策傾斜，以鼓勵西部農產品主產區農民發展農業、保護耕地的積極性。西部農產品主產區的農業政策目標主要有：
（1）加大政策支持力度。建立適合西部農產品主產區農業發展的財政稅收政策，同時，完善現有的支持和保護農業發展的政策措施，加大對西部農產品主產區的支農惠農政策力度。
（2）實施資源綜合利用重點工程。在西部有資源優勢的農產品主產區內，鼓勵發展現代農產品加工業、生態農業和特色農業，發揮農業資源綜合開發作用。加強糧食綜合生產能力建設。多方位引導農產品企業向西部農產品主產區集聚，發揮政策指引作用，支持西部農產品主產區加快發展現代農業體係。
（3）控製西部農產品主產區開發強度。通過政策傾斜，鼓勵西部農產品主產區發展農業的積極性，加強西部農產品主產區耕地保護力度，穩定糧食生產。同時，在此基礎上，大力發展農業循環經濟，在生態友好的範圍內努力構建循環型農業體係。
（4）加大西部農產品主產區大能力運輸通道建設。加大西部地區交通基礎設施建設力度，統籌做好公路、橋梁、鐵路、航運、空運整體建設，確保在各種情況下農產品運輸渠道的暢通，切實保障國家糧食安全和重要農產品的供給。
2、政策內容
（1）財稅政策。加大中央財政的縱向支付力度和橫向轉移支付力度。中央財政應加大對西部農產品主產區發展農業的財稅支持力度，同時，地方政府應做好資金配套工作並將支農惠農資金有效地發放到地方基層政府手中創新政策支持機製，根據物價上漲情況和農資價格上漲情況，動態調整補貼標準，合理彌補種糧農民增加的農業生產資料成本。
（2）投資政策。加大西部農產品主產區與附近大中城市、交通樞紐城市間的交通基礎建設投資，著力建設大能力運輸通道；充分運用多項政策措施吸引社會資本向西部農產品主產區傾斜，如利用財政返還、投資減免和稅收優惠等措施發展西部農產品主產區內的觀光農業、生態旅遊業和生態林業等。此外，當地政府還應當對西部農產品主產區內開發並使用太陽能、風能等新能源及清潔能源的企業提供資金扶持及稅收優惠。[6]